Рано утром того дня в сопровождении группы офицеров Екатерина прибыла из Петергофа в Петербург в казармы Измайловского полка, который приветствовал её уже в качестве «Величества»- Далее то же самое повторяется в казармах Семёновского и Преображенского полков. К Екатерине прибывают некоторые вельможи, которые присоединяются к свите теперь уже «Императрицы». Окруженная гвардейцами и народом, Екатерина отправилась в Казанский собор, где её уже ожидал архиепископ Новгородский и духовенство. Пропели благодарственный молебен и торжественно провозгласили Екатерину «Императрицей всея Руси», а Великого князя Павла — наследником Престола.
Екатерина явила в этот момент свои немалые организаторские таланты. Были загодя составлены манифесты, послания командирам воинских частей и начальникам областей и губерний, был взят под контроль Кронштадт, а дипломатический корпус получил уведомление о перемене царствующей особы.
Во всей истории этого судьбоносного для России переворота много неясного и удивительного. Невозможно не поразиться, с какой легкостью офицеры и сановники приносили присягу на верность Екатерине, хотя от присяги на верность Императору Петру III их никто не освобождал. А ведь присяга — клятва на Евангелии Именем Божиим служить «не жалея живота своего» Монарху!
Были и немногочисленные исключения, и самое известное — канцлер и граф Михаил Илларионович Воронцов (1714–1767), дядя княгини Дашковой. Он прямо заявил Екатерине, что принёс присягу Императору Петру и присягать вторично не будет, но сохранит по отношению к Екатерине полную лояльность. Екатерине такой афронт был крайне неприятен: граф являлся влиятельнейшим лицом, руководителем внешней политики России. С ним нельзя было расправиться втихомолку: он был взят под домашний арест. Когда же после смерти Петра граф принес всё-таки присягу Екатерине, то арест был отменён.
Император Пётр встретил 28 июня в Ораниенбауме. Окруженный своими голштинцами, он узнал о событиях в Петербурге только в середине дня. После нескольких безуспешных попыток овладеть ситуацией, он отправил к Екатерине капитана П. И. Измайлова с сообщением, что готов отречься от Престола. Екатерина тут же призвала Петра сдаться, чтобы «предотвратить неисчислимые бедствия». Она обещала обеспечить ему «приятную жизнь» в каком-нибудь удаленном от Петербурга дворце. Пётр поверил, капитулировал, и в результате не было пролито ни капли крови. Фридрих Великий по этому поводу с досадой заметил, что Пётр «позволил свергнуть себя с Престола, как ребёнок, которого посылают спать». Сам Фридрих никогда бы не капитулировал; как настоящий солдат, он стоял бы насмерть до самого конца, но его русский Император-поклонник не обладал силой воли Прусского Короля.
После отказа от власти поверженный Монарх был арестован и препровожден в Ропшу, которая ему принадлежала ещё в бытность его Великим князем. Екатерина лично подобрала группу доверенных лиц, которым приказывалось неотлучно находиться при Петре Фёдоровиче. Поверженный проявлял полное смирение; он лишь прислал письмо с просьбой отпустить его в Голштинию. «Ваше Величество может быть во мне уваренною: и я не подумаю и не сделаю ничего против Вашей особый против Вашего царствования». Для подозрительной Екатерины эти заверения не стоили ровным счётом ничего.
Здесь возникает вопрос, который до сего дня не прояснён, да и который вообще трудно встретить в сочинениях по поводу указанных событий: как Екатерина видела будущее своего супруга, с которым она разведена не была? Сама она того не объяснила, да и никто того не объяснил и из числа её клевретов. Невозможно предположить, чтобы изощрённую натуру Екатерины не занимала эта проблема. Но она была действительно умна и расчетлива, прекрасно понимая, насколько ситуация взрывоопасна.
Передавали, точно тут ничего установить нельзя, что Екатерина намеревалась заключить Петра в Шлиссельбурге, а томящегося там Иоанна Антоновича перевести в другое место. А дальше что? Держать под арестом годы, а может быть, и десятилетия? Но ведь уже более двадцати лет томился в заключении Император Иоанн Антонович, свергнутый в 1741 году Елизаветой Петровной, Елизавете было проще, чем Екатерине; она ведь дочь Петра Первого, а Екатерина свергла внука Петра Первого. Было ясно, что не может Екатерина спокойно наслаждаться властью, пока жив Пётр. Его должно было бы не быть. Это решило бы многое раз и навсегда. Нет никаких оснований утверждать, что Екатерина отдавала приказ «извести» своего мужа. Для него она была слишком умна и слишком осторожна. Но невозможно дистанцировать Екатерину от того злодеяния, которое формально исполнили верные ей люди, просто-напросто «вычислившие» и «прочитавшие» сокровенное желание своей госпожи.