Форма, размер и число листьев на растении перца значительно изменяются в зависимости от возраста и условий выращивания. В теплицах длина листовой пластинки перца 15–18 см, в то время как при выращивании тех же сортов в открытом грунте — до 10 см. Листья простые, цельнокрайние и черешковые. Расположение на побеге очередное, иногда встречается мутовчатое и супротивное. Преобладающие формы листовой пластинки — яйцевидная (различных модификаций) и ланцетовидная. Встречаются также переходные между ними типы. К фазе плодообразования и созревания плодов листовая пластинка молодых листьев становится уже, приобретая более удлиненную форму. Форма верхушки листовой пластинки заостренная, но в зависимости от сорта может иметь округленную, острую (узкоострую или тупоострую) или изогнутую вершину. Окраска листьев варьирует от светло- до темно-зеленой. Черешок листа у перца хорошо развит. В период плодоношения и к концу вегетации появляются листья с наиболее короткими черешками. Число листьев и общая листовая поверхность значительно изменяются в зависимости от сорта и условий выращивания. На одном растении перца в зависимости от сорта может образоваться до 230–300 шт. листьев, размер которых определяется условиями увлажнения и обеспеченности почвы элементами питания. Общая масса листьев составляет примерно 1/4 от общей массы растения. Семядольные листья сохраняются более 2 месяцев и выполняют очень важную роль в ростовых процессах. Удаление их через 2–3 дня после всходов заметно замедляет рост молодого растения.
Цветки колесовидной формы, одиночные, парные или собраны пучками, пятичленные, реже семичленные, венчик белый, желтый, фиолетовый или белый с фиолетовыми пятнами. Формируются по 1 на каждой боковой ветви (у некоторых разновидностей по 2 и более) и, как правило, располагаются у основания развилок ветвящихся побегов. На вершине главной оси (первое разветвление) иногда образуется 2 и более цветка, появляющихся не одновременно. Количество цветков не одинаково по различным ярусам разветвлений. От первого до четвертого разветвления число цветков увеличивается в 4 раза, а на ветвях более высоких порядков остается практически неизменным. За весь период вегетации на одном растении образуется от 30 до 100 цветков, а у некоторых сортов — и более 100. Для мелкоплодных сортов и сильно ветвящихся форм характерно наличие большого числа цветков. Завязь верхняя, 2-4-гнездная, форма ее может быть близка к округлой, что характерно для сортов, имеющих широкие или конусовидные плоды, или же конусовидной (призмовидной) — у сортов с удлиненными плодами.
Цветение у перца ремонтантное, т. е. непрерывно продолжается до заморозков. При образовании плодов появление новых цветков замедляется, после снятия плодов вновь усиливается; поэтому важно систематически убирать плоды, достигшие технической спелости. На растениях перца, достигших плодоношения, в течение дня может появляться от 2 до 4, реже 5 цветков. Цветки открываются преимущественно в первую половину дня при ясной солнечной погоде и практически в течение всего дня, когда облачно и пасмурно. Общая продолжительность жизни одного цветка (от раскрытия до увядания лепестков) у перца в естественных условиях составляет 1–2 суток. Завязывается до 44 % раскрывшихся цветков.
Перец является факультативным самоопылителем, т. е. растениям присущи признаки, характеризующие их приспособленность и к самоопылению, и к перекрестному опылению. Перекрестное опыление составляет 20–25 %. Возможность перекрестного опыления перца объясняется неодновременностью созревания пыльцы и готовности рылец к ее восприятию. Рыльце начинает воспринимать пыльцу с последующим оплодотворением яйцеклеток за 1–2 дня до раскрытия цветка, а пыльца созревает только в день расхождения лепестков венчика. Пыльца перца тяжелая, липкая и переносится ветром обычно не далее 1 м. Фертильность пыльцы перца в значительной мере изменяется в зависимости от внешних условий. При повышенной атмосферной влажности появляется много нежизнеспособных пыльцевых зерен (при перенасыщении пыльцы водой может произойти разрыв оболочки, ведущий к гибели пыльцевых зерен); условия воздушной засухи, напротив, способствуют лучшему сохранению качеств пыльцы. Неблагоприятна и чрезмерно высокая температура (35–40 °C), нередко вызывающая абортивность пыльцевых зерен. Наибольшая активность к оплодотворению проявляется у свежей пыльцы в день раскрытия цветка и в первые сутки ее хранения. Продолжительность времени от попадания пыльцы на рыльце до оплодотворения у перца составляет от 36 до 60 ч. Активность прорастания пыльцы и роста пыльцевых трубок в значительной мере зависит от внешних условий. При температуре ниже 15 °С пыльцевые трубки обычно не достигают зародышевого мешка.