Обращает на себя внимание и тот факт, что императорское правительство сочло необходимым распустить Государственную думу с грубым нарушением Основных государственных законов, в порядке государственного переворота изменить закон о выборах в Государственную думу, чтобы тем самым обеспечить себе большинство в ней. Таким образом, третьеиюньские акты сыграли роковую роль в судьбе русского конституционализма. Ими был поколеблен основной принцип новой редакции Основных законов, по которому устанавливались нормы, не подлежащие изменению без санкции народного представительства. К таковым прежде всего относились основания избирательной системы. В угоду практической целесообразности правительство пожертвовало конституционным принципом, нанеся по зарождавшемуся в обществе правосознанию сокрушительный удар. Силы, высказывавшиеся за преобразование самодержавия путем постепенных реформ, проиграли в общественном мнении, поскольку не смогли осуществить ими же самими провозглашенные программы в Первой и Второй думах. Тогда как представители левого крыла российского общественного мнения могли торжествовать: события 3 июня становились для них весомым аргументом в доказательстве «бесплодности» ожиданий реформ сверху и возможности эволюционирования российской политической системы от самодержавия к демократии; отныне в качестве единственного аргумента признавались «силовое давление», революция.
На этом общеполитическом фоне, в условиях противостояния власти и общества в вопросах расширения религиозных свобод и развертывалась деятельность Сергия Страгородского на новой кафедре и в Синоде. На него стали возлагать всякого рода поручения, в том числе важные и неотложные, требующие немедленного решения. Его по-прежнему призывали к делам Учебного комитета Синода. Особенно острым был вопрос о предоставлении автономии духовным академиям. В ноябре 1905 года проходило специальное совещание делегаций от духовных академий, на котором новый обер-прокурор Синода князь А. Д. Оболенский столкнулся с решимостью представителей академий добиться автономии. Первенствующий член Синода митрополит Санкт-Петербургский Антоний (Вадковский), будучи последовательным противником автономии и стремясь «разбавить» решимость и единство академиков, предложил А. Д. Оболенскому пригласить на заседание «свежие силы» — архиепископа Сергия Финляндского (Страгородского) и епископа Псковского Арсения (Стадницкого), который недавно занял пост члена Учебного комитета Синода.
Но неожиданно для него и Арсений, и Сергий, хотя и с небольшими оговорками, поддержали позицию профессоров. Все вместе они смогли склонить и митрополита Антония к тому, чтобы в проект нового устава духовных академий были включены следующие положения: академии находятся в подчинении Святейшего синода; ректор и инспектор избираются советом академии и утверждаются Синодом в своей должности; в состав совета академии вводятся и доценты; совет академии окончательно принимает решения об утверждении в ученых степенях.
17 декабря 1905 года Николай II принял в Царском Селе трех митрополитов: Петербургского Антония (Вадковского), Киевского Флавиана (Городецкого) и Московского Владимира (Богоявленского) и имел с ними беседу о созыве Собора. По окончании аудиенции иерархи получили указание готовить и провести Собор «в ближайшее по возможности время». В этих целях было создано Предсоборное присутствие — особый орган из представителей иерархии, ученого монашества, академических кругов для разработки необходимых церковно-административных документов и материалов к Собору.
Сергий стал неизменным членом Предсоборного присутствия, руководил отделами, которые должны были готовить программу соборных заседаний, материалы для соборных обсуждений.
Атмосферу ожидания скорейшего свершения важнейшего события, каким должен был стать Собор, хорошо передает письмо Сергия от 25 декабря 1905 года Арсению Стадницкому, в котором были такие строчки: «Ваше Преосвященство, Высокочтимый Владыко и Архипастырь! Поздравляю Вас сердечно с великими праздниками и наступающим Новым годом. Дай Бог Вам в этом году всякого успеха и сил в многообразном служении церковном; будем молиться, чтобы Господь умиротворил нашу страну и дал нам возможность всем встретиться на Всероссийском церковном соборе».