Относясь с такою враждебностию к представителям виленского Троицкого братства, восстававшим против унии, не лучше относился митрополит и к другому знатнейшему тогда братству – львовскому, не скрывавшему своего сопротивления унии. Как только получен был во Львове королевский манифест от 24 сентября, что митрополит и владыки отдались папе и послали к нему своих послов, и для обнародования прибит был на воротах города, православное братство львовское немедленно внесло протест в гродские книги против замысла своих недостойных архипастырей и объявило, что митрополит, отщепенец от православной Церкви, уже не может быть судьею в спорах братства с епископом Гедеоном. Узнав об этом, митрополит послал братству от 10 декабря позыв явиться на суд в Новогродок 15 генваря 1596 г., и именно по спорам братства с Гедеоном. А так как никто из братства на судне явился к назначенному сроку, то митрополит своим постановлением 20 генваря уничтожил все прежние решения, какие сделаны были им самим и Соборами в пользу братства против Гедеона, признал братство виновным во всем, а Гедеона невинным, подчинил ему Онуфриевский монастырь и городскую братскую церковь и присудил братство к уплате всех понесенных по этому процессу убытков. Братство, разумеется, не покорилось решению митрополита и протестовало в гродских книгах. Но у митрополита была тут и другая цель: он хотел привлечь на свою сторону поколебавшегося Гедеона. И казалось, имел даже успех, потому что, как мы видели, Гедеон 27 генваря присутствовал у митрополита на Соборе и не отказался подписать декрет против Зизания и других ревнителей православия. Но это было уже последнее колебание Гедеона. Князь Острожский употребил все усилия для примирения его с львовским братством, и Гедеон скоро явился во главе православного духовенства, отстаивавшего свое исповедание.
Не оставался и король безучастным к своей излюбленной унии ввиду тех манифестаций, какие делали против нее православные после издания им манифеста от 24 сентября. В манифесте король объявлял, что старался и старается привлекать к католической Церкви своих любезных подданных, еще не унитов, отечески, а по обнародовании манифеста стал действовать на них совсем не по-отечески. «Нападки на богослужение последователей древней Греческой Церкви, – говорит один современник, писавший против унии от имени православных, – начали появляться тотчас, как издана была в 1592 г. королевская грамота некоторым епископам, изъявившим согласие подчиниться папе. Но сильнее и открытее сделались они в 1595 г., уже по отъезде в Рим Потея и Терлецкого. В это время открылось прямое преследование нашего богослужения, а началось оно по универсалам самого короля, и именно в имениях и городах королевских. Запечатывали в некоторых местах церкви, забирали из них церковные облачения; в праздники, отправляемые по старому календарю, силою выгоняли народ из храма, нападали на духовенство; запрещали нашим священникам ходить в ризах с Святыми Дарами чрез площадь и открыто провожать мертвых по обычаю Греческой Церкви. По праздникам не дозволяли нам звонить в колокола и отправлять обряды нашего богослужения, а тех, которые этим приказаниям и запрещениям не хотели повиноваться, удручали пенями, заключением, побоями и другими способами. В то же время и в тех же королевских городах делали нападения на школы нашей греческой веры, выгоняли из них детей и нищих, тащили в свои школы, били, сажали в тюрьмы и подвергали всяким посмеяниям. В некоторых королевских городах люди греческой веры вопреки давним обычаям были устраняемы от должностей, от цехов, от ремесл и притесняемы в судах и разных других делах. Со стороны православных заявлено было в разных местах много протестов, свидетельствующих о том, кому, где и когда сделаны были насилия».