И хотя Первая Государственная дума, проработавшая всего лишь 73 дня и распущенная царем, так и не успела приступить к рассмотрению вероисповедных законопроектов, все же тема религиозной свободы прозвучала на ее пленарных заседаниях.
5 июня на пленарном заседании Думы обсуждалось предложение о принятии законов о гражданском равенстве. От имени кадетской партии выступил Ф. Кокошкин, который настойчиво требовал устранить привилегии одних сословий и ограничения других в правовой, национальной и вероисповедной сферах, обеспечить равенство полов. При этом он подчеркивал, что в России до сих пор «существует средневековый варварский пережиток — ограничение прав отдельных национальностей или лиц отдельного вероисповедания».
Последовавшее вслед за этим обсуждение показало, что идеи отмены существовавших жестких ограничений по признакам национальной, вероисповедной или сословной принадлежности и установления в России гражданского равенства нашли самый широкий отклик у депутатов. Они воспринимались как самоочевидные истины, которые следовало не доказывать, а практически реализовывать в жизни России, в том числе и через принятие соответствующих законов.
Либеральная печать, подводя итоги деятельности Первой думы в вопросах реформирования вероисповедного законодательства, отмечала, что нельзя мириться с половинчатым решением, предлагаемым властью. Нужно не просто расширение уступок в пользу требования веротерпимости, а «нужен разрыв» с прежними политическими традициями, видевшими в союзе церкви и государства оплот и основу строя. Подчеркивалось, что исходным пунктом новой политики государства в вероисповедных вопросах должен быть принцип свободы совести как неотъемлемое право человека и гражданина.
В период между разгоном Первой думы и созывом Второй думы проявились противоречия относительно вероисповедной реформы и во властных структурах. Витте, при всех своих колебаниях ратовавший за их продолжение, натыкался на стену «непонимания» со стороны правых, которые объединились против него еще со времен октябрьского манифеста о свободах и жаждали реванша. Нежелание реформирования вероисповедной политики Витте объяснял тем, что «фактическое проявление революции скопом подавлено». В докладе Николаю II с просьбой о своем освобождении от должности премьер-министра он, разъясняя свою позицию, писал: «По некоторым важнейшим вопросам государственной жизни, как, например, крестьянскому, еврейскому, вероисповедному и некоторым другим, ни в Совете министров, ни во влиятельных сферах нет единства. Вообще, я не способен защищать такие идеи, которые не соответствуют моим убеждениям, и потому я не могу разделять взгляды крайних консерваторов, ставшие в последнее время политическим кредо министра внутренних дел».
В феврале 1907 года открылись заседания Государственной думы второго созыва. Среди ее 509 членов было 20 православных священников и два епископа.
6 марта в Думу прибыл новый председатель Совета министров П. А. Столыпин. В своей программной речи премьер охарактеризовал «реформы последнего времени» в России «перестройкой» всего государственно-национального бытия. Она должна, по его убеждению, превратить Россию в недалеком будущем в правовое государство, где главенствует писаный «закон», а не воля «отдельных лиц». Он призвал депутатов всемерно содействовать принятию необходимых России законов. Этих, как выразился Столыпин, «материальных норм», которые только и могут определить и установить «твердые устои новоскладывающейся государственной жизни России».