Екатерина явила в этот момент свои немалые организаторские таланты. Были загодя составлены манифесты, послания командирам воинских частей и начальникам областей и губерний, был взят под контроль Кронштадт, а дипломатический корпус получил уведомление о перемене царствующей особы.
Во всей истории этого судьбоносного для России переворота много неясного и удивительного. Невозможно не поразиться, с какой легкостью офицеры и сановники приносили присягу на верность Екатерине, хотя от присяги на верность Императору Петру III их никто не освобождал. А ведь присяга — клятва на Евангелии Именем Божиим служить «не жалея живота своего» Монарху!
Были и немногочисленные исключения, и самое известное — канцлер и граф Михаил Илларионович Воронцов (1714–1767), дядя княгини Дашковой. Он прямо заявил Екатерине, что принёс присягу Императору Петру и присягать вторично не будет, но сохранит по отношению к Екатерине полную лояльность. Екатерине такой афронт был крайне неприятен: граф являлся влиятельнейшим лицом, руководителем внешней политики России. С ним нельзя было расправиться втихомолку: он был взят под домашний арест. Когда же после смерти Петра граф принес всё-таки присягу Екатерине, то арест был отменён.
Император Пётр встретил 28 июня в Ораниенбауме. Окруженный своими голштинцами, он узнал о событиях в Петербурге только в середине дня. После нескольких безуспешных попыток овладеть ситуацией, он отправил к Екатерине капитана П. И. Измайлова с сообщением, что готов отречься от Престола. Екатерина тут же призвала Петра сдаться, чтобы «предотвратить неисчислимые бедствия». Она обещала обеспечить ему «приятную жизнь» в каком-нибудь удаленном от Петербурга дворце. Пётр поверил, капитулировал, и в результате не было пролито ни капли крови. Фридрих Великий по этому поводу с досадой заметил, что Пётр «позволил свергнуть себя с Престола, как ребёнок, которого посылают спать». Сам Фридрих никогда бы не капитулировал; как настоящий солдат, он стоял бы насмерть до самого конца, но его русский Император-поклонник не обладал силой воли Прусского Короля.
После отказа от власти поверженный Монарх был арестован и препровожден в Ропшу, которая ему принадлежала ещё в бытность его Великим князем. Екатерина лично подобрала группу доверенных лиц, которым приказывалось неотлучно находиться при Петре Фёдоровиче. Поверженный проявлял полное смирение; он лишь прислал письмо с просьбой отпустить его в Голштинию. «Ваше Величество может быть во мне уваренною: и я не подумаю и не сделаю ничего против Вашей особый против Вашего царствования». Для подозрительной Екатерины эти заверения не стоили ровным счётом ничего.
Здесь возникает вопрос, который до сего дня не прояснён, да и который вообще трудно встретить в сочинениях по поводу указанных событий: как Екатерина видела будущее своего супруга, с которым она разведена не была? Сама она того не объяснила, да и никто того не объяснил и из числа её клевретов. Невозможно предположить, чтобы изощрённую натуру Екатерины не занимала эта проблема. Но она была действительно умна и расчетлива, прекрасно понимая, насколько ситуация взрывоопасна.
Передавали, точно тут ничего установить нельзя, что Екатерина намеревалась заключить Петра в Шлиссельбурге, а томящегося там Иоанна Антоновича перевести в другое место. А дальше что? Держать под арестом годы, а может быть, и десятилетия? Но ведь уже более двадцати лет томился в заключении Император Иоанн Антонович, свергнутый в 1741 году Елизаветой Петровной, Елизавете было проще, чем Екатерине; она ведь дочь Петра Первого, а Екатерина свергла внука Петра Первого. Было ясно, что не может Екатерина спокойно наслаждаться властью, пока жив Пётр. Его должно было бы не быть. Это решило бы многое раз и навсегда. Нет никаких оснований утверждать, что Екатерина отдавала приказ «извести» своего мужа. Для него она была слишком умна и слишком осторожна. Но невозможно дистанцировать Екатерину от того злодеяния, которое формально исполнили верные ей люди, просто-напросто «вычислившие» и «прочитавшие» сокровенное желание своей госпожи.
Пётр прожил в Ропше несколько дней, и 6 июля к Екатерине поступила краткая записка Алексея Орлова, извещавшая, что всё кончено, «Матушка, милосердная Государыня! Как мне изъяснить, описать, что случилось: не поверишь верному своему рабу, но как перед Богом скажу истину. Матушка! Готов идти на смерть, но сам не знаю, как эта беда случилась. Погибли мы, когда ты не помилуешь. Матушка! Его нет на свете! Но никто сего не думал, и как нам задумать поднять руку на Государя! Но, Государыня, совершилась беда. Мы были пьяны, и он тоже. Он заспорил за столом с князем Фёдором (Барятинским. — А. Б.), не успели мы разнять, а его уже не стало. Помилуй меня хоть для брата. Повинную тебе принёс — и разыскивать нечего. Прости или прикажи скорее кончить. Свет не мил, разгневали тебя и погубили души навек».