5 августа 1953 года Павел Судоплатов был вызван в Кремль, где отвечал на вопросы руководителей страны. В бывшем кабинете Сталина Хрущев, Молотов, Маленков, Булганин, Микоян и Ворошилов «допрашивали» его по поводу заданий, которые он получал от Берии. Вопросы задавали Хрущев, Маленков и Булганин, Молотов хранил угрюмое молчание, Ворошилов и Микоян тоже молчали, подозрительно поглядывая на Судоплатова. Атмосфера в кабинете была напряженной.
Когда Павел Анатольевич начал докладывать о послевоенных акциях против Оггинса, Самета, Ромжи и Шумского, то в каждом случае он указывал, кто давал приказ о ликвидации, и что все эти действия предпринимались с одобрения не только Сталина, но также Молотова, Хрущева и Булганина. Внезапно Хрущев его перебил.
— Товарищ Судоплатов что-то явно путает, — сказал Никита Сергеевич и заявил, что во всех подобных случаях инициатива исходила от Сталина и наших зарубежных товарищей.
Наступившее неловкое молчание длилось целую минуту.
Прервал его Булганин.
— Все эти операции предпринимались против заклятых врагов социализма, вот так-то вот, — сказал Николай Александрович.
— Что он сказал? — громко произнес глуховатый маршал Ворошилов.
— Что надо, то и сказал, — зло буркнул ему в ответ раздраженный Маленков.
Хрущев закончил беседу, обратившись к Судоплатову:
— Партия ничего против вас не имеет. Мы вам верим. Продолжайте работать. Скоро мы попросим вас подготовить план ликвидации бандеровского руководства, стоящего во главе украинского фашистского движения в Западной Европе, которое имеет наглость оскорблять руководителей Советского Союза.
На этом аудиенция завершилась.
Много позже Павел Анатольевич отметит, что упоминание в разговоре имен Хрущева, Молотова и Булганина, как заказчиков политических убийств, стало его роковой ошибкой.
21 августа 1953 года Павел Судоплатов был арестован в собственном кабинете в здании на Лубянке.
— И без глупостей, гражданин, — предупредил его подполковник Гордеев, начальник службы, отвечающей за аресты, задержания и обыски в особо важных случаях.
Судоплатов вспоминал:
«Мы спустились вниз с седьмого этажа во внутреннюю тюрьму, находившуюся в подвале Лубянки. Без соблюдения формальностей я заполнил регистрационную карточку и был заперт в тюремной камере как заключенный под номером восемь.
Я так волновался, что не запомнил того, что происходило вокруг меня. Помню только — у меня страшно разболелась голова, но, к счастью, в кармане обнаружил таблетки. Тут я сообразил, к своему удивлению, что меня даже не подвергли личному обыску, только проверили, нет ли при мне оружия. Наступило время обеда. Я с трудом заставил себя съесть ложку супа, чтобы проглотить таблетку, и начал обдумывать свое положение. В этот момент открылась дверь, и двое надзирателей поспешно вывели меня в административный блок тюрьмы, где обыскали. У меня отобрали все, включая таблетки от головной боли. Сняли с руки швейцарские часы-хронометр, купленные мной пятнадцать лет назад в Бельгии, и провели к закрытой тюремной машине, в последний момент один из надзирателей выхватил из кармана мои часы. Это мелкое воровство потрясло меня: я не мог себе представить, что надзиратели особо секретной внутренней тюрьмы могут вести себя как карманники. Вот о чем я думал в тот момент, хотя мне становилось все яснее, что я обречен(…).
Меня доставили в Бутырскую тюрьму, где снова повторился обыск, затем поместили в одиночную камеру, ничем не отличавшуюся от камеры финской тюрьмы, где мне пришлось в молодые годы сидеть несколько месяцев. Первый допрос состоялся в тот же день, поздно вечером. Допрашивали меня Руденко и полковник юстиции Цареградский. Руденко грубым тоном объявил мне, что я арестован как активный участник заговора Берии, целью которого был захват власти, что я доверенное лицо и сообщник Берии в тайных сделках с иностранными державами против интересов советского государства, что я организовал ряд террористических актов против личных врагов Берии и планировал теракты против руководителей советского государства».[47]
Потянулись нескончаемые, тревожные дни следствия. На допросах Судоплатова не били, но лишили сна. Следовательские бригады из молодых офицеров, сменявшие друг друга, всю ночь до пяти утра без конца повторяли один и тот же вопрос: признаете ли вы свое участие в предательских планах и действиях Берии?
Осенью Павел Судоплатов попал в психиатрическое отделение санчасти Бутырской тюрьмы, где провел довольно продолжительное время. Зимой 1955 года он был доставлен в стационар ленинградской тюремной психиатрической больницы, в которой наблюдался и лечился по январь 1957 года. После многолетней активной терапии он был представлен психиатрической комиссии на предмет вынесения заключения о состоянии его здоровья. Комиссия сочла Судоплатова вполне здоровым. В апреле 1958 года следствие по его делу было возобновлено.