Разгром петлюровских банд сопровождался ликвидацией подпольных организаций, которые были связаны с зарубежными контрразведывательными и контрреволюционными центрами. В Одессе органами ЧК была раскрыта гетманская организация, в Киеве — «Областной центр действия» и «Казачья рада», связанные с Петлюрой и 6-й польской армией. На Уманьщине была ликвидирована одна из польских разведывательных организаций. Обвинительное заключение трибунала так свидетельствует о ее деятельности:
«В декабре 1920 г. в связи с мирными переговорами в Умань прибыла польская миссия, при которой в качестве представителя дефензивы (контрразведки) находился поручик Жайковский. Бухгалтершей комиссии по ликвидации военных имуществ в Умани состояла некая Ягодинская, которую Жайковский уговорил собирать сведения о частях 14-й армии, расположенной в окрестностях Умани, и доставлять ему эти сведения. Кроме того, уезжая в Польшу, Жайковский уполномочил Ягодинскую вербовать шпионов и назначил ее при этом «комендантом» уманской пятерки. Ягодинская приняла предложение Жайковского, и к ней стали неоднократно являться из Польши служащие дефензивы, которых она узнавала по паролю «честь челом». Сведения о состоянии войск и транспорта собирались специальной группой лиц, организованных Ягодинской, и отправлялись ею во Львов со специальным курьером. 2 сентября 1921 г. сотрудники Киевской уездной Чрезвычайной комиссии арестовали на дороге из Умани к границе некоего Сосновского, который вез донесения Ягодинской в польскую контрразведку».
К концу 1921 года основные силы петлюровцев на Правобережной Украине были разгромлены. В отчете о борьбе с бандитизмом говорилось следующее:
«Здесь прежде всего надлежит отметить гибель знаменитого бандита Лихо, убитого 4 октября в окрестностях Гайсина при перестрелке с нашими частями; захват тяжело раненого бандита Музыки, действовавшего в Каневском и Богуславском районах; добровольную явку в Подольскую ГубЧК бандита Шевчука, являющегося адъютантом полковника Карочного; ряд поражений, нанесенных банде Кочубея в первых числах октября, приведших к бегству банды в южную часть Конградского уезда и разделению ее на жалкие отряды; сдачу банды Матвиенко (Мойсеенко). в Конградском уезде с группой до 50 бандитов; разгром шаек Безпацкого в Ново-Ущицком, Загородного в Ново-Миргородском и Иванова в Криворожском районах; раскрытие тайной петлюровской организации в Зенькове и массовый арест дезертиров и изъятие оружия, особенно на Правобережье».
Не менее успешно шла ликвидация банд и на Левобережье Украины. Еще летом 1921 года М. В. Фрунзе в беседе с зарубежным корреспондентом сообщил:
«Что касается Левобережья, то здесь приходится отметить особенно крупный успех в деле искоренения бандитизма, почти полного искоренения самого сильного бандитского соединения, т. н. «повстанческой армии Махно». Махно, имевший в декабре 1920 г. значительные вооруженные силы (примерно, от 10 до 15 тысяч бойцов), как известно, уже к весне текущего года под влиянием ряда понесенных поражений был вынужден распустить свою армию, что было сделано в конце марта.
Начиная с этого времени, бывшие части махновской армии действовали самостоятельно, занимаясь, согласно приказу Махно, разрушением железных дорог, взрыванием мостов, уничтожением поездов, ограблением сахарных заводов и вообще уничтожением всяких хозяйственных предприятий республики.
25 мая, очевидно, в надежде на широкое развитие повстанческого движения, а также в связи с наступившим теплым временем, отдельные шайки Махно вновь соединяются вместе на территории Кобелянского уезда Полтавской губернии. Махно объявляет приказом о восстановлении повстанческой армии и выступаете ней как с организованной силой. Объединенные силы насчитывали примерно 1500–2000 бойцов, главным образом кавалеристов».
Однако уже в июле командованием Красной Армии против Махно была применена совершенно новая тактика. Преследование махновцев начали ударные бронеотряды, что окончательно деморализовало бандитов и обратило их в паническое бегство. Так, 15 июля отряд Махно был окружен в балке реки Ольховая в районе деревни Голодаевки, затем в атаку устремилось 8 броневиков, которые пулеметным огнем уничтожили около сотни бандитов. Спасаясь бегством, махновцы бросили на месте боя 53 тачанки и 33 пулемета.
19 августа 1921 года Постоянное совещание по борьбе с бандитизмом при СНК УССР заслушало доклад «О борьбе с батькой Махно». Участники совещания были единодушны в том, что махновщине нанесено сокрушительное поражение. Тем не менее председатель Совнаркома и нарком иностранных дел Украины X. Г. Раковский был настроен не столь оптимистично. Выступая с докладом, он сделал следующий вывод: