До наших дней дошел документ, который 27 июля 1867 года направляли управляющий Министерством юстиции статс-секретарь князь Урусов и заведующий департаментом сенатор С. Врангель П. А. Валуеву. Процитируем из него то, что проливает свет на реакцию сотрудников Министерства юстиции относительно предлагаемых цензурным комитетом санкций против шестой части сочинений Д. И. Писарева. «Что же касается до шестой части, в коей цензурный комитет признал подлежащими судебному преследованию статьи “Процесс жизни” (по Фогту) и “Физиологические эскизы Молешотта”, — читаем в донесении, — то, по рассмотрении последовавшего по сему предмету сообщения цензурного комитета от 30 сентября 1866 года за № 1038, прокурор судебной палаты встречает сомнение относительно возможности предъявить суду какое бы то ни было против Павленкова обвинение, на основании принятых комитетом о тех двух статьях заключений, по следующим причинам:
1) ни в той, ни в другой из означенных статей не заключается ни богохуления, ни порицания христианской Веры или церкви православной. В первой из названных статей излагается, по “Физиологическим письмам” Фогта, описание процессов кровообращения, дыхания и пищеварения. Этому описанию автор предпосылает от себя общее рассуждение о том, как он понимает изучение природы. Подобным же общим рассуждением он и оканчивает свое изложение. Но в них не только не содержится ничего, что прямо относилось бы до оспаривания истин христианской Веры и Учения православной церкви, но даже и не упоминается о христианстве и о церкви. Самое заключение цензурного комитета, что автор с пренебрежением относится к христианскому миросозерцанию, основано, как выражено в сообщении комитета, на том только, что об этом миросозерцании автор умалчивает и нападает “на неуклюжие признаки Ормузда и Аримана”. По мнению действительного статского советника Тизенгаузена, на подобных гадательных выводах основанное обвинение не может быть поддерживаемо на суде;
2) хотя материалистическое, в некотором отношении, направление разбираемых статей и не может быть отрицаемо, но одно это обстоятельство, коль скоро в статьях тех не заключается ничего явно противного нравственности и благопристойности, или клонящегося к развращению нравов (статья 1001 Уложения о наказаниях), — также не может служить основанием к обвинению перед судом;
3) в сообщении цензурного комитета не указан, как того требует 6-я статья Высочайше утвержденного 12-го декабря 1866 года мнения Государственного Совета, закон, в коем был бы предусмотрен проступок, которому соответствуют обвинения и ложные в том сообщения. Рассмотрев настоящее дело, я и со своей стороны нахожу, что выводы из учений Фогта и Молешотта, заключающиеся в вышеозначенных статьях 6-й книги сочинений Писарева, не могут быть подведены под точный смысл какой-либо статьи ныне действующих уголовных законов, а посему и при не указании цензурным комитетом закона, на коем бы могло быть основано судебное преследование означенной книги, встречаю затруднение в возбуждении сего дела и полагал бы не давать дальнейшего хода сообщению цензурного комитета по этому делу; но предварительно дальнейших распоряжений имею честь покорнейше просить Ваше Высокопревосходительство почтить меня отзывом Вашим по сему предмету».
П. А. Валуев вынужден был считаться с этим мнением. Он согласился с тем, что судебное преследование против Ф. Ф. Павленкова должно быть прекращено. Правда, в ответном письме министру юстиции звучала озабоченность тем, чтобы «при предполагаемом исходе настоящего дела», то есть прекращении его, не допустить удовлетворения домогательства вознаграждения, «если бы оно возникло со стороны издателя 6-й части сочинений Писарева за арестование означенной книги». Павленков предъявлять претензий не стал.
Книгоиздательство захватывает Флорентия Федоровича все больше и больше. Он выходит в отставку не ради одной конкретной акции. В его душе крепнет убеждение в том, что просветительским целям он должен посвятить себя целиком через издание все большего и большего числа книг для народа.
Налаживая свою издательскую деятельность, Павленков был полон решимости вести борьбу с господствовавшим все еще повсеместно читательским невежеством и косностью. Важно было внедрять в сознание просвещенных людей, на ком лежала обязанность вести работу по образованию народа, чтобы для каждого из них становилось правилом следить за новинками литературы, чтобы они целенаправленно формировали свои библиотеки, овладевали системой знаний. Поэтому наряду с выпуском сочинений Д. И. Писарева Флорентий Федорович работает над подготовкой к изданию книг по естествознанию, в частности Г. Льюиса «Сердце и мозг» и Г. Омбони «Дарвинизм, или Теория появления и развития животных и растительных видов».