Штат центрального аппарата совета — референтский, инструкторский и обслуживающий персонал — формировался усилиями отдела кадров Управления делами Совнаркома. Хотя Молотов и распорядился «весь личный состав поставить в привилегированное положение», что означало предоставление отсрочки по мобилизации в действующую армию, повышенные должностные оклады, медицинское и продуктовое обслуживание, его комплектование проходило медленно и трудно. В 1943–1944 годах в центральном аппарате работало 25–27 человек, примерно 60–70 процентов от штатного расписания. Медлительность, с которой шел процесс заполнения вакансий, объясняется отсутствием необходимого числа подготовленных кадров. Методом проб и ошибок складывалась и структура центрального аппарата.
В течение сентября — октября 1943 года Карпов обдумывает систему формирования в республиках СССР органов, представляющих Совет по делам Русской православной церкви. Ему казалось, что в Белоруссии и на Украине, где действовало значительное число церквей и была чрезвычайно сложной религиозная ситуация, целесообразно непосредственно при совнаркомах этих республик образовать советы по делам Русской православной церкви. Но предложение не было принято, и там, как и везде, вводились должности уполномоченных Совета по делам Русской православной церкви при исполнительных органах власти.
Формирование института уполномоченных на местах шло непросто. По указанию В. М. Молотова в первоочередном порядке уполномоченные назначались в области, освобождаемые от временной немецко-фашистской оккупации, и приоритет при выборе кандидатур отдавался сотрудникам чекистских органов. К подбору кадров привлекались и местные партийные органы. Процесс был медленным, сложным, поскольку кадров соответствующей квалификации не хватало. К началу 1944 года была заполнена лишь половина выделенных вакансий — 43. Подчас Карпов сталкивался с нежеланием или нерасторопностью органов власти на местах, а то и намеренной волокитой в деле подыскания кадров для назначения на должность уполномоченных. Отсюда постоянные «грозные» телеграммы совета в адрес советских органов и жалобы в партийные инстанции. Отметим, что организационное и материальное обеспечение уполномоченных по сравнению с другими работниками соответствующих советских органов было явно ущемленным. Все это приводило к текучести кадров среди уполномоченных, сказывалось на авторитете совета в целом и его деятельности по нормализации государственно-церковных отношений.
Согласно положению о совете, его уполномоченные «наблюдали» за правильным и своевременным проведением в жизнь постановлений правительства и других указаний, касающихся деятельности церкви; «представляли» заключения в СНК СССР по вопросам компетенции совета; «вели» общий учет молитвенных зданий. В соответствии с этим на уполномоченных в республиках, краях и областях СССР возлагалось: установление связей с епархиальными архиереями и благочинными; регистрация духовенства, церковнослужителей и другого обслуживающего персонала; рассмотрение заявлений верующих об открытии (закрытии) культовых зданий и регистрации религиозных обществ и подготовка необходимой документации в центральный аппарат совета; учет и регистрация всех действующих и недействующих православных церквей и молитвенных домов; информирование совета о деятельности религиозных объединений и местных органов власти по соблюдению законодательства о религиозных культах; реализация и контроль за исполнением принимаемых советом решений.
Из архивных материалов усматривается, что порядок в проведении этой работы устанавливался чрезвычайно трудно. Многими уполномоченными правила эти нарушались. Не случайно, рассматривая на своих заседаниях итоги поездок инспекторов в Горьковскую, Курскую, Молотовскую, Пензенскую, Ярославскую и некоторые другие области в первом квартале 1944 года, совет отмечал, что учет церквей и культового имущества находится в неудовлетворительном состоянии, заявления верующих о регистрации общин не рассматриваются в срок и надлежащим образом, не налажен учет духовенства.