Утром 17 октября капитан-лейтенант Тугаринов, получив добро от командующего Черноморским флотом адмирала Грейга на переход, снялся с якоря и вышел из Варненского залива в открытое море. Плавание в общем-то предстояло самое заурядное, и настроение находящихся на борту было вполне обыденным.
В продолжение последующих шести суток транспорт без особых приключений, при тихом противном ветре, мало-помалу шел к Одессе. Лавировка, как известно, дело не весьма приятное, однако до порта назначения оставалось не более двух суток хода, а потому никто на это неудобство особого внимания не обращал.
Утром 23 октября ветер начал постепенно усиливаться, и к полудню командир вынужден был оставить только зарифленные нижние паруса. Однако погода продолжала ухудшаться. Ночью налетевшим шквалом изорвало фок. Тугаринов распорядился было вынести наверх запасной парус, но сила ветра оказалась настолько сильной, что о замене не могло быть и речи. Единственное, что удалось сделать, — это вовремя с большим трудом убрать грот и поставить фок-стаксель и бизань, да и то ненадолго. Через час и эти паруса уже полоскались на ветру жалкими клочьями.
К утру следующего дня начался сильнейший шторм. Тяжелогруженый транспорт едва взбирался на огромные водяные волы. Потоки воды почти непрерывно переливались через борт. «Змею» било, мотало и швыряло, словно щепку. Старый натруженный корпус скрипел и трещал, точно собирался вот-вот рассыпаться.
— Долго безвредно выносить такие удары о борт мы не сможем! — прокричал командиру старший офицер.
Тугаринов лишь передернул плечами: мол, что я еще могу?
Вскоре снизу доложили:
— В трюме открылась сильная течь!
— Давай вниз! — велел лейтенанту Колесникову командир. — Ставь всех, кого можно, на помпы, пусть работают непрерывно, иначе не справимся.
— Есть! — коротко крикнул в ответ старший офицер и, улучив момент, когда судно на мгновение выровнялось, кубарем скатился вниз по трапу.
Картина, которую увидел в трюме Колесников, была самая удручающая. Сквозь многочисленные щели тугими струями хлестала вода, быстро заполняя придонное пространство. Обезумевшие от происходившего вокруг раненые в испуге сгрудились у задраенного светового люка. Самых тяжелых кое-как держали на руках, чтобы они не захлебнулись. Кто-то попытался рвануться наверх, но старший офицер ударом кулака сбросил его вниз:
— Ты что, дурак, смерти ищешь?
Расставив матросов у цепных помп, Колесников велел им качать непрерывно.
— Если остановитесь — конец всем!
— Что мы, не понимаем, что ли? — ответили ему матросы, всей грудью налегая на помповые качалки.
Из воспоминаний участника событий: «Кто только мог работать, были поставлены к помпам; употребили все возможные средства для выкачивания воды, но она постоянно прибывала, и к полудню 24-го числа наполнила почти весь трюм, где лежала провизия и пресная вода; достать их не было никаких средств. В первые часы нашего бедствия мы забыли о пище и боролись только против близкой очевидной смерти, потому, что не знали, до какой степени поврежден транспорт, и каждую минуту могли ожидать, что он пойдет ко дну».
Положение меж тем ухудшалось с каждой минутой. Все шлюпки, за исключением маленькой шестерки, были давным-давно сметены в море. От сильной качки в носовой части «Змеи» начали отходить обшивные доски. Из-за непрерывной работы то и дело ломались помпы. В довершение всего тронулся с места балласт и сложенные в трюме трофейные орудия. Поправить ситуацию было просто невозможно. Несколько смельчаков, бросившихся было к катающимся по трюму орудийным стволам, чтобы попытаться их закрепить, были тут же раздавлены. Внутрь судна потоками вливалась вода, надрывно кричали раненые. Все с ужасом ждали, что же случится дальше. Очередной вал с силой ударил в борт транспорта. От удара балласт и орудия резко сместились на противоположный борт, судно сильно накренилось. В это время следующий вал с еще большей силой ударил в борт, и «Змея» стремительно повалилась набок. Крик ужаса пронесся по всему судну. Наступила та минута, когда самый опытный командир и самая лучшая команда уже не в силах была уберечь свое судно от гибели. Наступила минута, когда все зависело лишь от Провидения.