В тот же день был у государя стол для обоих патриархов, знатного духовенства и бояр, и, когда подано было третье кушанье, святейший Иов поднялся из-за стола и отправился с воздвизальным крестом в руках на осляти вокруг «города старого». Осля вел государев окольничий князь Лобанов-Ростовский да патриархов боярин Плещеев. Пред патриархом шли певчие дьяки и пели избранные стихиры; за патриархом – государевы дворяне, да его дьяки, и дети боярские, и множество народа. На Флоровском мосту патриарх сошел с осляти на приготовленное место, прочел молитву о благоденствии города, царя и царства, потом осенил святым крестом и окропил святою водою на все четыре стороны, сел на осля и отправился ко дворцу, а по возвращении в царские палаты снова занял свое место за столом. По окончании трапезы явлены были богатейшие дары, сперва от царя, потом от царицы, обоим патриархам, греческим митрополиту и архиепископу и всем другим лицам, находившимся в свите Иеремии.
На другой день, 27 генваря, в понедельник, Иов отслужил обедню на своем дворе у Соловецких чудотворцев и давал обед для патриарха Иеремии, всего высшего духовенства, русского и греческого, и нескольких бояр и дворян по назначению самого государя. Замечательна встреча обоих патриархов в патриарших палатах. Иеремия захотел первый просить себе благословения у новопоставленного Московского патриарха. Но Иов сказал: «Ты мне великий господин, и старейшина, и отец; от тебя принял я благословение и поставление на патриаршество, и ныне тебе же подобает нас благословить». На это Иеремия отвечал: «Во всей подсолнечной один благочестивый царь, а впредь что Бог изволит; здесь подобает быть Вселенскому патриарху, а в старом Цареграде за наше согрешение вера христианская изгоняется от неверных турок». И затем сначала Иеремия благословил Иова, потом Иов Иеремию, оба облобызались. Вскоре, еще до начала трапезы, оба патриарха и прочие архиереи приглашены были в царский дворец, где Иов в Золотой палате поднес государю свое «благословение», или «поминки»; оттуда перешли в покои царицы Ирины, где благословили ее и боярских жен, ей служивших, причем Иов поднес и царице свои поминки, а она снова пожаловала обоих патриархов своими дарами, и Цареградскому, между прочим, сама вручила драгоценный золотой потир, усыпанный шестью тысячами жемчужин кроме других камней. Возвратившись из дворца, патриархи и их спутники сели за трапезу, по окончании которой Иов явил свои подарки Вселенскому патриарху и прибывшим с ним двум святителям и прочим лицам. Во вторник, 28 января, утром приходили к Иову знатные бояре, дворяне, приказные, гости и торговые люди и, поздравляя его с посвящением в патриархи, подносили ему хлеб-соль и разные многоценные подарки. Потом Иов совершил литургию в Успенском соборе и давал обед собственно для своего русского духовенства, бояр, боярских детей, приказных и гостей. На третьей ястве патриарх вышел из-за стола, и, как прежде, сел на осля, и объехал вокруг «города большаго каменнаго». При этом осля под патриархом вел сначала Борис Федорович Годунов с патриаршим боярином Плещеевым, а потом князь Лобанов-Ростовский. По возвращении в свои палаты Иов докончил начатую трапезу с своими гостями и с благословением отпустил их восвояси. В четверг, 30 января, Иов рукоположил на митрополию Новгородскую архиепископа Александра, а в один из ближайших дней и на митрополию Ростовскую архиепископа Варлаама. В первых числах февраля (4–11) с дозволения государя Вселенский патриарх ездил в Свято-Троицкую Сергиеву лавру и провел там пять дней. Монастырские власти поднесли ему и всем прибывшим с ним различные поминки по предварительному указанию самого государя. Пред наступлением Великого поста Иеремия начал было снова проситься на родину. Но Борис Годунов прибыл к нему на подворье и, указывая на трудности путешествия в такое время, умолил святейшего именем своего государя продолжить еще свое пребывание в Москве.
