Работая над реформированием системы социального обеспечения, Чедвик был потрясен антисанитарными условиями, в которых жили представители рабочего класса, и тем, как это отражалось на их здоровье. Следует отметить, что его политика не изменилась внезапно. Судя по всему, его не волновали страдания городского пролетариата, и он по-прежнему поддерживал подход laissez-faire к регулированию фабрик. Например, он по-прежнему выступал против контроля над детским трудом и ограничения рабочего дня. Скорее, Чедвик понимал, что плохое здоровье рабочего населения подрывает производительность фабрик и создает нагрузку на экономику. После 1834 года он стал одним из лидеров так называемого санитарного движения, утверждая, что здоровье городской бедноты можно улучшить только путем очистки городов и строительства канализационной и водной инфраструктуры. Эта идея объединила людей из разных политических кругов. Например, Диккенс, который был ярым критиком "Нового закона о бедных" Чедвика, стал видным сторонником санитарной реформы, потому что понимал, насколько она важна для улучшения убогих условий жизни городской бедноты, которые он так ярко описал в своих романах. Уильям Фарр, курировавший в Главном регистрационном управлении Великобритании переписи населения и систему регистрации актов гражданского состояния, был еще одним влиятельным сторонником этой идеи. Начиная с 1840 года он регулярно публиковал списки районов Англии и Уэльса с самым высоким уровнем смертности, чтобы пристыдить и заставить местные власти провести санитарную реформу.
На санитарное движение повлияла "грязная теория болезни", в основе которой лежала идея о том, что причиной заболеваний является зловоние сточных вод и других отходов. Учитывая, что бедные районы городов и поселков были и самыми вонючими, и самыми болезненными, нетрудно понять, почему многие люди считали теорию грязи правдоподобной. Чтобы улучшить здоровье, представители санитарного движения утверждали, что необходимо построить интегрированную систему водоснабжения и канализации, которая будет подавать чистую воду в дома и удалять грязную воду далеко за черту города. Чедвик говорил о создании города с "артериальными венами".
В середине XIX века мелкобуржуазный электорат находился на пике своего могущества, и Чедвику не удалось убедить политиков в целесообразности таких масштабных инфраструктурных проектов. В Лондоне в начале 1840-х годов власти приняли более фрагментарный подход, который заключался в избавлении от выгребных ям и отводе человеческих отходов в сточные канавы, построенные для отвода дождевой воды в Темзу. Это избавило местные кварталы от зловония экскрементов, но ежедневное перекачивание нескольких сотен тонн неочищенных сточных вод прямо в реку превратило ее в то, что Бенджамин Дизраэли, лидер тори в общинах и канцлер казначейства, описал как "стигийский бассейн, источающий невыразимый и невыносимый ужас". Диккенс описал последствия в романе "Крошка Доррит" (1855-57): "Через сердце города вместо прекрасной свежей реки текла смертоносная канализация". Что еще больше усугубило ситуацию, вопрос водоснабжения не был решен. Множество нерегулируемых частных компаний продолжали брать воду из загрязненной Темзы. Когда в 1848 году холера неизбежно вернулась в Лондон, от нее погибло более 14 000 человек - в два раза больше, чем во время первой вспышки.
В итоге в 1848 году правительство приняло первый в Великобритании закон об общественном здравоохранении. Не случайно это произошло как раз в тот момент, когда вторая вспышка холеры опустошала британские города. Паника заставила государство действовать. Как отмечалось в статье в The Times, холера была "лучшим из всех санитарных реформаторов". Чедвик стал одним из трех комиссаров Главного совета здравоохранения, которому было поручено контролировать строительство местными властями систем водоснабжения и канализации. Закон позволял муниципальным властям брать кредиты у центрального государства по субсидированным ставкам для финансирования строительства водопроводной и канализационной инфраструктуры; эти деньги затем в течение длительного времени возвращались местными налогоплательщиками. Но мелкобуржуазные избиратели, главной заботой которых было сохранение низких налогов, были настолько потрясены тем, что центральное правительство оказывало давление на муниципальные власти с целью повышения местных тарифов, что в 1854 году Чедвик был вынужден уйти в отставку.