Шпионы и доносчики действовали вовсю, пыточных дел мастера старались, как могли. Но поверить в то. что трон защищён от малейшей опасности серьезного заговора, царь Борис, разумеется, не мог. Злохитрый враг мог действовать против него мистически: неблагоприятным влиянием созвездий, дурным глазом, вынутым следом, сожженным волосом или ногтем, сговором с нечистым, каким-нибудь ужасным заклинанием. Преследуя ведовство и поощряя «колдовские процессы», Годунов, естественно, сам старался овладеть этим тайным оружием.
Гадатели, звездочёты, кощунники, ведуны, волхвы и прочий сброд профессиональных мистификаторов наполнили тайное окружение узурпатора.
В деле против Романовых все эти тайные пристрастия царя Бориса объединились. Не получив от шпионов желаемых сведений о боярском заговоре, Годунов убедился, что его противники не иначе как колдуют: ведь не могут же они сидеть сложа руки! Услужливые шпионы поняли мысль хозяина и донесли, что Романовы готовят на царский род злоотравное зелье. Ход был банальный: свой страх перед отравой царь Борис явно демонстрировал, все кушанья его тщательно проверялись; от более тонких способов «изведения» самодержца защищали охраной каждого остриженного с него волоска и ноготка, наблюдением, чтобы никто не вынул след его ноги и т. п.
Романовы были щедры и верны традициям. Служба им гарантировала такую прочность положения, что настоящего изменника этим добрым хозяевам удалось сыскать лишь одного. Им, по словам составителя Нового летописца, оказался служивший казначеем у боярина Александра Никитича Романова прохиндей по имени Второй Бартенев. Он сам явился к главе шпионов, двоюродному брату царя Бориса Семёну Никитичу Годунову с предложением «чего изволите». Семён Никитич с облегчением вздохнул. Он уже утомился впустую пытать людей Романовых, схваченных по различным доносам, и подбивать их оговорить хозяев.
Знаменитый «Новый летописец» — замечательный памятник исторической литературы XVII в. — так рисует механизм расправы Годунова над знатью в контексте занимавшей его составителя темы предательства, высшей степенью которого были «доносы холопов на бояр».
«Искони же враг наш дьявол, — рассказал летописец, — не желая добра роду христианскому, приводя его к последней погибели, вложил в мысль царю Борису — захотелось ему в Московском государстве всё ведать, чтобы ничто от него утаено не было. И помышлял о сём много, как бы то и от кого узнавать.
И положил мысль свою на том, что кроме холопов боярских узнавать не от кого. И повелел тайно научить доносить на боярина князя Фёдора Шестунова человека его Воинка. Тот же Воинко пришёл доносить на государя своего. Царь же тому боярину, на виду у людей, сперва никакого зла не сделал, а того Воинка пожаловал, велел ему объявить о своём государевом жаловании перед Челобитенным приказом на площади, перед всеми людьми, и дал ему поместье, и повелел служить в городовых детях боярских». Дети боярские — младший дворянский чин. То есть царь сделал холопа дворянином, оценив предательство как высокий подвиг. Как и позже, в 1930—1940-х гг., доносы хлынули рекой.
«Люди же боярские со всех дворов, — сообщает „Новый летописец“, — видя такое жалование к тому Воинку, начали умышлять на своих господ, и сговаривались человек по пять или шесть, один шёл доносить, а другие были свидетелями и ему потакали. Люди же боярские, которые не хотели душ своих отдать на дно адское и государей своих не хотели видеть в крови, в погибели и разорении, против доносчиков противились и за государей своих стояли, и они же, бедные, мучимы были: пытали их, и огнём жгли, и казнили, а иным языки резали, иных по темницам сажали. Они же крепились и не посягали против государей своих. Государи же их за их терпение воздавали им многую свою любовь».
Разрушать традиционные отношения, когда все доверенные слуги были холопами (обязанными служить господину до его смерти), а хозяин относился к ним как к членам семьи, было очень опасно. Надвигающаяся на страну гражданская война начнётся уже скоро, в 1603 г., именно восстанием боевых холопов, традиционно сопровождавших хозяев на войне. Но использованный Годуновым механизм расправ был безупречен. Награждать доносчиков было мало. Важно было пытать и казнить честных людей, верных традиционным ценностям. Обе эти меры вместе, пряник и кнут, составляли действительно лучший способ начала массовой «охоты на ведьм». Как и Сталин в XX в., Годунов развязал вакханалию репрессий, основанных на доносах, с целью истребить своих конкретных врагов. И, как позже коммунистический вождь, царь не смог эту смуту в умах контролировать.