В этом же направлении на Никона действовали в Москве и другие влияния, окончательно убедившие его в правоте и необходимости церковной реформы, ранее в общем уже намеченной царем и Стефаном Вонифатьевичем.
Поселившись в Москве, Никон необходимо познакомился, благодаря царю и Стефану, с появившимися тогда в Москве новыми учительными книгами: Кирилловой и книгой о Верe, тем более, что последняя и издана-то была Стефаном Вонифатьевичем. Знакомство с этими книгами, для Никона обязательное, естественно должно было убеждать его в ошибочности его прежнего взгляда на греков, как на потерявших истинное благочестие, должно было вести его к убеждению, что четыре восточные патриарха «право и неизменно веру, данную им от св. Апостол, и их учеников, и седьми вселенских соборов, и поместных соборов, ни в чем не нарушающе, ни прикладая, ни отлагая проповедали и проповедуют, держали и держат (Кириллова книга); что российскому народу патриарха вселенского, архиепископа константинопольского, слушати, и ему подлежати и повиноватися в справах и в науце духовной есть польза и приобретение велие — спасительное и вечное» (книга о Bepе). К этим воздействием новоизданных московских книг присоединились еще воздейстие со стороны греков и киевлян.
27 января 1649 года в Москву приехал иерусалимский патриарх Паисий, который с обычным почетом принят был царем. Пред наступлением великого поста Паисий прислал в Посольский приказ лист, в котором, рассуждая о важности поста, и желая государю провести его здраво и радостно и невредимо, в конце своего рассуждения пишет и следующее: «еще пребываючи аз при вашей милости в прошлые дни, говорил есми со преподобным архимандритом спасским Никоном, и полюбилась мне беседа его; и он есть муж благоговейный и досуж и верный царствия вашего; прошу, да будет имети повольно приходити к нам беседовати по досугу, без запрещение великого вашего царствие». После поставления Никона в новгородские митрополиты, Паисий снова прислал в Посольский приказ письмо, в котором восхвалял государя за такой удачный выбор. «Похваляем благодать, пишет Паисий царю, что просвети вас Дух Святый и избрали есте такого честного мужа, преподобного инокосвященника и архимандрита господина Никона, и возведе его великое ваше царствие на святый престол святые митрополии новгородские, и он есть достоин утверждати церковь Христову и пасти словесные овца Христова, якоже глоголет «Апостол: таков нам подобаше архиерей, и будет молити Бога о многолетном здравии великое ваше царствие». В заключение Паисий выражает желание, если позволит государь, подарить Никону одну мантию от святых мест. С несомненностью можно предположить, что в беседах между Паисием и Никоном затрагивались те именно церковные вопросы, которые касались разностей, какие тогда существовали между русской и греческой церковно-обрядовой практикою, причем Паисий старался убедить Никона в правоте тогдашней греческой практики и в необходимости, в видах полного единения церквей, согласовать с нею практику русской церкви. Что свои беседы с Никоном Паисий вел именно на этой почве, видно из того, что подобного же рода беседы Паисий вел и с самим царем, а с патриархом Иосифом он, по приказанию царя, даже «учинил соглашение» относительно поста в четыредесятницу и времени совершение литургии. Впоследствии сам Никон заявлял, что Иерусалимский патриарх Паисий зазирал его за разные церковные вины и, между прочим, за неправильное изображение крёстного знамение. Конечно беседы Никона с Паисием происходили по желанию царя и Стефана Вонифатьевича, которые имели в виду этим путем утвердить Никона в убеждении, что современная греческая церковь также православна, как и древняя, и что не русские, а греки должны быть образцом при упорядочении нашей церковно-обрядовой практики. Вероятно и сам Никон, уже ранее признавший ошибочность своего прежнего предубеждение против греков, стремился личной беседой с иерусалимским патриархом проверить свои новые воззрения и убедиться в их правильности, и эти беседы несомненно имели очень большое влияние на окончательную уверенность Никона в правоте его новых воззрений на современных греков. Что же касается патриарха Паисия, то его желание поближе сойтись с Никоном и оказать на него воздействие в интересах греков и всего греческого, было вполне естественно. Никон был любимцем царя, самым близким к нему человеком и, следовательно, мог расположить царя к удовлетворению всех просьб Паисия о помощи бедствующему св. Гробу. С другой стороны патриарх Паисий не мог не видеть, что Никон в скором будущем будет играть в русской церкви выдающуюся и, вероятно, исключительную роль, и потому со своей стороны употребил все усилие обратить Никона в друга греков, постарался рассеять в нем все старые неосновательные предубеждения против греков и убедить его, что греки сохранили православие, благочестие и весь церковный чин и обряд в своем первоначальном, неповрежденном виде и чистоте. итак как это убеждение Никона Паисий к тому же сопровождал особыми похвалами выдающимся качествам ума и сердца Никона, а Никон никогда не был равнодушен к расточаемым ему похвалам, то он, после бесед с Паисием, окончательно примкнул к программе грекофильской церковной реформы, ранее намеченной царем и Стефаном Вонифатьевичем.