После размножения Homo sapiens сохранили некоторые варианты генов неандертальцев, которые помогли им выжить во время миграции на север. Генетики называют это "адаптивной интрогрессией", и это наиболее близко к процессу горизонтального переноса генов, который позволяет различным видам бактерий обмениваться ДНК, чтобы приспособиться к новым вызовам окружающей среды. Современные люди сохранили неандертальские варианты генов, влияющие на пигментацию кожи и волосяные клетки - важные адаптации для вида, который сотни тысяч лет эволюционировал в солнечной Африке, а теперь начал мигрировать в холодную, темную Европу. Homo sapiens также приобрели связанные с иммунитетом неандертальские гены, которые помогли им адаптироваться к новой среде болезней, с которой они столкнулись.
Около 200 000 лет назад кочевые группы охотников-собирателей Homo sapiens и неандертальцев столкнулись друг с другом, когда покидали свои родные земли в Восточном Средиземноморье. Когда эти два вида начали взаимодействовать, они уже были подвержены воздействию различных патогенов на протяжении сотен тысячелетий. У них выработался хотя бы частичный иммунитет к болезням, которые были эндемичны для их собственного вида, но они были бы чрезвычайно уязвимы для бактерий и вирусов, распространяемых другим видом. Патогены, вызывавшие относительно безобидные симптомы у Homo sapiens, могли быть смертельно опасны для неандертальцев, и наоборот. В результате инфекционные заболевания создали "невидимый барьер": для Homo sapiens было невозможно мигрировать из Африки, потому что рано или поздно они столкнулись бы с неандертальцами и их патогенами и заболели бы, и то же самое происходило, когда неандертальцы продвигались на юг. Для ранних людей Восточное Средиземноморье должно было казаться проклятым царством, палеолитическим эквивалентом толкиеновского Мордора.
Без вакцин наша иммунная система - единственная защита от инфекционных заболеваний. Homo sapiens мог преодолеть невидимый барьер, созданный неандертальскими болезнями, путем дарвиновской эволюции. Рано или поздно произошли бы генетические мутации, которые позволили бы иммунной системе Homo sapiens эффективно противостоять неандертальским патогенам. Поскольку у людей с такими вариантами генов было больше шансов выжить, со временем они широко распространились среди населения. Но Homo sapiens выбрал гораздо более быстрый путь к иммунитету - скрещивание. Скрещивание с другим близкородственным видом - это непреднамеренный вид биохакинга: оно сразу же наделяет вид вариантами генов, которые уже адаптированы к новой среде. Интрогрессированная ДНК неандертальцев сыграла решающую роль в адаптации Homo sapiens к новым патогенам, с которыми они столкнулись во время миграции из Африки. Этот процесс был назван "моделью яда-антидота" адаптивной интрогрессии: Неандертальцы дали Homo sapiens "яд", подвергнув их воздействию нового патогена, но также и "противоядие" в виде интрогрессированных вариантов генов, которые придают устойчивость к патогену. В результате многие из неандертальских вариантов генов, которые остались в нашем геноме, относятся именно к нашему иммунному ответу.
Мы даже кое-что знаем о том, с какими патогенами сталкивались Homo sapiens при взаимодействии с неандертальцами. Варианты генов неандертальцев, которые, скорее всего, сохранились у европейцев сегодня, кодируют белки, взаимодействующие с РНК-вирусами, в частности с ВИЧ и гриппом, и впервые были приобретены около 50 000 лет назад. Это убедительное доказательство того, что Homo sapiens столкнулись с подобными заболеваниями, когда смешались с неандертальцами в Восточном Средиземноморье. Поскольку неандертальцам не удалось выжить, менее понятно, с какими болезнями боролись Homo sapiens. С теоретической точки зрения наиболее вероятными кандидатами являются РНК-вирусы, поскольку они менее точны, чем ДНК, при копировании своего генетического кода; в результате мутации происходят гораздо чаще, и существует большая вероятность того, что РНК-вирус адаптируется и преодолеет видовой барьер. Это объясняет, почему так много современных заболеваний вызывается РНК-вирусами - не только грипп и ВИЧ-СПИД, но и корь, полиомиелит, лихорадка Эбола, атипичная пневмония и, конечно, Covid-19.