В первые же месяцы работы совета стало очевидным, что новый курс правительства в отношении религии и церкви требует изменения своей правовой базы — законодательства о религиозных культах. Еще в декабре 1943 года юрисконсульту совета было поручено подготовить соответствующие предложения, заключавшиеся в следующем:
«1. а) пересмотреть закон 1929 года в целом, изучить, что отменяется полностью, что видоизменяется, что сохраняется в прежнем виде;
б) составить на основании этой работы проект нового постановления СНК.
2. Подготовить вопрос о юридических правах церкви. Внести изменения в ч. II. п. 6; ч. III. п. 9 и целиком в пп. 10 и 12 декрета „Об отделении церкви от государства и школы от церкви“».
По итогам проделанной работы в январе 1944 года Карпов представил в Совнарком проект нового союзного закона «О положении церкви в СССР». В докладной записке он обосновывал этот шаг тем, что декрет об отделении церкви от государства (1918) и постановление ВЦИК и СНК РСФСР «О религиозных объединениях» (1929) устарели и требовали исправления. По его мнению, законы союзных республик о религиозных объединениях должны быть заменены общесоюзным законом, что позволило бы проводить единую общегосударственную линию в вопросах взаимоотношения государства с религиозными объединениями. Одновременно на рассмотрение правительства предлагалось вынести и инструкцию для уполномоченных совета, которая конкретизировала бы их практическую деятельность по надзору, контролю, учету, регистрации и отчетности по вопросам деятельности объединений Русской православной церкви.
Однако надеждам Г. Г. Карпова не суждено было сбыться: правительство так и не пошло на принятие общесоюзного закона о религиозных объединениях. Председателю совета Карпову отводилась роль посредника между правительством и церковью и одновременно «проводника» в жизнь сталинской модели свободы совести. К сожалению, мы по-прежнему очень мало знаем об этом человеке, волей судьбы оказавшемся в сложной, противоречивой, а временами и трагичной ситуации. Но и то, что мы знаем, позволяет говорить о нем как о реально мыслящем человеке, заслуги которого в возрождении церкви и нормализации государственно-церковных отношений пока еще объективно не оценены, а в последние годы намеренно принижаются.
У Карпова сложились деловые, а в чем-то даже и доверительные отношения с патриархом Сергием. Первая их официальная встреча состоялась 29 октября 1943 года, а последняя — 5 мая 1944-го. Во время встреч патриарх и председатель могли спокойно обсуждать все самые сложные проблемы жизни Русской церкви в СССР и за ее пределами. Об этом можно судить по сохранившимся записям бесед, сделанных Карповым, и это, конечно, облегчало для обоих поиск выхода из самых сложных и запутанных ситуаций. Безусловно, Карпов в своих поступках не был свободен ни от власти предержащей, ни от собственных заблуждений и ошибок во взглядах на роль и место церкви в обществе, на формы и методы, дозволенные государству при регулировании деятельности религиозных организаций. Но все же он стремился проводить политику благоприятствования деятельности церкви. Карпов не чурался и личных отношений с патриархом. В этом его поддерживал Молотов, подсказавший, в частности, идею отмечать дни рождения и юбилейные даты патриарха и других церковных деятелей.
24 января 1944 года патриарху исполнилось 77 лет. Он отклонил предложения о торжествах по этому случаю в Елоховском соборе и принял у себя дома лишь ближайших своих сотрудников. Литургия служилась в домовой церкви патриарха. Ему сослужили протоиерей Николай Колчицкий и келейник архимандрит Иоанн (Разумов). Помолиться собрались все служащие Московской патриархии, бывшие в Москве иерархи, а также московские благочинные. Несмотря на всю простоту и скромность обстановки, у собравшихся было торжественное и молитвенное настроение. Они горячо, проникновенно молились и просили Господа продлить годы жизни старца-патриарха.
Неспешно шла беседа за скромной трапезой. Вдруг в прихожей послышались голоса, шум и в зал вошел неожиданный гость — председатель совета Карпов. От имени правительства и от себя лично он пришел поздравить патриарха с днем рождения и преподнес просто царские по тому времени — почти на 30 тысяч рублей — подарки: разнообразные материалы и ткань для пошива одежды и облачения патриарха. Сергий был тронут. Улыбались и оживленно обсуждали происшедшее гости. Карпов при всех подарил патриарху часы с золотой цепочкой, пожелал ему здоровья. Как нельзя кстати пришлись принесенные для юбиляра коньяк, шампанское, икра, фрукты.