1859 г. Сентябрь. Умерла старшая дочь Пастера.
1860 г. 30 января. Получил премию Парижской Академии наук за работы по экспериментальной физиологии.
Февраль. Начало опытов, опровергающих теорию самозарождения.
Август. Путешествие в горы для исследований населенности микроорганизмами различных слоев воздуха в различных местностях. Спор с натуралистом Пуше, сторонником теории самозарождения.
Ноябрь. Пастер открывает анаэробного микроба, вызывающего маслянокислое брожение.
1861 г. Присуждена премия Джеккера за работы по химии. Работы о роли микробов в процессах гниения и брожения.
1862 г. Получил премию Академии наук на конкурсе по теме: «Попытайтесь путем тщательно проведенных опытов пролить новый свет на проблему так называемого самопроизвольного зарождения».
Декабрь. Пастер избран в члены Парижской Академии наук.
1864 г. 7 апреля. Публичная лекция в Сорбонне о невозможности самопроизвольного зарождения и о роли микроорганизмов в процессах жизни и смерти. «Лечение» болезней вина. Открытие значения подогревания для обезвреживания микробов — «пастеризации».
1865 г. 6 июня. Выехал в Прованс для изучения болезни шелковичных червей.
Июнь. Умер отец Пастера.
26 июня. Пастер сделал доклад на заседании Агрономической комиссии о причине болезни шелковичных червей — пебрине и о мерах борьбы с ней.
Сентябрь. Умерла вторая дочь Пастера.
Конец года. Вместе с Клодом Бернаром и Сен-Клером Девилем Пастер в холерном госпитале занялся исследованием причины заболевания холерой.
1866 г. 23 мая. Умерла третья дочь Пастера. Пастер закончил книгу о «болезнях» вин и о «пастеризации» их.
1867 г. Зима. Пастер открыл возбудителя болезни шелковичных червей — флашерии.
Май. На Всемирной выставке 1867 года Пастеру присуждена высшая награда за исследования по вину.
Июнь. Студенческие волнения в Эколь Нормаль. Увольнение Пастера с поста одного из руководителей Эколь Нормаль. Переведен профессором химии на естественный факультет Парижского университета.
11 ноября. Публичная лекция в Орлеане об исследованиях по производству уксуса.
1868 г. 19 октября. Первое кровоизлияние в мозг и паралич левой стороны тела.
1870 г. Апрель. Закончил и подготовил к печати книгу о болезнях шелковичных червей.
1873 г. Начало года. Пастер избран в члены Французской Академии медицины. Начал посещать хирургический госпиталь, гае знакомился с мерами борьбы против послеоперационных осложнений.
1875 г. Январь. На заседании Академии наук Пастер выступил с предложением о стерилизации всех инструментов, перевязочного материала и рук хирурга.
Февраль. За услуги, оказанные науке и родине, присуждена Национальная премия — пожизненная пенсия в размере 12000 франков ежегодно.
1877 год. Начало исследований по сибирской язве. Открытие микроба, вызывающего гнилокровие. Опубликована заметка о том. что бактерии являются единственной причиной сибирской язвы. Дискуссия в Академии наук и Академии медицины — по поводу происхождения сибирской язвы. С этого года в лаборатории Пастера начинают работать молодые врачи — Ру, Шамберлен и Тюилье.
1878 г. 30 апреля. Знаменитый доклад в Академии наук по теории зародышей микроорганизмов.
Июль. Экспериментальное заражение курицы сибирской язвой, которой куры в природе не болеют. Изучение возбудителей фурункулеза, остеомиэлита и родильной горячки. Открытие микроба — возбудителя родильной горячки. Продолжение исследований по сибирской язве.
1880 г. 10 января. Первые исследования по бешенству.
Февраль. Сообщение Академии наук и Академии медицины о куриной холере и других заразных заболеваниях. Открытие микроба куриной холеры.
Конец лета. Пастер обнаружил ослабление болезнетворной силы старой культуры куриной холеры. Впервые в истории разработал метод искусственного ослабления микробов и использовал их для предохранительных прививок — вакцинации кур.
1881 г. Получил вакцину против сибирской язвы.
5–31 мая. Публичные опыты в Пуйи ле Фор по массовой вакцинации рогатого скота. Пастер, Ру и Шамберлен награждены орденом Почетного легиона.
9 декабря. Избран во Французскую Академию, в число сорока «бессмертных».