Никон был бесспорно замечательно умный и богато одаренный от природы человек: живой, восприимчивый, сильно увлекающийся и энергичный, способный своими выдающимися качествами и всей своей личностью производить на других сильное впечатление. Он был учителен и умел хорошо говорить поучения и речи на различные случаи, он обладал обширною начитанностию и прекрасною памятью, что давало ему возможность в своих речах ссылаться на библейско-церковно-исторические примеры, на свидетельства отцов и учителей церкви. По природе он был широкая натура, способная действовать не по шаблону, способная увлекаться новым, оригинальным, грандиозным. Строить он, например, монастыри, но не так, как другие: в одном он воздвигает храм по образцу храма старого Иерусалима и самый монастырь называет Новым Иерусалимом; другой строить по подобию афонского и называет его Иверским, населяет его монахами южно-русскими выходцами, заводит в нем типографию, а в своем Новоиерусалимском монастыре устанавливает церковные службы на греческом языке Киевскими напевами. Проживая в Москве в качестве новоспасского архимандрита, он, как человек умный и восприимчивый, сближается здесь с учеными киевлянами и греками, начинает понимать и ценить их и, сделавшись патриархом, выдвигает их, привлекает к решению церковных дел и опирается на авторитет их учености и знаний. Даже в обычной обстановке Никон любил все необычное, выдающееся, красивое. Так в Новгороде он выстраивает новый хороший архиерейский дом, строит в Москве новый по тому времени роскошный патриарший дом. Никон любит, являясь всенародно в качестве патриарха, торжественную и возможно пышную обстановку: его патриаршие облачение отличались необыкновенною роскошью и их было очень много (одних сакосов до ста). Словом во всем и всюду он проявлял незаурядную натуру, оригинальность, ум и вкус. Поселившись в Москве он заявил себя здесь очень видным и выдающимся общественным деятелем: как новоспасский архимандрит он играл при царе эффектную роль ходатая и заступника за всех бедных, несчастных, обездоленных, что делало его очень популярным. Став потом новгородским митрополитом, Никон показал себя выдающимся для того времени епархиальным архиереем: он ввел в Новгороде единогласное истовое церковное служение, ввел в церковном пении киевские напевы, которые так любил, говорил к народу поучении, что для того времени было мало обычно. Он строил в Новгороде богадельни, кормил голодных и нищих, щедро раздавал милостыню, лично посещал заключенных в темницы, заступался за неправильно осужденных, заботился поднять престиж всего духовенства в глазах паствы, смело, во имя законности и порядка, боролся с бунтовавшею народной массою, рискуя при этом быть убитым. Естественно, что всеми этими блестящими качествами, выдающеюся незаурядной деятельностью. Никон производил сильное и благоприятное впечатление на царя и на Стефана Вонифатьевича.
Но при своих блестящих природных дарованиях Никон, в то же время, по общему характеру строя всей своей умственной жизни, по приемам и способу своего мышления, по основам своего общего миросозерцания, по пониманию православия и благочестия, по своей малой способности вращаться в сфере высших христианских истин и знаний, был настоящим сыном своего времени, и в этом отношении ничем существенно и коренным образом не разнился от своих друзей, а потом врагов — Неронова, Аввакума и др. Он даже, как и они, был такой же и сновидец и целитель и чудотворец. В существе дела Никон — реформатор оставался тем же типичным старым московским начетчиком, подчас очень односторонним и узким в деле понимание веры и благочестие, как и его противники. Как и у них его мысль и благочестие были прикованы по преимуществу к внешней стороне религии: к ее обряду, к тому или другому церковному чину и обычаю, почему и его благочестие обязательно и неразрывно соединялось у него только с определенной внешней известной формой выражения, — изменение этой формы являлось в его понимании изменением самого существа благочестия. Ему, как и всеми тогдашним начетчикам, недоставало, при их выдающихся природных дарованиях, самого главного: систематического правильного обучения, научных знаний, уменья изучить предмет критически, уменья в делах веры и благочестие существенное отделить от несущественного, важное от неважного, веру и учение от обряда, того или другого исторически сложившегося церковного чина, устава, просто обычая. А все это известным, не особенно благоприятным образом, должно было отразиться впоследствии на всей его церковно-реформаторской деятельности. К этим интеллектуальным особенностям Никона присоединялись еще и некоторые особенности его нравственного характера, которые с особой силой сказались, когда он сделался патриархом. В Никоне-патриархе сказался человек очень властный, гордый и суровый, человек самолюбивый, неуступчивый и нетерпимый к мнению других, а в то же время человек очень увлекающийся, и потому недостаточно устойчивый в самых своих убеждением и, особенно, в своих симпатиях и отношениях к другим, способный часто действовать под влиянием просто гнева или неудовольствие, и вообще тех или других случайных и чисто внешних впечатлений. Впрочем все эти отрицательные качества выступили у Никона с особой рельефностью только впоследствии, когда он сделался патриархом: ранее их не замечали, и потому Никон, как бесспорно-выдающийся во всех отношениях человек, и был намечен царем и Стефаном Вонифатьевичем в патриархи на место Иосифа.