Деятельность миссии находилась под постоянным контролем органов полиции безопасности. Неоднократно о деятельности миссии и о политико-религиозной ситуации на ее территории информировал немецкие власти и митрополит Сергий (Воскресенский). В одном из его сообщений в марте 1943 года речь шла о взаимоотношениях партизан и местного населения. Митрополит вынужден был констатировать, что население оказывает все большую поддержку партизанам, в том числе и по причине их лояльного отношения к церкви. Не мог не отмечать Сергий и встречающиеся факты негативного отношения немецких и эстонских воинских частей к местному населению, когда помещения храма занимались воинскими подразделениями, а на верующих возлагались всякого рода повинности.
Политические настроения духовенства миссии отличались противоречивостью. Несомненно, что внешне они должны были свидетельствовать о своей лояльности новым властям, выполнять их поручения по проведению торжественных богослужений, ведению соответствующих бесед с населением, информировать власти о действиях партизан и лиц, сочувствующих им, заниматься вербовкой людей на работу в Германию, в отряды власовской русской освободительной армии. Но в действительности ситуация была значительно сложнее. Многие из приходов миссии оказывались на территории, где действовали советские партизанские отряды, и выступления против советской власти были невозможны.
Другая задача, которой митрополит Сергий уделял пристальное внимание, — сохранение единства Русской православной церкви в Прибалтике, так как считал недопустимым ее разделение по национальному признаку. Но он сразу же столкнулся с нежеланием оккупантов способствовать укреплению единоличной церковной власти прорусски, как они считали, настроенного экзарха.
Сергию пришлось преодолевать не только противодействие оккупационной власти, но и вскоре проявившие себя церковные разделения в Прибалтике. В Латвии митрополит Августин (Петерсон) отказался от своих прежних обязательств перед Московским патриархатом и, объявив о восстановлении прежнего синода, обратился к немцам с просьбой разрешить восстановление автокефальной Латвийской православной церкви под юрисдикцией Константинопольского патриархата. Но за Августином пошло небольшое число приходов, так как в большинстве из них прихожане были русскими.
В Эстонии же все приняло несколько иной оборот. Православная церковь Эстонии раскололась на Русскую православную церковь в составе тридцати восьми русских приходов и Печерского монастыря и Эстонскую апостольско-православную митрополию.
Митрополит Александр (Паулус) 14 октября 1941 года издал циркуляр, которым объявлял себя главой Эстонской церкви, в которую входили 119 приходов и Пюхтицкий монастырь. В ответ 5 ноября 1942 года митрополит Сергий своим указом запретил митрополиту Александру проводить богослужения и передал суду Собора. На что 16 декабря 1942 года синод Эстонской православной митрополии заявил о нежелании иметь какое-либо общение с Московской патриархией. Немецкие власти признали факт раскола и придали обеим церквям равный правовой статус. Духовенству и верующим власти дали право свободного выбора юрисдикции.
Судьба митрополита Сергия (Воскресенского) находилась в центре противоречий между руководством комиссариата «Остланд» и министерства восточных территорий. Они по-разному относились к личности митрополита Сергия, к его церковной политике и возможной перспективе русского православия в Прибалтике.
Еще в октябре 1941 года в Ригу и Ковно выезжал руководитель группы религиозной политики рейхсминистерства восточных территорий К. Розенфельдер для уяснения общей религиозной ситуации в Прибалтике, а также и вокруг православной церкви. Он встречался с митрополитом Сергием и православным духовенством, с офицерами СД, курировавшими религиозные вопросы. В составленной им записке предлагались следующие меры: максимально ограничить деятельность католической церкви, не допуская окатоличивания России; занять осторожную позицию в отношении Зарубежной церкви, не допуская ее представителей в Прибалтику; препятствовать намерениям Московского патриархата стать общецерковным центром на востоке; содействовать образованию автокефальных православных церквей, создаваемых по национальному признаку.
Позицию в отношении митрополита Сергия (Воскресенского) Розенфельдер сформулировал так: «Насколько возможно быстро удалить из Остланда представителя Московской церкви в Остланде экзарха Сергия, чтобы полностью исключить там влияние русских. СД собирается первоначально выслать экзарха в Ковно. Точка зрения СД состоит в том, чтобы, удалив экзарха от главного места событий в Остланде, не упускать его совсем из поля зрения из-за очень ценной информации, которую от него получают о Московской церкви»[202].