12 сентября 1958 года Военная коллегия Верховного Суда СССР вынесла приговор:
Военная коллегия Верховного Суда Союза ССР (…) рассмотрела дело по обвинению: СУДОПЛАТОВА Павла Анатольевича в преступлении, предусмотренном ст. ст. 17–58–1 «б» УК РСФСР.
Предварительным и судебным следствием установлено, что Судоплатов, находясь длительное время на руководящей работе в центральном аппарате органов государственной безопасности, активно способствовал изменнику Родине Берия и его ближайшим сообщникам в проводимой ими вражеской деятельности.
В 1941 году, в первые дни после вероломного нападения гитлеровской Германии на Советский Союз, втайне от советского правительства, предпринял попытку установить связь с Гитлером.
С этой изменнической целью Берия через болгарского посла в СССР Стаменова пытался начать переговоры с Гитлером, предлагая уступить фашистской Германии Белоруссию, Украину, Прибалтику, Карельский перешеек, Бессарабию и Буковину.
Тайные переговоры о территориальных уступках и порабощении советских людей по поручению Берия вел лично подсудимый Судоплатов(…).
Выполнение изменнического поручения Берия Судоплатов длительное время скрывал от Советского правительства и лишь в августе 1953 года после его вызова рассказал об этом.
До начала Великой Отечественной войны Судоплатов по поручению Берия создал и возглавил так называемую особую (специальную) группу из числа работников, особо доверенных Берия лиц. В задачу особой группы входило выполнение совершенно секретных заданий Берия, в частности тайно похищать неугодных ему граждан и уничтожать их без суда и следствия(.»).
(…) Установлено, что Берия и его сообщники совершили тяжкие преступления против человечества, испытывая смертоносные, мучительные яды на живых людях. Специальная лаборатория, созданная для производства опытов по проверке действия яда на живом человеке, работала под наблюдением Судоплатова и его заместителя Эйтингона с 1942 г. по 1946 год, которые от работников лаборатории требовали ядов только проверенных на людях(…).
(…) Военная коллегия приговорила:
СУДОПЛАТОВА Павла Анатольевича подвергнуть тюремному заключению сроком на пятнадцать (15) лет, с последующим поражением политических нрав на три года и с конфискацией в доход государства одной шашки и одного охотничьего ножа.
Судоплатова П. А. лишить правительственных наград, медалей «За оборону Москвы», «В память 800 лет Москвы», «За оборону Кавказа», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.» и «30 лет Советской Армии и Флота».
Возбудить ходатайство перед Советом Министров СССР о лишении Судоплатова П. А. воинского звания «генерал-лейтенанта». Президиум Верховного Совета СССР ставит вопрос о лишении его правительственных наград, орденов и медалей.
Срок наказания Судоплатову П. А. исчислять с 21 августа 1953 года. Судебные издержки по делу отнести за счет осужденного.
Приговор окончательный, в кассационном порядке обжалованию не подлежит…
Так совершилось вопиющая несправедливость против того, кто верой и правдой служил стране долгие годы.
Павел Анатольевич вспоминал:
«Силы оставили меня. Я не мог выйти из состояния шока, почувствовал, что вот-вот упаду в обморок, и вынужден был присесть. Вскоре я уже был во внутренней тюрьме Лубянки. У меня началась страшная головная боль, и надзиратель даже дал мне таблетку. Я еще не пришел в себя когда меня отвели в кабинет Серова, бывшее владение Берии.
Мрачно взглянув на меня Серов предложил сесть.
— Слушайте внимательно. У вас еще будет много времени, чтобы обдумать свое положение. Вас отправят во Владимирскую тюрьму. И если там вы вспомните о каких-нибудь подозрительных действиях или преступных приказах Молотова и Маленкова, связанных с теми или иными делами внутри страны или за рубежом, сообщите мне, но не упоминайте Никиту Сергеевича. И если, — заключил он, — вы вспомните то, о чем я вам сказал, вы останетесь живы, и мы вас амнистируем.
Несмотря на страшную головную боль, я кивнул, выражая согласие. Больше я никогда его не видел.»