Важнейшим событием в укреплении внешнеполитического курса Павла I стало принятие под покровительство России в начале его царствования Мальтийского ордена. Французская революция пошатнула основу этого старейшего западноевропейского христианского ордена. В 1797 году по просьбе орденского братства Павел I принял титул протектора (покровителя) Мальтийского ордена. Это звание налагало на него известные обязанности, особенно когда в июне следующего года молодой французский генерал Бонапарт захватил Мальту. Русский император не только предоставил членам ордена убежище в своей столице и обеспечил пребывание ордена в России материально, но и распространил деятельность его на русской территории восстановлением польского католического и учреждением русского православного великого приорства. Историк А. В. Скоробогатов, утверждает, что символика ордена «отражает идею воссоединения христианских церквей, центром которых должна стать Российская империя».
29 ноября 1798 года Павел I принял Мальтийский орден в свое «державство» и возложил на себя знак великого магистра. Через месяц был издан манифест об «Установлении в пользу российского дворянства ордена Св. Иоанна Иерусалимского». Новый российский Мальтийский орден состоял из двух отделов: православного и католического, что должно было символизировать грядущее преодоление раскола между христианами России и Европы. Помимо этого Россия получала прекрасный стратегический плацдарм в Средиземном море. Рыцарский дух Павла I, его благородная и порывистая натура не позволили ему оставить мальтийцев в беде. Кроме того, в его планы входило намерение вернуть ордену остров Мальта.
Что касается родной православной церкви — ее пастыри могли рассчитывать на самое внимательное отношение к себе. Павел I не разделял равнодушия своей матери к священнослужителям русской церкви и их насущным нуждам. Вот как писал об этом в своих воспоминаниях рыцарь Мальтийского ордена граф Франц Габриэль де Бре, пребывавший в Санкт-Петербурге в 1799–1800 годах в качестве депутата: «В сношениях с духовенством император выказывает больше ловкости и знания людей: он его осыпает милостями и знаками почтения. Он первый наградил епископов орденами, которые до сих пор давались только мирянам. Везде, при всяком случае он высказывает им самое глубокое уважение, но в этом у него меньше системы, чем чувств». Павел пресекал какие-либо преследования православной церкви и даже предоставил определенную легитимность старообрядцам. В начале 1798 года в Нижегородской губернии, центре старообрядчества, им было разрешено открывать свои церкви. Неслучайно потом, когда императора не станет, старообрядцы будут так сердечно скорбеть о нем.
Мистической тайной окутаны повествования о встрече Павла I с православным монахом, иноком Авелем, обладавшим даром пророчества. Предсказание дня и часа кончины Екатерины II привели его в один из казематов Шлиссельбургской крепости. Освобожденный новым павловским правлением, он, согласно легенде, имел беседу с императором Павлом и предрек ему скорую трагическую кончину, а также судьбу его потомков.
Быть может, отсюда столь пристальная, навязчивая, мистическая подозрительность Павла I ко всем окружающим? Особенно в последние месяцы, недели и дни. Тем более что подозрительность не была беспочвенной. Вокруг него усиленно плелась паутина заговора. И он это чувствовал. Присутствовавший на его вечерней трапезе 11 марта 1801 года М. И. Кутузов впоследствии рассказывал: «После ужина император взглянул на себя в зеркало, имевшее недостаток и делавшее лица кривыми. Он посмеялся над этим и сказал мне: «Посмотрите, какое смешное зеркало; я вижу себя в нем с шеей на сторону»». Через два часа его не стало…