Церкви в период первой русской революции пришлось столкнуться и с новым для себя явлением: массовыми требованиями о придании государственному обязательному образованию светского характера, о расширении влияния земства и общественности на характер и содержание преподавания во внегосударственных школах, о сокращении государственного финансирования церковно-приходских школ. Показательно, что учредительный съезд Всероссийского крестьянского союза, собравшийся летом 1905 года, потребовал, чтобы все школы были светскими, а преподавание Закона Божьего признано было необязательным и предоставлено «усмотрению родителей». В ряде губерний массовый характер приобрело бойкотирование церковно-приходских школ. Нередко население отбирало у духовенства местные начальные учебные заведения и передавало их земству, явочным порядком отменялось преподавание Закона Божьего.
Православное духовенство избегало какой-либо публичной критики в адрес духовной школы, но это не означало, что ему были неизвестны ее недостатки. К примеру, в одном из писем архиепископу Арсению (Стадницкому) будущий патриарх Алексий (Симанский), более десяти лет проработавший в церковных учебных заведениях, писал: «Слабой стороной прежней духовной школы было то, что она имела двойственную задачу. Это была школа сословная; она имела задачей предоставить возможность духовенству — сословию, в общем, бедному — на льготных началах дать воспитание и образование своим детям; другой ее задачей было создавать кадры будущих священнослужителей. Понятно, что не каждый сын священника, или диакона, или псаломщика имел склонность к пастырскому служению… и от этого получалось, что такие подневольные питомцы духовных учебных заведений вносили в них дух, чуждый церковности, дух мирской, снижали тон их церковного настроения».
Как бы то ни было, революционные настроения в обществе захлестнули и духовные учебные заведения. Протесты, забастовки, стычки с администрацией и преподавателями, погромы прокатились волной практически по всем российским семинариям и даже имели место в духовных академиях. Об этом невиданном ранее деле сообщали как солидные газеты, так и газетенки, пробавлявшиеся сплетнями и слухами. Вот только один образчик такой информации: «В Киеве ночью в семинарии произошли крупные беспорядки. Семинария закрыта. Семинаристам предложили в два дня покинуть здание. В Сергиевом Посаде закрыта Вифанская духовная семинария. Недоразумения возникли из-за нежелания воспитанников подчиниться введению переводных экзаменов. В Тамбове в 9 часов вечера ректор семинарии архимандрит Семион, возвращающийся после всенощной, был тяжело ранен револьверным выстрелом в спину. В Москве по распоряжению митрополита закрыта семинария. В Саратове в семинарии происходили собрания по вопросу о бойкоте экзаменов. В Рязани в здание семинарии введена полиция. В Нижнем Новгороде в здании семинарии была взорвана петарда, вследствие чего выбито стекло на втором этаже здания и рухнул потолок».
…Докатились студенческие волнения и до Петербургской духовной академии. Студенчество раскололось: большинство по примеру светских школ требовало бойкотировать лекции. Меньшая часть учащихся высказывалась за продолжение занятий и даже пыталась противостоять большинству, составляя пары дежурных слушателей, которые попеременно ходили на занятия, а так как профессора по традиции лекции читали и при двух-трех студентах, то сохранялась видимость порядка и лекции продолжались. Ни та, ни другая группа не сдавалась, и ситуация приняла угрожающий характер.
Начальство академии во главе с ректором епископом Сергием объявило, что если демонстрации не прекратятся, то зачинщиков уволят и отправят по домам, а меньшинство будет заниматься. В решающий час епископ повелел собрать общестуденческую сходку…
Актовый зал гудел от выкриков и речей, то здесь, то там сколачивались группки, скандировавшие: «Забастовка! Забастовка!» Вот наиболее сплоченная группа из 20–30 студентов двинулась к трибуне, и все поняли, потихоньку рассаживаясь и успокоиваясь, что это главные, они объявят о сходке, они и решат судьбу академии. На кафедру вышел избранный председателем студент Иван Смирнов, эсер по политическим убеждениям. Наступила напряженная тишина. Но не успел Смирнов начать свою речь, как в зал стремительно вошел спокойный и уверенный ректор — высокий, плечистый, с длинной черной бородой, в клобуке. Он подходит к кафедре, а там — Смирнов.
— Я избран председателем сходки, — заявил он достаточно уверенно ректору. — И мы сейчас обсудим свои требования, а потом представим их вам. Откажете нам в них, мы, — оратор широким жестом обвел зал, — покинем академию и присоединимся к своим братьям на улицах.