В 17-й день июня 1586 г. прибыл в Москву Антиохийский патриарх Иоаким, совершавший свое путешествие через Галицию, где устроил церковное братство, и потом через Смоленск, откуда испросил себе у царя Федора Ивановича разрешение посетить его столицу. Много уже приходило к нам за милостынею с Востока и мирян, и особенно духовных лиц, в том числе архиепископов и митрополитов, со времени падения Царьграда, но из четырех Восточных патриархов еще не приходил никто, Иоаким был первый. Государь приказал сделать патриарху несколько почетных встреч на пути его от Смоленска в Москву: первая была в Можайске, вторая – в селе Мамонове пред Москвой, третья – на Драгомилове при въезде в столицу. Помещение для патриарха отведено было на Никольском крестце в доме Федора Шереметьева. Июня 25-го Иоаким приглашен был в царский дворец и прибыл туда в митрополичьих санях, которые за ним были присланы. На крыльце царских палат встретил патриарха посольский дьяк Андрей Щелкалов и ввел его в подписную Золотую палату, где восседал на троне государь в полном царском одеянии, окруженный боярами и окольничими. Царь поднялся и встретил патриарха за сажень от своего седалища, принял от него благословение и спросил его о здоровье. Патриарх подал царю грамоту Цареградского первосвятителя Феолипта, которая свидетельствовала о личности и нуждах его, патриарха Иоакима, и поднес царю от себя в дар частицы мощей апостола Анании, Игнатия Богоносца, великомученика Георгия и мучеников Киприана и Иустинии. Государь пригласил патриарха к себе обедать, а до обеда велел сходить в соборную церковь к митрополиту Дионисию, собиравшемуся служить литургию.
Уже при самой встрече этого патриарха с нашим митрополитом обнаружилось, как понимали русские своего первосвятителя или как понимал он сам себя. В южных дверях Успенского собора встретил патриарха митрополичий боярин Плещеев с митрополичьим дворецким и ключарем, а сам Дионисий стоял тогда в полном облачении посреди церкви на устроенном месте, имея вокруг себя архиепископа Ростовского, епископов, архимандритов, игуменов и прочее духовенство в жемчужных ризах. Когда Иоаким, приложившись к святым иконам, направился к митрополиту, Дионисий сошел с своего места на одну сажень навстречу патриарху и первый благословил его, а после патриарх благословил Дионисия и «поговорил слегка, что пригоже было митрополиту от него благословение принять наперед, да и перестал о том». Дионисий совершил Божественную литургию, а патриарх стоял в продолжение ее в церкви, по правую сторону, у заднего столпа. Такая встреча митрополита с патриархом была, без сомнения, обдуманная, и Дионисий поступил так, вероятно, не по собственной только воле, а по соизволению государя и его советников, судя по тому, что сам же государь и предложил патриарху идти в соборную церковь к митрополиту, да и вообще церемониалы встреч в подобных случаях у нас всегда наперед обсуждались и утверждались самим правительством. Но то, что еще не довольно ясно выразилось в действии нашего митрополита при встрече с патриархом, гораздо яснее выразил вскоре сам царь Федор Иванович на словах. «Помысля», т. е. посоветовавшись с своею благоверною и христолюбивою царицею Ириною, – будем рассказывать по руководству древнего сказания – государь советовал и с боярами и говорил им: «Изначала, от прародителей наших, киевских, владимирских и московских государей царей и великих князей благочестивых, поставлялись наши богомольцы митрополиты Киевские, Владимирские, Московские и всея России от патриархов Царяградских и Вселенских. Потом милостию всемогущего Бога и Пречистой Богородицы, Заступницы нашей, и молитвами великих чудотворцев всего Российского царства, а за прошением и молением наших прародителей, благочестивых царей и великих князей московских, и по совету патриархов Цареградских начали поставляться особо митрополиты в Московском государстве по приговору и по избранию прародителей наших и всего освященного Собора, от архиепископов и епископов Российского царства даже и до нашего царствия. Ныне по великой и неизреченной Своей милости Бог даровал нам видеть пришествие к себе великого патриарха Антиохийского, и мы воссылаем за сие славу Господу. А нам бы испросить еще у Него милости, дабы устроил в нашем государстве Московском Российского патриарха, и посоветовать бы о том с святейшим патриархом Иоакимом, и приказать бы с ним о благословении патриаршества Московского ко всем патриархам». Здесь, очевидно, государь не столько просил совета у бояр, сколько объявлял им свое решение, прежде им принятое вместе с царицею, которое оставалось только исполнить. И действительно, тотчас же приговорил государь ехать к патриарху шурину своему конюшему, и наместнику казанскому Борису Федоровичу Годунову. Годунов отправился к патриарху, дословно передал ему всю речь государя, сказанную им боярам, и просил Иоакима: «Ты бы о том посоветовал с святейшим Вселенским патриархом, а пресвятейший бы патриарх посоветовал о таком великом деле со всеми вами, патриархи… и со архиепископы, и епископы, и со архимандриты, и со игумены, и со всем освященным Собором, да и во Святую бы гору и в Синайскую о том обослалися, чтобы, дал Бог, такое великое дело в нашем Российском государстве устроилося, а, помысля бы о том, нам объявили, как тому делу пригоже состояться». Иоаким отвечал, что все патриархи благодарны благочестивому государю за его милостыни, постоянно молятся о нем, чтобы Господь даровал ему все по желанию его сердца, и что в Российском царстве «пригоже» быть патриарху, только этого великого дела без совещания с Цареградским и другими патриархами учинить невозможно, и обещал, что патриархи начнут теперь совещаться о том вместе со всем Собором и обошлются во Святую и в Синайскую горы. Ответ патриарха Годунов немедленно донес царю Федору Ивановичу.