До 1914 г. Военно–юридическая академия выпустила 1499 высокообразованных военных юристов. За время службы в академии П. О. Бобровского произошел переход к высоко научному военно–учебному процессу, что, в свою очередь, позволило военно–судебному ведомству России достойно вписаться в прогрессивную судебную реформу 1860–70‑х гг.
Служба П. О. Бобровского в академии повлияла на всю его жизнь. Не имея специального военно–юридического образования, генерал–лейтенант Бобровский не счел для себя зазорным фактически вступить в число слушателей академии. За три года он прошел весь курс лекций. В результате тесного общения с профессорско–преподавательским составом у него появилось желание к самостоятельной научной работе в области военного права. И в 1887 г. Бобровский написал фундаментальный труд «Военное право в России при Петре Великом». В обширном трактате о войсках Западной Европы XVI–XVII вв. дается интересная характеристика состава, организации и состояния русского войска, содержится подробный разбор петровского «Артикула воинского» с указанием источников происхождения этого замечательного законодательного памятника. Глубокое изучение наследия Петра I утвердило П. О. Бобровского в том, что при реформировании России, царь не ограничивался копированием западных системных образцов, а внес много своего национального.
В таких работах, как «Развитие способов и средств для образования юристов военного и морского ведомства в России» (1881) и «Беседа начальника Военно–юридической академии о значении военных законов Петра Великого для устроенной им регулярной армии» (1886) П. О. Бобровский отразил свой взгляд на основные положения военно–юридической науки, во многом сохранившие свою актуальность и до наших дней.
В 1897 г. он завершил службу в академии и был назначен сенатором, присутствующим в судебном департаменте правительствующего Сената. Это дало ему возможность наряду с новыми обязанностями посвятить себя научной работе, направленной на всестороннее изучение военных преобразований Петра Великого. В ряду множества научных трудов, посвященных этой теме, особое место занимают «История Лейб–гвардии Преображенского полка» и «История 13‑го Лейб–гренадерского Эриванского полка» — бывшего Бутырского. Обе монографии были изданы «По Высочайшему повелению». Таким образом, П. О. Бобровский стал официальным историографом обоих старейших полков русской регулярной армии, которые с честью служили России вплоть до октябрьского переворота 1917 г.
Научные работы исследователя отличаются глубиной. Это дало повод известному военному историку А. З. Мышлаевскому в рецензии на «Историю 13‑го Лейб–гренадерского Эриванского полка» написать: «Виден историк более широкого масштаба в смысле сбора материала, нежели требуется для составления полковой летописи». Эта монография охватывает широчайший круг вопросов, связанных с военно–историческим прошлым России, с ее социальной, политической, хозяйственной, дипломатической деятельностью.
Работа над историей Преображенского полка позволила поднять целый пласт интереснейших исторических сведений о борьбе за власть правительницы Софьи Алексеевны с молодым Петром, о создании Петром «потешного войска», а также событиях, завершившихся основанием Санкт — Петербурга и Полтавской битвой, которые полноправно ввели Россию в русло европейской политики.
Научное военно–историческое наследие П. О. Бобровского обширно и многогранно. «История двух вышеупомянутых полков, — писал А. Ф. Кони, — проникнута здоровым патриотизмом, чуждым какого–либо шовинизма и национального самовосхваления, она изобилует бытовыми картинами и обширными историческими очерками, достойными сжатого содержательного письма покойного Шильдера. Петр и Екатерина, Александр и Николай со своими сподвижниками и характерными чертами своих царствований, угрюмая северная природа, горы и зной Кавказа, планы и описания битв, рассказы о трудностях приспособления русского человека к новым условиям места и времени, обширное исследование о мюридизме — проходит пред читателем, раскрывая пред ним под скромным названием истории полка — историю его родины в ее боевых испытаниях. Искусное распределение материала и много новых, неведомых прежде данных, добытых на местах, подтверждают неослабевающий интерес к этим фолиантам и дают полное удовлетворение критической мысли, которая вместо дифирамбов и условных восторгов, находит спокойную объективность автора, согретую любовью к своему труду».