На другой день, 7 октября, в четверг, православные опять собрались в залу своих заседаний и начали ожидать, не пришлет ли к ним кого митрополит с объяснением о вчерашнем своем поступке и с приглашением их на совещания, но ожидания были напрасны. Тогда Белградский митрополит Лука сказал: «Ваша святость ясно изволите видеть, что митрополит с владыками сам себя осуждает; он, очевидно, не осмеливается предстать пред Собор вследствие дел, им затеянных». Все сознавали справедливость этих слов, но по предложению председателя Никифора отправили к Рагозе новое посольство из шести новых духовных лиц: трех архимандритов, двух протопопов и одного пресвитера, нотария Андрея, которому и вручен был парагностик. Между тем в этот день прибыли королевские послы, и находившиеся на Соборе бискупы прежде всего просили послов охранить и обезопасить Собор от той вооруженной толпы, которую привели с собою православные. Послы снеслись с князем Острожским, и он дал им слово, что спокойствие отнюдь не будет нарушено. Затем послы условились с бискупами и владыками, что заседания Собора должны происходить в соборной Николаевской церкви, и письменное объявление об этом велели прибить к дверям как самой Николаевской церкви, так и римского костела. Но в то время, когда королевские послы еще совещались с епископами, им дано было знать, что какое-то посольство отыскивает митрополита и направилось к дому Владимирского владыки. Послы поспешили к митрополиту и застали там посланных от православного Собора с грамотою, которую и велели прочитать вслух. В грамоте порицали митрополита за то, что он пристал к латинянам и составил с ними Собор без совещания с православными; отвергали этот Собор, отказывали митрополиту в послушании и грозили проклятием и низложением с кафедры, если он не раскается вместе с своими сообщниками. Королевские послы отправили трех своих панов спросить князя Острожского, с его ли ведома и согласия была та грамота и посольство к митрополиту, и, когда князь отвечал утвердительно, сами приехали к князю и, находясь у него, дали знать православному Собору, что явятся в его заседание. Послов долго ждали, но они не явились, может быть, потому, что были уже сумерки. Между тем возвратились ходившие к митрополиту от лица Собора и объявили, что митрополит принял их с яростию и презрением и сказал, что им не дано будет никакого ответа. Так окончился второй день Собора, и ни на униатском, ни на православном Соборе не сделано было почти ничего.
В третий день, пятницу, 8 октября, на православном Соборе была уже большая деятельность. Лишь только открылось заседание, как поднялись сильные голоса против митрополита за то, что он оставил без внимания две грамоты к нему патриарших экзархов Никифора и Кирилла (от 13 сентября и 5 октября), которые тут же и были прочитаны, и два соборные приглашения. Но председатель Собора, держась строго правил церковных, предложил послать к митрополиту и владыкам еще третий позыв, или приглашение, для чего избраны были: три архимандрита, четыре протопопа и при них нотарий Григорий с парагностиком. На этот раз посланные возвратились скоро и принесли ответ: «Что сделано, то уже сделано, и иначе быть или переделаться не может; хорошо или худо мы поступили, только мы отдались Западной Церкви». После такого ответа не оставалось ждать ничего более, и протосинкелл Никифор обратился к Собору с обширною речью. Он резко осуждал митрополита и единомысленных с ним владык за их явное пренебрежение к Цареградскому патриарху и за те волнения, какие они произвели в Церкви своим отступничеством; хвалил православных того и другого соборного кола, духовного и светского, за их твердость в православии; укорял тех из их собратий, которые ради земных выгод и почестей или из боязни изменили вере своих отцов; защищал себя против возражений своих врагов, будто он не имеет права председательствовать на Брестском Соборе, и наконец спросил: когда и каким образом митрополит и владыки начали хлопотать об отступничестве? Киево-печерский архимандрит Никифор Тур отвечал, что это началось с того времени, как патриарх Иеремия года четыре тому назад наложил на митрополита Рагозу запрещение за рукоположение им в священный сан двоеженцев, многоженцев и явных прелюбодеев и за многие другие беззаконные его поступки и пригрозил, если не исправится, даже низвергнуть его с кафедры, как низвергнут был митрополит Онисифор. С того-то времени Рагоза и вступил в замысл с другими владыками отдаться папе; посылал к нему двух послов своих для принятия унии, а теперь, по возвращении их, думает привлечь к тому и всех мирян. Но все мы, сказал в заключение Никифор, православные, не только находящиеся здесь на Соборе, но и оставшиеся по домам, решительно не желаем унии, и в доказательство своих слов сослался на инструкции, привезенные земскими послами. Тогда Собор приступил к слушанию этих инструкций. Их было несколько десятков, но все они сходились в трех следующих статьях: 1) духовные, отступившие от власти патриархов, должны быть наказаны лишением сана, какой имели до подчинения их папской власти; 2) Поместный Собор в Бресте не вправе постановить решение о соединении с Римскою Церковью без согласия патриархов и всей Восточной Церкви, без основательного соглашения всех разностей по вере между обеими Церквами и только на основании, положенном двумя владыками, желавшими чрез отступничество в унию прикрыть свои преступления и приобресть себе выгоды и почести; напротив, древнее христианское вероисповедание, переданное нашим предкам от Церкви Восточной и содержимое доселе, подтвержденное законами, привилегиями, конфедерациями и присягами королевскими, должно быть оставлено в целости и подтверждено без перемены обрядов и прежней патриаршей власти; 3) не принимать нового календаря, явно противного церковным правилам, а сохранить ненарушимо употребление старого календаря согласно с указами короля Стефана и другими о том постановлениями. По выслушании Собором инструкций киево-печерский архимандрит высказал свое мнение, что с отступниками следует поступить по канонам и определениям святых отцов, и председатель признал мнение справедливым.