В конце 1902 года начались аресты эсеров: 66 человек в Саратове; в 1903 году прошли групповые аресты в Киеве, Екатеринославе, Курске, Одессе, Москве, Петербурге и других городах. Среди арестованных было много еврейской молодежи. Так, киевский комитет весь состоял из евреев. Были арестованы Фрума Фрумкина, Серафима Клитчоглу, Израиль Марголин, готовивший покушение на министра юстиции.
В Женеве в 1903 году новым руководителем «Боевой организации» эсеров становится Азеф.
Много сил эсеры потратили на организацию убийства В.А.Плеве (на это было выделено 7000 рублей, что в пересчете на современные деньги в масштабе 1:50 составляет 350 000 рублей), который с 1902 года был министром внутренних дел. 15 июля 1904 года в результате пятого покушения на него В.А.Плеве был убит при участии двух террористов — Егора Сазонова и Шимиль-Лейбы Сикорского; при этом был убит кучер министра и ранены 12 посторонних людей.
«С ликованием встретили убийство министра в местечках юго-западной России, а в Борисове и Минске даже прошли демонстрации, несли красные флаги с надписью: «Смерть палачам»… Плеве обвинялся в сплочении империи, что азефам было не по нраву, в подавлении беспорядков, вызываемых еврейской молодежью, в почитании русских святынь» (П.Кошель).
«Швейцер под видом грека снял в Париже квартиру, там же поселились младший брат Азефа — химик и Дора Бриллиант. В этой квартире изготовлялся динамит. Дора Бриллиант выросла в еврейской купеческой семье, училась в херсонской гимназии, потом на акушерских курсах, в эсеровской партии с 1902 г. Своим фанатизмом убивать поражала даже товарищей, в Петропавловской крепости стала заговариваться и в 1907 г. умерла.
Комитет решил организовать одновременно три покушения на местных генерал-губернаторов в Петербурге — на Трепова, в Москве — на великого князя Сергея Александровича и в Киеве — на Клейгельса. «Боевая организация» состояла в то время из Азефа, Швейцера, Боришанского, Доры Бриллиант, Дулебова, Савинкова, Каляева, Моисеенко, Ивановской и Леонтьевой» (П.Кошель).
Террористические акты готовили:
— в Москве — Савинков, Дора Бриллиант, Моисеенко, Каляев: к покушению привлекли еще Куликовского, бывшего студента, но он вскоре сбежал;
— в Петербурге — Швейцер, Дулебов, Ивановская и еще восемь новых членов партии,
— в Киеве — Боришанский и супруги Козак. В воспоминаниях, датированных 1917 годом, Савинков пишет: «В то время «Боевая организация» обладала значительными денежными средствами: пожертвования после убийства Плеве исчислялись многими десятками тысяч рублей». Он не открывает, кто же были эти жертвователи, очевидно, те, кому было неугодно твердое русское правительство, кому стояла поперек горла слитность народа, самодержавия и православия, кого сила русской империи пугала» (П.Кошель).
В феврале 1905 года был убит великий князь Сергей Александрович, дядя царя, генерал-губернатор Москвы, удаливший из города разночинную молодежь, за что он и был приговорен заграничным комитетом социал-революционеров к смерти. Убийца был схвачен, им оказался Иван (Янек) Каляев, учившийся сначала в Московском, Петербургском, затем Львовском университетах, по рекомендации Брешко-Брешковской он побывал в свое время в Женеве, где и стал членом «Боевой организации» эсеров. Идейным руководителем террора в это время был Гоц, практическими руководителями — Гершуни и Азеф, комитет «Боевой организации» составляли Азеф, Швейцер, Савинков.
В феврале во время взрыва в петербургской гостинице «Бристоль» погиб Макс Швейцер, вскоре террористическая группа из 20 человек была арестована, теперь уже Савинков начинает готовить покушение на Клейгельса, в группу вошли Мария Школьник, Шпайзман, Зильберберг с женой. Дело сорвалось — металыцики Школьник и Шпайзман испугались; но в 1906 году Маня Школьник и Арон Шпайзман совершили покушение на черниговского губернатора Хвостова, ранив его, за что Шпайзмана казнили, а Школьник приговорили к 20 годам каторги.
«Деньгами партия обладала большими. Они составлялись из пожертвований либеральной интеллигенции, из средств богатых членов партии, из денег, добытых экспроприацией. По словам Савинкова, из Америки через члена «Финляндской партии активного сопротивления» Циллиакуса ЦК партии был передан миллион франков, постоянно отпускало деньги и японское правительство.
За границей настаивали на скорейшем вооружении масс в России. Для этого создали группу во главе с Рутенбергом: техники Горинсон и Гершкович и фельдшерица Севастьянова…» (П.Кошель). Он же отмечает, что людей убивали за их высказывания, за отказ участвовать в забастовке, за то, что вступил в патриотическую организацию.