В мае месяце, незадолго до отъезда Иеремии из Москвы, царь Федор Иванович приказал написать на пергамене золотом и червленою краскою «для утверждения от рода в род и навеки» уложенную грамоту о Русском патриаршестве, в которой можно различать две главные части. В первой части говорится о пришествии святейшего Иеремии в Москву и о том, как совещался с ним государь, желая «почтить и украсить св. соборную церковь Пресв. Богородицы превысоким престолом патриаршества и тем великим делом царствующий град Москву и все свое великое Российское царство наипаче прославить и возвеличить во всю вселенную», и как действительно учреждено патриаршество в России и поставлен первый Русский патриарх Иов. Достойны замечания слова, которые, по свидетельству грамоты, произнес Иеремия царю, когда услышал мысль его о Русском патриаршестве. «Поистине, – сказал будто бы Иеремия, – в тебе, благочестивом царе, пребывает Дух Святой, и от Бога такая мысль тобою будет приведена в дело… Ибо древний Рим пал Аполлинариевою ересью, а второй Рим – Константинополь – находится в обладании внуков агарянских, безбожных турок; твое же великое Российское царство, третий Рим, превзошло всех благочестием, и все благочестивые царства собрались в твое единое, и ты один под небесами именуешься христианским царем во всей вселенной, у всех христиан, и по Божию промыслу, по милости Пречистой и по молитвам новых чудотворцев Российского царства Петра, Алексия и Ионы и по твоему царскому прошению у Бога, твоим царским советом сие превеликое дело исполнится». Во второй части грамоты повествуется, что потом, т. е. после возведения Иова на патриаршество, но какого месяца и числа, неизвестно, по произволению царя и великого князя Федора Ивановича «на утверждение православныя веры и в почесть превеликаго престола патриаршаго царствующаго града Москвы» оба патриарха – Иеремия и Иов – со всеми прочими святителями, русскими и греческими, и со всем освященным Собором советовали и соборне уложили – быть в великом царстве Русском четырем митрополитам: в Новгороде, Казани, Ростове и на Крутицах; шести архиепископам: в Вологде, Суздале, Нижнем Новгороде, Смоленске, Рязани и Твери, где прежде были епископы, и восьми епископам: в Пскове, Ржеве, Устюге, Белозерске, Коломне, Брянске, Дмитрове и еще в каком-то городе, не названном в грамоте. Все эти епископии, кроме Коломенской, существовавшей прежде, предположено было открыть вновь. Вместе с тем соборне уложили: впредь Русским патриархам поставляться в царствующем граде Москве от своих митрополитов, архиепископов и епископов по избранию Собора, с утверждения своего государя, и новопоставленному Московскому патриарху извещать о своем поставлении Вселенского патриарха, который также будет отписывать ему о своем поставлении; всех же митрополитов, архиепископов и епископов русских по избранию Собора и соизволению государя поставлять Московскому патриарху. Эту уложенную грамоту скрепили: сам царь своею печатью, оба патриарха печатями и подписями, три русских митрополита и греческий печатями и подписями, пять русских архиепископов и греческий подписями, а два из них и печатями, один епископ печатью и подписью и затем многие архимандриты, игумены и старцы – только подписями. В последний раз пред отъездом Иеремии государь принимал его у себя еще с большею торжественностию, чем в первый; вновь одарил его, и его родственников, и всех прибывших с ним весьма щедро и, между прочим, собственноручно передал ему драгоценную митру, осыпанную жемчугом и каменьями, с распятием наверху и с жемчужною надписью вокруг: «От царя патриарху». А когда Иеремия, отправившийся в Литву и провожаемый на всем пути по России со всеми почестями, переехал русскую границу, его настиг в Орше посланец царский и вручил ему от имени царя тысячу рублей на сооружение патриархии в Царьграде и вместе с грамотами от царя и от Годунова к самому Иеремии грамоту к турецкому султану Мурату, в которой Федор Иванович просил Мурата, чтобы он велел своим пашам «держать патриарха Иеремию в бережении по старине во всем».