Стоически перенес Владимир Иванович эту тяжелую утрату, но внешне его жизнь остается прежней. Он продолжал напряженно работать, как будто конца жизни вовсе не существует.
12 марта 1943 г. ему исполнилось 80 лет. Он категорически отказался от торжественных чествований, которые хотели организовать его коллеги. В приветствии от академического коллектива есть такие слова: «Ваше научное творчество охватывает почти целую Академию: кристаллограф, минералог, почвовед, химик, биолог, историк науки — Вы в каждой из этих дисциплин создали нечто новое, своеобразное, возбуждающее пытливость исследователя…
Мы преклоняемся перед Вашим непоколебимым оптимизмом. В самые тяжелые дни Отечественной войны Вы, Владимир Иванович, утверждали, что в XX веке проповедующий дикие идеи средневековья никогда не может иметь успеха, что фашизм обречен на гибель, что разум, добро и справедливость должны победить и восторжествовать. И в эту зиму предвидение Ваше начало осуществляться. Будем, как и Вы, Владимир Иванович, верить, что с уничтожением фашизма человечество начнет жить в ноосфере, в области разума».
За многолетние выдающиеся работы в области науки и техники ему была присуждена Государственная премия 1 степени в размере 200 000 рублей. За выдающиеся заслуги в развитии геохимии и генетической минералогии он был награжден орденом Трудового Красного Знамени. Биогеохимическая лаборатория была переименована в Лабораторию геохимических проблем им. В. И.Вернадского. Владимир Иванович направил деньги в фонд обороны. В ответной телеграмме И. В. Сталин от имени Красной Армии благодарил Вернадского за сделанное пожертвование.
30 августа 1943 г. В. И.Вернадский возвращается в Москву. Осень и зиму 1943 г. Владимир Иванович работает над книгой «Химическое строение биосферы Земли и ее окружения», подбирает материалы к «Пережитому и передуманному», составляет план работы Академии наук в послевоенный период для восстановления последствий фашистского нашествия.
В 1943–1944 годах научно — организационная деятельность Вернадского сосредоточена в основном в двух академических учреждениях — в Лаборатории геохимических проблем и Комитете по метеоритам. «Когда окончательная победа над фашизмом уже совсем недалека, — говорил Владимир Иванович, — следует готовиться к мирной жизни, в частности, следует энергично заняться выявлением ресурсов радиоактивных элементов — вероятного и важнейшего источника энергии недалекого будущего».
Академик А. П. Виноградов, вспоминая о последнем свидании с Вернадским 24 декабря 1944 г., отмечает, что Владимир Иванович страшно волновался, рассказывая о немецких зверствах. «Во что превратилась Германия… Какой ужас и позор… Да, возмездие близко и неотвратимо».
Однако на следующий день его здоровье резко ухудшилось.
6 января 1945 г. в 5 часов дня, не приходя в сознание, на исходе 82–го года жизни Владимир Иванович Вернадский скончался.
Прошли годы с того трагического дня, когда ушел из жизни великий ученый — энциклопедист академик В. И. Вернадский, но, как он пророчески предвидел, и сегодня, в XXI веке, и в будущем его открытия, идеи, гипотезы являются источником вдохновения для огромного количества ученых в России и мире. Невозможно сосчитать, сколько съездов, конференций, совещаний, симпозиумов состоялось за это время. Они были посвящены не только изучению его гигантского творческого наследия, но и результатам его исследований, уже претворенным на практике.
Комиссия по разработке научного наследия В. И. Вернадского, созданная в Академии наук, выполняет громадную работу по подготовке к публикации трудов, публичных выступлений, дневников и писем этого замечательного ученого. Осуществляется 17–томное издание «Библиотеки трудов академика Вернадского», многие книги, статьи, лекции и доклады выпускаются отдельными изданиями.
За выдающиеся научные труды в области наук о Земле российским ученым присуждается Золотая медаль имени В. И. Вернадского; за лучшие работы по геохимии, биогеохимии и космохимии учреждена премия имени В. И. Вернадского. Аналогичные премии вручает и Национальная Академия наук Украины.