Недоедание ослабляет иммунную систему, и это стало проблемой, поскольку после появления сельского хозяйства подверженность людей патогенным микроорганизмам заметно возросла. В обществах охотников-собирателей существовали некоторые инфекционные заболевания, но эпидемии не могли разразиться в небольших, разрозненных, кочевых группах охотников-собирателей с такой же силой, как в густонаселенных, хорошо связанных между собой земледельческих обществах. Джеймс Скотт называет неолитические деревни "многовидовыми лагерями переселенцев". Впервые в истории люди жили в тесном соседстве с различными животными - как одомашненными, так и паразитами, например крысами. Это способствовало возникновению новых зоонозных инфекционных заболеваний, которые переходят от животных к человеку. Теснота и антисанитарные условия жизни способствовали распространению болезнетворных микроорганизмов от человека к человеку или через зараженную воду. Даже сегодня на Филиппинах у тех агта, которые перешли к оседлому сельскому хозяйству, уровень заражения вирусными и паразитическими червями выше, чем у тех, кто по-прежнему ведет традиционный кочевой образ жизни охотников-собирателей.
Множество ДНК-доказательств подтверждают один из ключевых аргументов Уильяма Макнилла: переход к оседлому сельскому хозяйству в сочетании с ростом населения и расширением торговли создал золотой век для вирусов, микробов и других животных. Многие инфекционные заболевания, от которых страдают современные люди, вызваны патогенами неолита. Гепатит В циркулирует среди европейского населения уже около 7000 лет. Считается, что чума - а именно Yersinia pestis - появилась в земледельческих поселениях на юго-востоке Европы около 6 000 лет назад. Туберкулез появился примерно в то же время, хотя мы не можем точно сказать, где именно. Корь произошла от чумы крупного рогатого скота в первом тысячелетии до нашей эры.
Даже если нет геномных доказательств, археологические данные подтверждают, что эпидемиологическая революция последовала за неолитической революцией. Происхождение оспы неизвестно, но она тесно связана с коровьей оспой. Три мумии, включая молодого фараона Рамсеса V, были покрыты сыпью, напоминающей оспу. Самые древние из этих останков датируются шестнадцатым веком до нашей эры. Полиомиелит, по-видимому, появился примерно в то же время: На древнеегипетских картинах изображались здоровые с виду люди с увядшими конечностями и маленькие дети, которые ходили с помощью трости.
Распространению болезней, переносимых комарами, способствовало развитие сельского хозяйства в Западной Африке. Комар Anopheles gambiae, переносящий самую смертоносную форму фальципарум-малярии, не может размножаться в очень затененной воде. Они не смогли бы размножаться в густых тропических лесах, покрывавших большую часть региона, поэтому появление подсечно-огневого земледелия стало благом как для комаров, так и для плазмодия, вызывающего малярию. Геном паразита, вызывающего малярию фальципарум, показывает, что, хотя он впервые начал заражать людей задолго до неолитической революции, за последние несколько тысяч лет произошло внезапное и заметное увеличение численности популяции. Комар Aedes aegypti, распространяющий желтую лихорадку, также получил большую выгоду от недавней деятельности человека, поскольку он любит размножаться в емкостях, наполненных застойной водой. Это заставило американского историка Джона Макнилла предположить, что они, по сути, являются одомашненными насекомыми.
Эта приливная волна инфекционных заболеваний унесла жизни стольких людей, что оставила шрам на нашей ДНК. Недавнее исследование проанализировало эволюцию более 1500 генов, играющих роль во врожденной иммунной системе человека, и показало, что большинство адаптаций, когда благоприятная мутация нового гена быстро распространяется по популяции, произошло за последние 6-13 тысяч лет, что примерно соответствует периоду, когда люди занялись оседлым сельским хозяйством. В земледельческих обществах, достаточно больших и хорошо связанных между собой, чтобы поддерживать цепочку инфекций, инфекционные заболевания, появившиеся после неолитической революции, быстро стали бы эндемическими детскими болезнями. Любой человек, достигший зрелого возраста, подвергся бы воздействию этих патогенов, выжил бы и выработал определенный уровень иммунитета. Поэтому археологи, изучающие скелеты на доисторических кладбищах по всему миру, отмечают, что примерно через 1000 лет после перехода к оседлому земледелию доля детских и подростковых скелетов заметно возросла.