Вплоть до лета 1942 года Восточное министерство оставалось на этих позициях, не реагируя на возражения и предложения руководства «Остланда». Тлевший длительное время конфликт разрешился 18 июля 1942 года, когда на совещании в канцелярии начальника главного отдела политики министерства Лейббрандта было признано, что полное разделение верующих по национальному признаку больше нецелесообразно, а потому православные церкви в Эстонии, Латвии и Литве должны оставаться русскими. В дальнейшем они, как чуждые концепции жизненного пространства, должны быть перемещены в планируемый «рейхскомиссариат Москвы».
В результате существование экзархата было разрешено, а митрополит Сергий смог вернуться в Ригу. Тотчас же 23 июля 1942 года в Риге было созвано архиерейское совещание. По настоянию оккупационных властей на нем был принят текст приветственной телеграммы в адрес Гитлера и одновременно было обнародовано заявление, в котором епископат решительно отмежевался от патриотической позиции митрополита Московского Сергия (Страгородского). Тогда же решено было прекратить при обычных богослужениях возношение его имени, отныне возглашаемого лишь при архиерейских богослужениях как символ канонической связи с Московской патриархией.
В августе 1942 года Сергий реорганизовал церковное управление в Прибалтике. Экзаршее управление епархией было упразднено. Латвийской епархией отныне управлял назначаемый непосредственно митрополитом и ему подчинявшийся епископ, при котором в качестве совещательного органа учреждался совет из шести священников. При самом же экзархе Сергии учреждалась канцелярия для сношений с подчиненными епархиями Латвии, Литвы и Эстонии, а также совещательный орган — архиерейское совещание в составе правящих архиереев и некоторых священников по усмотрению экзарха.
Отстаивая перед немецкими властями необходимость сохранения своей канонической связи с Московской патриархией, Сергий прибегал не только к церковным, но и к «военно-политическим и пропагандистским» аргументам. В одном из своих меморандумов в ведомство рейхскомиссара «Остланда» о «религиозном обслуживании войск генерала Власова» Сергий указывал на недопустимость действия на его канонической территории представителей Зарубежной церкви, которую верующие воспринимают не иначе как схизматическую и прогермански настроенную, что приведет к отторжению большинства верующих от этой церкви и от митрополита Сергия. Тем самым, подчеркивал митрополит, возрастет сила «воздействия политических прокламаций, которые исходят от Московского митрополита и ослабляют вплоть до полной потери какого-либо значения контрпрокламации, которые выпускают отдельные архиереи или отдельные группы архиереев на занятой территории. Если не признавать канонической свободы архиерея, то больше не будут верить его словам. И если при этом появится предположение, что он призывает к борьбе против Советского Союза не в церковных и не в русских, а, в сущности, в германских интересах, то он пропал — его заклеймят трусом и предателем»[203].
Сергий допускал возможность создания на оккупированной территории единого церковного органа, но он мыслился им исключительно как орган, создающийся на канонически безупречных основаниях — то есть не имеющий никаких связей с Зарубежной церковью — и опирающийся на православных архиереев, действующих на постепенно «освобождаемых немцами» советских территориях. Вместе с тем Сергий не считал, что и после войны Русская церковь должна непременно сохранить свое единство, допуская возможность «создания автокефальных церквей на территории прежде единой Матери-Церкви».
Для оккупационных властей доводы митрополита Сергия (Воскресенского) казались неубедительными, излишне отвлеченными, упирающими на церковно-канонические основания в ущерб прагматизму сложившейся военно-политической ситуации в Прибалтике и таким же прагматическим ожиданиям рейхскомиссариата «Остланд».
Конечно, Сергий понимал, что от него ждут политических заявлений, и он их делал, и не однажды. Так, 15 марта 1943 года он говорил, обращаясь к верующим: «Каждый из нас должен выполнять все директивы германских властей, потому что Германия борется в первую очередь против большевиков. Мы должны помочь уничтожению большевизма, и прежде всего уничтожить его в сердце народа».