Когда патриарх Александрийский Мелетий получил послание царя Федора Ивановича, то поспешил в Царьград, и здесь составился в присутствии московского посла Григория Афанасьева 12 февраля 1593 г. новый Собор Восточных иерархов, во главе которых находились патриархи: Цареградский Иеремия, Александрийский Мелетий, имевший голос и Антиохийского Иоакима, недавно скончавшегося, и Иерусалимский Софроний. Речь на Соборе вел теперь Мелетий Александрийский, не присутствовавший на прежнем Соборе, рассуждавшем о Русском патриаршестве. Ссылаясь на 28-е правило Халкидонского Собора, утвердившего преимущества Константинопольского патриарха, ради царствующего града нового Рима, равные тем, какие прежде даны были отцами престолу древнего Рима, Мелетий говорил, что признает вполне законным учреждение патриаршества и в царствующем граде Москве и считает Московского патриарха равным по чести и достоинству всем прочим православным патриархам. Но, с другой стороны, указывая на правила Соборов (6-е – Никейского и 36-е – Трульского), определяющие иерархическую последовательность патриарших престолов, заявил, что не находит возможным дать Московскому патриарху третье место в ряду патриархов, а признает его пятым, после Иерусалимского. Прочие патриархи вполне согласились с мнением Мелетия, а Иеремия прибавил: «Так мы и прежде учинили и письменно изложили благочестивейшему царю». Вслед за тем Собор постановил: «Присуждаем, чтобы благочестивейший царь московский и самодержец всея России и северных стран, как поныне воспоминается в священных службах Восточной Церкви, в священных диптихах и на св. проскомидиях, так был бы возглашаем и в начале шестопсалмия по окончании двух псалмов о царе, т. е. по имени, как православнейший царь». Это деяние Собора, которое изложил в письмени сам Мелетий, за подписями присутствовавших на Соборе было вручено московскому послу Григорию Афанасьеву и отправлено к царю Федору Ивановичу и патриарху Иову. Патриархи, без сомнения, не могли не понимать, что их новое соборное решение не удовлетворит вполне русского правительства, потому что и теперь, утвердив Московское патриаршество, они не согласились дать Московскому патриарху третьего места в среде своей, чего так настойчиво желали в Москве. Наиболее же должен был чувствовать это Александрийский патриарх Мелетий, которого царь особо просил относительно Русского патриаршества и которому на последнем Соборе в Царьграде пришлось иметь преимущественный голос. Потому-то одновременно с тем, как отправлено было в Москву деяние этого Цареградского Собора, Мелетий послал туда же от себя чрез своего архимандрита Неофита письма к царю, царице, патриарху Иову, Годунову и Щелкалову. Каждое из названных лиц он извещал о соборном решении, утвердившем Русское патриаршество и отправленном в Москву, и каждому выражал свои благожелания. Но особенно старался угодить патриарху и царю. Первому он говорил: «Справедливо поступил руководимый свыше благочестивейший царь Федор Иванович с святейшим братом и сослужбником нашим кир Иеремиею, архиепископом Константинопольским и Вселенским патриархом, когда, созвавши Собор, начали прекрасное и богоугодное учреждение патриаршего престола. Священными грамотами благочестивейшего царя призваны были и мы признать этот престол на полном Соборе. Почему, пришедши в Константинополь, в нынешней патриархии Пресв. Богородицы-Целительницы, мы утвердили то учреждение, считая достойным, чтобы царствующий и православнейший город Москва был возвеличен и в делах церковных с предоставлением ему чести, подобающей патриаршему престолу. Это вы и найдете в томе соборного деяния, скрепленном нашими собственноручными подписями, с печатьми некоторых митрополитов, архиепископов и епископов». Вместе с письмом Мелетий послал от себя к Иову и посох и говорил: «Да имеет твой высочайший патриарший престол в дар от нас этот посох, который имел доселе у нас великую цену, впрочем, не дороговизною вещества своего, а почтенною древностию… Этот посох преблаженного кир Иоакима Александрийского, который патриаршествовал 79 лет, живши сто лет, и который, испив яд, остался по благодати Христовой невредим». В послании к царю Федору Ивановичу Мелетий превозносил его благочестие, восхвалял самую мысль его об учреждении патриаршества в России и писал: «Имея всегдашнюю заботливость и любовь к апостольским престолам патриаршего достоинства и придерживаясь их, как вечно текущих и неиссякающих источников спасительнаго проповедания, ты не только простираешь руку помощи им, хотя они и далеко отстоят от тебя, но и находящийся в твоем царстве церковный престол ты возревновал возвесть в патриаршее достоинство, чтобы Христос Бог, умножающий твое царство, видел и Свое царство умножаемым тобою». Сказав затем об утверждении Русского патриаршества Константинопольским Собором и о соборном деянии, отправленном в Россию, Мелетий продолжал: «Тебе за твои подвиги следует быть увенчанным двойною диадемою: одну имеешь ты от предков, свыше… другую же представляем тебе мы. Эта диадема (головной убор) дана святым Ефесским Собором, бывшим при достославном самодержце Иустиниане, апостольскому престолу Александрийскому, и ею по примеру святейшего папы старейшего Рима одни только предстоятели Александрийской Церкви имели обычай украшаться». В заключение своего письма к царю Мелетий давал ему совет: «Заведи у себя, царь, училище греческих наук, живой огонь священной мудрости, ибо у нас источник мудрости грозит иссякнуть совершенно». Все письма и подарки Александрийского патриарха не в состоянии были подавить в русских чувство недовольства решением Константинопольского Собора, но против этого решения они ничего не могли сделать и поневоле должны были ему покориться.