Отец Иоанн мог бы избрать и чисто академическую карьеру, но важнейшим его призванием было служение Церкви. Преподавание в Свято–Владимирской семинарии и пастырское служение в Церкви он рассматривал как свою главную обязанность. Впрочем, он не прекращал и академической деятельности. Отец Иоанн занимал кафедру византийской истории в Фордхэмском Университете в Нью–Йорке и помимо этого читал лекции в других учебных заведениях. Он участвовал в международных научных конференциях, продолжал заниматься исследовательской работой и писал. Кроме того, он деятельно участвовал в жизни Церкви как на местном, так и на международном уровне: он был членом комиссии «Вера и церковное устройство» во Всемирном Совете Церквей (ВСЦ), где с 1967 по 1976 г. исполнял обязанности председателя, а также вместе с о. Александром Шмеманом сыграл ведущую роль в создании автокефальной Православной Церкви в Америке. Томос об автокефалии был дан русской Митрополии Русской Матерью–Церковью в 1970 г. Исторически Русская Церковь была единственной православной церковью в Америке, а ее первыми членами были настоящие американцы — аборигены Аляски. Но с самого начала к ней принадлежали и верующие диаспор (греки, арабы) — до того, как у них появились собственные «юрисдикции». Автокефалия учреждалась с целью восстановить изначальное каноническое единство Православной Церкви в этой стране. К сожалению, историческая реальность не всегда подчиняется каноническим принципам Церкви, а каноническое единство даже и по сей день остается в Америке не достигнутым…
Когда 13 декабря 1983 г. скончался о. Александр Шмеман, занимавший пост декана Свято–Владимирской семинарии с 1962 г., о. Иоанн был единодушно избран его преемником. Отец Иоанн воспринял избрание как крест, который нужно нести, поскольку сам он предпочитал исследовательскую и преподавательскую работу, а не хлопоты по практическим вопросам. Но, несмотря на это, он добросовестно исполнял административные обязанности наряду с академической деятельностью и с пастырским служением.
Одной из отличительных черт о. Иоанна как преподавателя и как автора научных работ была ясность стиля. Он никогда не был высокопарным или «благочестивым». Он обладал особым даром делать понятными сложные исторические и богословские вопросы. На лекциях он всегда предлагал задавать вопросы («Я хочу вопросов»). В годы, когда я учился в Семинарии (он тогда еще не был деканом), он часто приглашал студентов к себе домой, и мы вместе обсуждали любые темы: церковь, политику, культуру…
Проповеди о. Иоанна были сдержанными, и, давая духовные советы, он тоже всегда «крепко стоял на земле», не прибегая к благочестивому или богословскому жаргону. «Будь как ребенок», — сказал он одному человеку, спросившему его, как готовиться к исповеди.
Что меня еще поражало — это его интеллектуальная честность. Он с готовностью воспринимал критику, если она была обоснована. Я помню, как однажды он говорил об о. Иоанне Романидисе, раскритиковавшем его книгу о Паламе в двух пространных статьях, — что тот в некоторых вопросах был прав. Например, Романидис был не согласен с тем, что автор охарактеризовал Варлаама Калабрийского, первого противника Григория Паламы, как «номиналиста», и о. Иоанн согласился с ним.
Отец Иоанн всю свою жизнь проработал рука об руку с о. Александром Шмеманом — они были друзьями с раннего детства. У них было одинаковое отношение к богословию, унаследованное в основном от преподавателей Парижского Свято-Сергиевского института — в частности, от о. Киприана Керна и о. Николая Афанасьева. Их несхоластический подход к богословию, повышенное внимание к литургии — и в особенности к Евхаристии как средоточию жизни Церкви, — все это наложило свой отпечаток на богословские работы и о. Иоанна, и о. Александра. Но каждый из друзей пошел по своему особому пути. Отец Иоанн был ученым, а о. Александр — скорее человеком интуиции. Когда читаешь «Дневники» о. Александра [1], поражаешься, что он упоминает о своем друге не очень часто, а когда упоминает, то кажется, будто не хватает той самой теплоты, с которой о. Александр говорит о других близких людях. Я не могу найти этому объяснения. Кажется, что оба волей жизненных обстоятельств были вынуждены уделять время собственным обязанностям и сферам интересов. Отец Иоанн был больше связан с наукой, чем о. Александр, хотя никогда не писал чисто из академического интереса: центральной темой его сочинений всегда была Церковь и ее духовные корни. Одно можно сказать наверняка: они, без сомнения, уважали друг друга, и я сам видел, как был взволнован о. Иоанн сразу после кончины о. Александра. Духовное родство этих двух людей проявилось даже в последних словах, сказанных о. Иоанном перед смертью: «Евхаристия, Евхаристия…