Таким образом, развитие религиозной ситуации и практическая церковная политика немецкого командования на оккупированной территории осуществлялись без какого-либо сотрудничества с Зарубежной церковью.
Осенью 1941 года министерство восточных территорий приступило к разработке закона о религиозной свободе, предназначенного для восточных территорий, но столкнулось с противодействием Мартина Бормана, не желавшего лишнего шума вокруг «свободы вероисповедания». Затянувшийся конфликт вынужден был разрешать А. Гитлер, пригласивший к себе в Ставку Розенберга и Бормана. В конце концов фюрер занял сторону Бормана, посчитав, что вообще излишни какие-либо обещания религиозных свобод, как и принятие отдельного закона о религиозной свободе. По его мнению, достаточно было, чтобы рейхскомиссары просто подтвердили существование религиозной свободы в некой пропагандистской прокламации.
Розенберг, исполняя распоряжение фюрера, выслал в рейхскомиссариатства «Остланд» и «Украина» письма, в которых определялась немецкая церковная политика на оккупированных территориях. Суть ее можно свести к четырем основополагающим моментам: религиозным группам категорически запрещалось заниматься политикой; религиозные группы должны быть разделены по территориальным и национальным признакам; религиозные группы не должны мешать деятельности оккупационных властей; требовалось проявлять особое внимание и осторожность к Русской православной церкви, которая поддерживала враждебную Германии «национальную идею».
На основании этих писем рейхскомиссары «Остланда» и «Украины» в начале лета 1942 года издали одинаковые циркуляры, определявшие основные аспекты деятельности религиозных объединений и ставившие их под контроль местной германской администрации.
К осени 1942 года стало ясно, что религиозное движение на временно завоеванной территории не вписывается в политические ожидания оккупантов, не удавалось разыграть «религиозную карту» в нужном политическом направлении. Война затягивалась, и оккупационным властям необходимо было считаться с религиозными объединениями как с долговременным фактором внутриполитической ситуации на востоке. С одной стороны, надо было найти более эффективные способы и формы «включения» религиозных организаций в политическую поддержку властей, с другой — в отношении к ним необходимо было проявлять большую публичную лояльность и терпимость. Конечно, то была вынужденная, в силу складывающихся военно-политических обстоятельств терпимость.
При всей принципиальной схожести церковной политики оккупантов на восточных территориях все же она имела и отличительные черты применительно к каждому из их рейхскомиссариатов.
30 июня 1941 года пала Рига. Отступающие советские войска имели приказ эвакуировать патриаршего экзарха в Прибалтике митрополита Сергия (Воскресенского). Выполнить его не удалось, так как экзарх пожелал остаться на оккупированной территории и укрылся в убежище. Покинул он его только при приходе немцев, однако в тот же день был арестован. Заключение оказалось непродолжительным: через четыре дня Сергий был выпущен на свободу и смог беспрепятственно заняться религиозной деятельностью.
Духовенство и верующие во вновь образованном рейхскомиссариате «Остланд» расценили это как свидетельство достигнутой договоренности между митрополитом и оккупационными властями. Но о содержании ее никто ничего не знал. Лишь постепенно стали проступать контуры достигнутого соглашения. На собрании рижского духовенства митрополит объявил, что остается «послушником митрополита Сергия (Страгородского)» и сохраняет каноническое послушание Московской патриархии, возглашая при богослужении имя патриаршего местоблюстителя Сергия. Одновременно митрополит сделал ряд публичных заявлений, исходя из которых и он, и приходское духовенство должны быть политически лояльными к новой власти.
Сергий (Воскресенский), находясь на оккупированной территории, стремился решить две основные задачи в рамках руководства своим экзархатом. Первая из них — возрождение церковной жизни в Прибалтике, Белоруссии и северо-западных областях РСФСР. Одним из главных его мероприятий стала организация Псковской православной миссии в северо-западных областях СССР. Она была создана в середине августа 1941 года, и туда были направлены миссионеры, которые должны были возродить церковную жизнь в районах Ленинградской, Калининской, Новгородской, Псковской областей, где проживало около двух миллионов человек. Начальниками миссии последовательно были священники Сергей Ефимов, Николай Колиберский и Кирилл Зайц. По подсчетам исследователей, миссия смогла открыть до трехсот церквей, в которых служили более 170 священников.