Заупокойная литургия и отпевание Флорентия Федоровича были совершены в кладбищенской церкви во имя Всех Святых (Пономаревской), куда тело покойного было перевезено прямо с вокзала по прибытии из Ниццы.
Закрытый дубовый фоб, возвышавшийся на катафалке посреди церкви, утопал в венках. Роскошные венки из искусственных цветов соседствовали с множеством венков из живых. Венки принесли от Союза писателей, Комитета Литературного фонда, книгоиздательской фирмы «Труд», редакций журналов «Обозрение», «Жизнь», «Северный курьер», «Сын Отечества» (с надписью «Распространителю света»), издательских фирм О. Н. Поповой, «Знание», «Издатель», товарищества И. Д. Сытина, типографии «Общественная польза», Русского общества книгопродавцев и издателей и многих других.
Вот как описывается обряд прощания с Ф. Ф. Павленковым в газетном репортаже. «…Храм был наполнен молящимися. Отдать последний долг почившему собрались литераторы, друзья покойного и учащиеся разных учебных заведений. По окончании отпевания гроб был поднят на руки и вынесен из церкви к месту упокоения на “Литераторских мостках” друзьями и почитателями покойного. У свежей могилы, как и у Писарева, произносились речи. Проф. Трачевский произнес речь, посвященную памяти покойного. Произнес прочувственную речь также г. Гетриц, охарактеризовавший личность покойного, как аскета, неутомимого труженика, проводившего почти все свое время за плодотворною работою в стенах своего кабинета. Оратор выразил пожелание, чтобы память покойного была увековечена учреждением специального издательского фонда для издания книг народной литературы».
Один из служащих павленковского издательства прочитал свое стихотворение.
Ф. Ф. Павленков похоронен недалеко от могил В. М. Гаршина, Н. И. Костомарова, Г. 3. Елисеева.
Место, где нашел он свою последнюю обитель, обозначает ограда. На памятнике высечены названия двух книг — «Физики» А. Гано и «Энциклопедического словаря».
Предчувствуя, что жить и трудиться остается уже недолго, Флорентий Федорович своей последней волей передавал народу все, что было накоплено за неполных четыре десятилетия титанической по своему напряжению работы: имеющийся капитал он завещал передать на организацию библиотек в самых глухих уголках родной земли, а собственную библиотеку — Н. А. Рубакину, ведущему активную работу по пропаганде книги. Все начатые им издательские предприятия он просил завершить.
Своими душеприказчиками — лицами, которым он доверял исполнение своего завещания, Павленков назвал трех сотрудничающих в его издательстве — В. И. Яковенко, Н. А. Розенталя и В. Д. Черкасова. Каждый из них по-своему был необходим для обеспечения успеха издательских начинаний, хотя и были они разными по характерам людьми. Остроумный В. Д. Лункевич не без доли ехидства отзывался о них: «Это — лебедь, щука и рак».