Смута, неуверенность и колебания, существовавшие тогда в обществе относительно признания или непризнания церковных реформ Никона, резко проявляли себя прежде всего в тогдашней церковно-богослужебной практике.
Реформы Никона круто подорвали прежние привычные церковно-богослужебные порядки, в первое время не дав однако на место старого чего-либо прочного и всеми признаваемого нового: старое и новое вступило в ожесточенную борьбу между собою за право существования, причем в одних случаях побеждало старое, в других — новое, часто новое и старое своеобразно-пестро перемешивалось между собою и никто хорошо не знал, чего следует держаться: один тянул в одну сторону, другой — в другую, третий думал совместить и то и другое. В отправлении ежедневных церковных служб всюду проявилась беспорядочность, крайняя во всем неустойчивость, соблазнительное разнообразие и произвол отдельных лиц. Сам Никон на упрек, сделанный ему в 1663 году Паисием Лигаридом и Одоевским: зачем он издал три служебника и все они разнятся между собою? ответил: «ныне-де поют так, кто как хочет, а то-де чинится от непослушания». Царь Алексей Михайлович, в своем повелении в 1662 году о созвании по делу Никона собора и о приглашении на него восточных патриархов, говорит: «Никону убо отшедшу. и пребывающу в новопостроенных от него обителях, о вдовстве ея (церкви) не радящу, также и о несогласии церковного пения и о службе божественной литоргии и о иных церковных винах, которой учинились при бытиях патриаршества его, и потому действуются и до ныне, и от того ныне в народе многое размышление и соблазн, а в иных местех и расколы». Посланный царем на восток подъячий Перфилий Оловеников, от имени государя говорил иерусалимскому патриарху Нектарию: «на Руси митрополиты, архиепископы, и епископы и весь церковный чин в несоглашении, в церквах Божиих служат всякий своим нравом». Вятский епископ Александр в челобитной государю пишет: «вси мнящиися столпи настоящаго времени друг с другом в чинах церковных согласия не имут, у когождо бо их свое мудрование... смущающихся о несогласии церковнем, духом кротости исправити не тщимся, но в своих обычаях утверждаемся, ратующе Христово стадо, древния же церковныя чины отметающе и новыи необычно начинающе, вредим, их же должно пользовати». Соловецкий архимандрит Варфоломей заявляет, что когда он ехал в Москву, то, «по грехам нашим, после моего поезду к Москве, учинилась в монастыре, в братье и мирских людях, великая смута, будто священницы и диаконы почали службу служити не так, как было при мне, архимандрите, и в службу ввели чины нововводные, и подаяние божественных и животворящих таин, тело Христово, учали подаватн священницы священником и дияконом иной с северную страну, а иной с летьную страну, и о том у них в церкви Божии и в олтаре во время божественной службы и святого причащения стала смута и вражда велия».[Матер. III, 40. С своей стороны и Неронов в челобитной государю 1660 года об избрании нового патриарха пишет: «смущение убо велие, государь, в великой Росии о церковных вещех, яко же и сам веси, благочестивый государь царь, во все убо седмь лет, тысящи тысящ, душ христианских, сомнения ради церковных вещей, чужи общения пречистых таин, и учения несть, паче же и согласия ради церковных учителей. Помилуй ко отчаянию близ сущих и спастися желающих». Инок Авраамий пишетцарю: «воззри, христолюбче, убо аще неленостен еси, обращеши ли где праве напечатанную без всякаго порока вцерквах святых какую ни есть книгу от Никона бешенова начальства лет 15 и больше? Непорочныя же старыя книги обесчествованы. К сему же: обрящеши ли чин и последование по указанному святых и богоносных отец взаконению? Обрящеши ли суд и отмщение в вещех церковных, или строителя, или начальника праве исправляюща слово истины, и по чину вся бывающая в церкви? Но веем, яко неудобь обрести возможеши, но точию в соборных градских церквах, во ниже во епископиях, паче же ни в монастырех. Виждь убо, аще не плача достойна сия окаянная времена наша, в ня же, увы, достигохом?» (Матер. I, 170. VII, 93-94).] В «повести о блаженной жизни преосвященнейшего Илариона митрополита суздальского» рассказывается, что когда Никон разослал приказ служить по новоисправленным книгам, то преподобный, бывший в то время настоятелем Флорищевской обители, «зело усомневашеся о том, глаголя: писано есть: аще кто прибавит или убавит, анафема да будет, и начат о том со слезами ко Господу Богу молитися прилежно, да ими же весть судьбами открыет ему о сем... Бог же не призре моления раба своего, откры ему сицевым образом:» когда Иларион решился отслужить по новоисправленным книгам одну обедню, и, по окончании ее стал вытирать губою святой патир, то увидал, что внутри патира выступила кровь, «выступила та же кровь и на внешнюю сторону патира». Тогда недоумевающему о явлении Илариону был глас: «елико крови обретеся внутри чаши, толико и на внешней стране чаши; тако разумей и о исправлении книжном и о прочем; аще по прежним, или по нововсправленным служебникам, обаче ни чим же новоисправленная служба меньши первыя». Уверившись таким чудесным образом в одинаковом достоинстве новоисправленных книг с старыми, Иларион не только сам стал служить по новым книгам, но и требовать того же от своих учеников. Одни повиновались ему, «овии же упорством многим возразишася, и даже до смерти совещастася в своем упорстве стояти, укоряюще самаго преподобнаго, якобы самому ему с правого пути совратитися, глаголюще ему со укоризною: яко самому тебе прежде учити нас даже до смерти о сем стояти. Преподобный же некоего ученика — Пестяковца проста и письма не умеющаго, многим постом и поклонами и плинфы на выю его повесивше, смиряше». Но подобного чудесного уверения в одинаковом достоинстве старых и новых книг удостоивались, конечно, очень и очень немногие, большинство же колебалось и не знало, чего ему следует держаться.