1‑й уровень включал военные гимназии, в которые были преобразованы кадетские корпуса и военные училища, где продолжали военное специальное образование выпускники военных гимназий;
2‑й уровень включал вновь организуемые военные прогимназии и юнкерские училища для продолжения образования выпускников военных прогимназий.
Общеобразовательными учебными заведениями стали военные гимназии, которые заменили приготовительные и общие классы кадетских корпусов. С организацией военных гимназий прекратилось совместное воспитание в одном учебном заведении детей и почти взрослых молодых людей. Было ограничено чрезмерное увлечение строевой подготовкой в ущерб классным теоретическим занятиям, устранялась необходимость выбора в одном лице и офицера и педагога. Выпускники военных гимназий получили установку на продолжение образования в военных училищах для получения военной профессии. Отсев выпускников военных гимназий из военных училищ был в два раза меньше, чем поступавших в эти училища из гражданских учебных заведений, которых принимали в училища ввиду нехватки выпускников военных гимназий.
Наличие второго уровня военного образования открыло дорогу к офицерским должностям широким социальным слоям, не принадлежавшим к потомственному дворянству и не имевшим в силу ряда причин возможности получать образование в военных гимназиях. Так, например, в военных прогимназиях не преподавались иностранные языки. Военные прогимназии имели курс уездного училища или 4-классного реального училища, позволяющие продолжить образование в юнкерских училищах. В военные прогимназии переводились воспитанники военных гимназий, не справлявшихся с программой обучения.
В юнкерские училища принимали также вольноопределяющихся и унтер–офицеров, призванные по набору. Вольноопределяющиеся могли стать офицерами только после сдачи выпускного экзамена за училище или после окончания его курса. Для поступления в юнкерское училище унтер–офицер должен был прослужить в этом звании не менее 3‑х месяцев, получить одобрение начальства и сдать вступительные экзамены по пяти общеобразовательным предметам.
Курс юнкерских училищ состоял из двух классов — младшего и старшего — специального. По окончании курса юнкер получал звание портупей–юнкера и возвращался в свой полк (вольноопределяющиеся и унтер–офицеры), где производились в офицеры «по удостоению начальства».
В январе 1863 г. военно–учебные заведения были переданы в ведение Военного министерства, в составе которого было образовано Главное управление военно–учебных заведений. Начальником Главного управления был назначен Свиты Его Императорского Величества генерал–майор Н. В. Исаков. Им и была под руководством Д. А. Милютина организована вся деятельность по преобразованию системы военно–учебных заведений, связанная с разделением ее на две ветви получения военного образования.
Н. В. Исаков воевал на Кавказе и участвовал в Венгерском походе, а также Крымской войне и обороне Севастополя, был участником сражения на Альме. Будучи попечителем Московского учебного округа, он провел ряд преобразований, качественно повысивших процесс обучения в учебных заведениях округа.
Военному министерству пришлось сразу же заниматься разработкой устройства и организации реформируемых военно–учебных заведений. Впоследствии Д. А. Милютин писал, что с Исаковым они «дружно принялись за работу по переустройству кадетских корпусов и прочих заведений. К счастью, наши взгляды на это дело совершенно совпадали».
Сам Н. В. Исаков так охарактеризовал необходимость реорганизации всей системы военно–учебных заведений: «С одной стороны, последняя война (Крымская — Авт.), выказав всю блестящую сторону духа нашей армии, привела вместе с тем к сознанию недостатков нашего подготовления к военной службе. С другой стороны, возникшие вопросы об улучшении и преобразованиях почти по всем отраслям государственного строя, вызвали натурально такое умственное напряжение во всех классах общества, которое не могло обойтись без значительного увеличения, проявившегося в особенности в молодых впечатлительных умах воспитывающего юношества».