В свете сложившейся ситуации партизаны перешли к новой тактике, с которой американцы никогда еще не сталкивались. Филиппинцы устраивали западни и ловушки со взрывчатками, перерезали глотки врагам, занимались поджогами, травили и калечили пленников. Американцы, среди которых встречались ветераны войн с индейцами, отвечали тем же. Когда две роты под командованием генерала Ллойда Уитона попали в засаду на юго-востоке от Манилы, Уитон приказал уничтожить все поселения и убить всех жителей в радиусе двенадцати миль.
Во время первой половины Филиппинской войны американские командиры ввели цензуру для корреспондентов, чтобы новости о подобных инцидентах не просочились в газеты США. Лишь когда в 1901 году цензуру отменили, простые американцы узнали, как протекает война. На страницах прессы стали появляться заметки, подобно той, что написал в начале 1901 года корреспондент «Philadelphia Ledger»:
«Нынешняя война отнюдь не похожа на бескровную постановку. Наши парни безжалостны и неумолимы. Они уничтожают мужчин, женщин, детей, пленных, действующих мятежников и просто подозреваемых, ребят от десяти лет и старше. В умах закрепилась мысль, что филиппинец подобен псу или гадкой скотине и лучше ему просто-напросто сдохнуть в мусорной куче. Наши солдаты заливают соленую воду в рот людям, чтобы заставить их говорить, берут в плен тех, кто поднимает руки и мирно сдается, а час спустя, без даже крупицы доказательств, что они вообще связаны с мятежом, выставляют их в ряд на мосту и расстреливают одного за другим. Трупы падают в реку и плывут по течению в назидание тем, кто найдет эти нашпигованные пулями тела».
Переломным моментом стало двадцать третье марта 1901 года, когда тридцатишестилетний бригадный генерал Фредерик Фанстон провел самую смелую противопартизанскую операцию в военной истории Америки. Фанстон, три года назад получивший почетный орден на Кубе, командовал военным округом на острове Лусон. От перехваченного курьера он узнал, что Агинальдо разбил лагерь в деревне неподалеку. Фанстону пришел в голову план: использовать группу филиппинских разведчиков, чтобы те проникли в деревню и пленили Агинальдо. Разведчики принадлежали к племени макабебе, что считали себя врагами тагалов, которыми были многие повстанцы, включая Агинальдо.
Генерал Фанстон, еще четверо офицеров и семьдесят разведчиков макабебе приступили к операции. План заключался в следующем: разведчики притворятся мятежниками и сообщат Агинальдо, что приведут группу американских пленников. Когда они оказались на расстоянии десяти миль от убежища Агинальдо, он передал послание, чтобы американцы не приближались. Он не пригласил «мятежников» к себе, а когда почетный караул их принял, разведчики открыли огонь.
«Прекратите это безрассудство! – крикнул из своего штаба Агинальдо. – Хватит тратить боеприпасы!»
Разведчик ворвался в штаб и направил на Агинальдо пистолет:
«Теперь вы наши пленники. Мы не из ваших. Мы – американцы! Сдавайтесь или умрете!»
Агинальдо и его офицеры были слишком поражены. В считаные минуты их разоружили и связали. Вскоре появился и генерал Фанстон. Он представился лидеру повстанцев.
«Это не шутка?» – спросил Агинальдо.
Никто не шутил. Агинальдо арестовали и перевезли в Манилу, которая, как позже сказал Фанстон, обезумела от волнений и ажиотажа. Американцы восхищались новым героем. Они еще сильнее возрадовались, когда меньше чем через месяц Агинальдо выступил с заявлением о признании власти США и призвал товарищей прекратить сопротивление.
Несколько тысяч действительно сложили оружие, и генерал Артур Макартур объявил восстание «почти полностью подавленным». Однако он поспешил. Оставшиеся на поле боя мятежники сражались со все большей яростью. В сентябре 1901 года они напали на американские позиции на острове Самар с такой жестокостью, что вызвали самые суровые ответные меры, на какие только были способны офицеры США.
Инцидент начался с самой обычной высадки пехотинцев около Балангиги. Некоторые понимали, что оказались на незнакомой местности. Когда солдаты приблизились к берегу, один лейтенант взглянул вдаль и сказал товарищам: «Мы направляемся на земли филиппинцев».
Американцы покоряли Балангигу несколько недель и подчинили ее, согласно свидетельствам, путем заключения населения под стражу, пыток и изнасилований. На рассвете двадцать восьмого сентября солдаты привычно поднялись под звуки побудки и, за исключением караульных, отправились на завтрак. К караульному подошел начальник полиции города и начал вежливый разговор, как вдруг в его руке появился длинный кинжал, которым он ударил американца. В тот же миг зазвонили церковные колокола. Десятки мятежников, что заранее проникли в город, повыскакивали из убежищ. Они яростно набросились на безоружных американцев. Буквально через несколько минут лагерь был залит кровью. Некоторые солдаты ухитрились добраться до лодок и поплыли в сторону базы, которая располагалась в тридцати милях выше по побережью. Из семидесяти четырех человек в гарнизоне выжило лишь двадцать, и то с многочисленными ножевыми ранениями.