После захвата города православный патриарх Иоанн Каматир бежал в Болгарию, где и умер в 1206 г. Его преемник Михаил Авториан был избран в Никее (1208), где его поддержала восстановленная там греческая империя. Этот патриарх, хотя и жил в изгнании, был признан законным во всем православном мире. Под его властью оставалась необъятная русская митрополия. От него, а не от его латинского конкурента, Болгарская церковь вновь получила свои права на церковную независимость вместе с восстановлением патриаршества в Тырново (1235). Именно с византийским правительством в Никее православные сербы также вели переговоры о создании собственной национальной церкви; их духовный вождь свт. Савва был поставлен автокефальным (независимым) архиепископом Сербии в 1219 г.
Монгольское нашествие. Вторжение монголов на Русь стало бедствием для будущего русской цивилизации, но церковь выжила и как единственная объединяющая общественная институция, и как главная носительница византийского наследия. «Митрополит Киевский и всея Руси», назначаемый из Никеи или из Константинополя, был главной политической силой, признанной монгольскими ханами. Освобожденный от дани, которую платили монголам местные князья, и подотчетный лишь высшей по отношению к нему церковной власти (Вселенскому патриарху), глава Русской церкви — хотя и вынужденный оставить свою кафедру в опустошенном монголами Киеве — завоевал беспрецедентный нравственный авторитет. Он сохранял каноническую власть над огромными территориями от Карпатских гор до Волги, над вновь образованной епископской кафедрой в Сарае (близ Каспийского моря), столице монголов, и над западными княжествами бывшей Киевской Руси — даже после того, как те добились независимости (например, Галиция) или оказались под политическим контролем Литвы и Польши.
Попытки восстановления церковного единства и богословское возрождение. В 1261 г. никейский император Михаил Палеолог освободил Константинополь из–под власти латинян, и православный патриарх вновь занял свою кафедру в Святой Софии. С 1261 по 1453 г. династия Палеологов правила империей, осаждаемой со всех сторон, раздираемой гражданскими войнами и постепенно сужающейся до границ собственно столицы. Церковь, однако, сохранила многое от своего прежнего авторитета, осуществляя юрисдикцию над неизмеримо большей территорией, включающей Русь, далекий Кавказ, часть Балкан и обширные регионы, захваченные турками. Несколько патриархов этого позднего периода — например, Арсений Авториан (1255–1259, 1261–1265), Афанасий I (1289–1293, 1303–1310), Иоанн Калека (1334–1347) и Филофей Коккин (1353–1354,1364–1376) — проявили большую независимость от имперской власти, хотя и оставались верны идее византийской ойкумены.
Лишенный военной поддержки могущественной империи, патриарх Константинопольский был, конечно, неспособен удержать свою юрисдикцию над церквами Болгарии и Сербии, которые добились независимости в годы латинской оккупации. В 1346 г. Сербская церковь даже провозгласила себя патриархатом; в 1375 г., после недолгого протеста, Константинополь согласился его признать. На Руси византийская церковная дипломатия была вовлечена в тяжелый гражданский раздор: между великими князьями Москвы и Литвы, каждый из которых стремился стать во главе освобожденного от монгольского ига Русского государства, началось ожесточенное противостояние. Резиденция «митрополита Киевского и всея Руси» к этому времени находилась в Москве, и подчас, как это было с митрополитом Алексием (1354–1378), он играл решающую роль в работе московского правительства. Церковная поддержка Москвы стала определяющей в конечной победе москвичей и имела отчетливое влияние на последующую русскую историю. Недовольные западнорусские княжества (которые позже образовали Украину) могли лишь добиться — при сильной поддержке их польских и литовских повелителей — временного назначения самостоятельных митрополитов в Галиции и Белоруссии. Впоследствии, в самом конце XIV в., митрополиту, находившемуся в Москве, снова удалось достичь централизации церковной власти в России.