Действия Петра ознаменовали вступление Русской Церкви в новый период ее истории, длившийся вплоть до 1917 г. Не все прямые последствия царских реформ были негативными. Поскольку церковными советниками Петра были украинские архиереи, выпускники Киевской академии, в России была введена западная система богословского образования; самым знаменитым среди этих архиереев был друг Петра Феофан Прокопович, архиепископ Псковский. На протяжении всего XVIII в. Русская Церковь продолжала свою миссионерскую работу в Азии, а также обогатилась рядом духовных писателей и святых, в числе которых свт. Митрофан Воронежский († 1703) и свт. Тихон Задонский († 1783) — почитатель немецкого лютеранина Иоганна Арндта и германского пиетизма; многими выдающимися святителями и учеными, такими как митрополит Московский Платон (Левшин, † 1803). Однако все попытки оспорить власть царя над церковью заканчивались неудачей. Так, Ростовский митрополит Арсений (Мацеевич), воспротивившийся секуляризации церковного имущества императрицей Екатериной II, был лишен сана и умер в заключении (1772). Возобладавшая в России атмосфера секуляристского бюрократизма не благоприятствовала возрождению монашества, однако оно все же состоялось благодаря усилиям молодого киевского ученого Паисия Величковского (1722–1794), ставшего настоятелем Нямецкого монастыря в Румынии. Его славянское издание «Добротолюбия» способствовало возрождению традиций исихазма в России XIX в.
Православные церкви в XIX в.
Автокефалии на Балканах. Идеи Французской революции, национально–освободительные движения и неувядающая память о христианских империях прошлого привели к постепенному распаду турецкого владычества на Балканах. В соответствии с примерами, появившимися уже во времена позднего Средневековья, рождению национальных государств сопутствовало образование независимых, «автокефальных» православных церквей. Таким образом, крушение османского правления сопровождалось стремительным сокращением фактической власти патриарха Константинопольского. Парадоксально, но греки, для которых — больше чем для кого-либо — с патриархатом была связана надежда на будущее, стали первыми, кто создал независимую церковь в своем новом государстве.
В Греции. В 1821 г. Герман, митрополит Старых Патр в Греции, открыто провозгласил начало восстания против турок. Патриархат, будучи официальным органом управления христианами под турецким владычеством, издал указы, осуждавшие и даже анафематствовавшие восставших. Но эти указы никого не могли обмануть и менее всех — турецкое правительство, которое в самый день Пасхи 1821 г. в назидание всем повесило Вселенского (Константинопольского) патриарха Григория V на главных воротах патриаршей резиденции. Было казнено множество греческих клириков в провинциях. После этой трагедии официальная лояльность патриархата, естественно, удвоилась. Ввиду невозможности как иметь сношения с патриархатом, так и признать его отлучения, епископы освобожденной Греции собрались в г. Навплие и объявили себя синодом автокефальной церкви (1833). Принятая в Греции система церковного управления была организована по российскому образцу: коллективный правящий орган, Священный Синод, должен был управлять церковью под жестким контролем государства. В 1850 г. патриархат был вынужден признать свершившийся к тому времени факт, издав хартию об автокефалии (томос) новой Церкви Греции.
В Сербии. Обретение Сербией независимости привело в 1832 г. к официальному признанию сербской церковной автономии. В 1879 г. Сербская Церковь была признана Константинополем как автокефальная под предстоятельством митрополита Белградского. Эта церковь, однако, охватывала только территории т. н. Старой Сербии. Небольшое государство Черногория, всегда сохранявшее независимость от турок, имело собственного митрополита в Цетинье. Этот архиерей, который был еще и государственным, и военным лидером нации, был поставляем либо в Австрии, либо, как в случае со знаменитым епископом–поэтом Петром II Негошем, в Санкт–Петербурге (1833).
В Австро–Венгерской империи на протяжении второй половины XIX в. существовали одновременно две автокефальные церкви, в чьей юрисдикции находились румыны, сербы и остальные славяне. Это был патриархат в Сремских Карловцах, основанный в 1848 г. и управлявший всеми православными в Королевстве Венгрии, и митрополия в Черновичах (ныне Черновцы) в Буковине, которая после 1873 г. также управляла двумя сербскими епархиями (Зарской и Которской) в Далмации. Сербские епархии в аннексированных Австрией в 1878 г. Боснии и Герцеговине оставались автономными, но никогда не были полностью независимы от Константинополя.