Несмотря, однако ж, на королевский универсал и митрополичью грамоту о созвании Собора, на котором должен был окончательно решиться вопрос об унии, противники унии не успокаивались и причиняли немало беспокойств митрополиту и королю. В июне собрались в Вильну на чередный трибунальный суд депутаты со всего великого княжества Литовского. Дидаскал виленского Троицкого братства Стефан Зизаний, осужденный митрополитом на отлучение от Церкви, а королем на изгнание, подал этим депутатам какую-то жалобу на митрополита. И жалоба была принята, митрополит потребован на суд. А когда митрополит отвечал, что не подлежит трибунальному суду, депутаты не уважили этого, рассмотрели жалобу Зизания, судили митрополита заочно и признали виновным. Митрополит нашелся вынужденным жаловаться королю, и король с изумлением писал депутатам (от 21 июня), что они позволили себе судить митрополита по такому делу, по которому и он, король, не мог бы его судить, и приказывал им не приводить своего декрета против митрополита в исполнение. Подобное же случилось и в Киеве. Некоторые лица вздумали вести тяжебные дела против митрополита по его церковным имениям в гродском уряде киевском, и уряд принимал эти дела, посылал к митрополиту позвы явиться на суд и, не обращая внимания на объяснения митрополита, что гродский уряд не вправе судить его, постановлял свои решения. Пришлось митрополиту снова искать защиты у короля, и король (от 19 августа) напоминал киевскому воеводе князю Острожскому, чтобы гродский уряд в Киеве вопреки закону и обычаю не требовал по таким делам митрополита к ответу, а отсылал такие дела в подлежащие суды, согласно со Статутом. Через несколько дней король получил известие из Вильны, что некоторые граждане, составляющие Троицкое братство, которое недавно, как мы видели, он приказал совсем отдалить от Троицкого монастыря, восстают против королевской власти, разрушают начатое святое дело, которое должно было бы привести к соединению по вере народ христианский, увлекают за собою и других граждан, нарушают общественный покой и, купив место в Вильне, хотят строить себе церковь не столько для совершения хвалы Божией, сколько для расширения своей ереси и противодействия унии. Поэтому король дал приказ (от 29 августа) виленским бурмистрам, радцам и лавникам, чтобы они не допускали таких беспорядков и возмущений, а бунтовщиков и нарушителей общественного спокойствия предавали суду и наказывали и решительно возбранили им строить себе церковь, между тем как на постройку этой церкви Троицкое братство еще в 1594 г. имело разрешительную грамоту от самого же короля. Заметим, что речь идет о постройке Троицким братством той церкви, при которой вскоре образовался знаменитый в истории унии виленский Свято-Духов монастырь, существующий доселе. Еще чрез несколько дней к королю пришло известие, что и все вообще православные жители столичного города Вильны, духовные и миряне, взбунтовались против своего митрополита Михаила Рагозы и противятся ему, делают между собою тайные сходки, допускают в свои совещания и людей разных вер, издают протестации против своего архипастыря. Это вызвало короля послать ко всему виленскому духовенству, сановникам и прочим гражданам строгий приказ (от 12 сентября), чтобы они как духовные овцы повиновались во всем своему митрополиту и другим архипастырям, прекратили свои возмущения против них и своевольные сходки, а если не прекратят, то как бунтовщики и нарушители общественного спокойствия подвергнутся законным преследованиям и наказаниям.