На второй день, 9 сентября, после ранней литургии отец Оксенович, ректор киевских школ, говорил проповедь, в которой обозрел все Соборы разных веков, при ком и для чего они созывались и что на них было постановлено, и указал на настоятельную потребность Собора, состоявшегося теперь. Потом маршалок объявил, что обстоятельнее о причине этого Собора имеет сказать отец Исаия, игумен никольский, и пригласил внимательно его послушать. Речь Исаии была следующая: «Святой, избранный, богоносный Собор! В Церкви нашей Русской употребляются славянские книги, которые не многие русские священники понимают, что видя, противники и еретики понапечатали книг на польском языке, легком для понимания, и ложно выдали их за православные церковные, между тем как в них много еретических заблуждений. Кто доставал такие книги и читал их, тот и сам по ним верил, и других научал верить, вследствие чего многие христиане отпали от нашей веры в различные ереси и ныне утесняют, насилуют и смущают Церковь. Ввиду этого о. митрополит, желая успокоить ее и привести к первоначальной правоте, написал Катехизис с великою осторожностию и тщательным исследованием церковных писаний и статьи этого Катехизиса вносит и полагает пред вами, преосвященный Собор! Первая статья о Символе веры, чтобы все православные одинаково верили и исповедовали». Тотчас за речью началось на Соборе чтение Катехизиса, а потом слушали объяснения послов, прибывших на Собор, до самого вечера.
На третий день, 10 сентября, собирались дважды: рано утром и после обеда. В раннем заседании сначала слушали каноны, как крестить, как совершать Святейшую Жертву, какие употреблять сосуды – серебряные, оловянные, а не иные, и о том, чтобы при венчании быть осторожнее. Потом обратились к чтению Катехизиса: о душах праведных, что они хотя находятся на небе, в руце Божией и в блаженстве, но еще неполном, и о частном суде для каждого тотчас по смерти. Тогда же запрещено нюхание табаку. В послеобеденном заседании читались правила: неученого в попы не посвящать; попу, не знающему правил, не исповедовать, а двоеженца-попа не допускать к совершению церковных служб под страхом вечного осуждения. Затем митрополит внес жалобу на львовское Успенское братство, печатавшее, несмотря на его запрещение, книги: Евангелия, Служебники и пр., и заказал под клятвою, чтобы никто не смел покупать тех книг.
На четвертый день, 11 сентября, в утреннее заседание был разговор с отцом Исаакием касательно душ праведных, где они находятся. Отец Исаакий доказывал, что они в раю земном, а митрополит – что на небе. После долгого спора решили послать апелляцию о том Константинопольскому патриарху. Потом была речь о душе человеческой, откуда она дается – от родителей ли, или творится Богом. Решили: человек зачинается от матернего плода без души, как и Адам создан был Богом без души, и потом уже Бог вложил в него бессмертный дух, а после того, как даст Бог человеку душу, она живет в сердце и голове. Затем рассуждали о душах грешных, где они находятся по смерти, и решили: души грешных задерживаются до последнего суда на воздухе в чистилище, ибо, говорят, душа грешила вместе с телом, с ним должна терпеть и муку. Наконец, постановили, чтобы жидовка у христианки и христианка у жидовки детей при рождении не принимали. В послеобеденном заседании избрали четырех депутатов в консисторию для слушания дел о неурядицах и ссорах между попами, причем суд и вызовы на суд должны происходить бесплатно и только после суда виновный обязан платить пошлину. Потом читались правила о крещении и доложено, что в крайней нужде может крестить и баба, а как крестить, бабы должны поучиться у попов. Говорили еще об елее, которым помазуют на всенощной, что остаток его должен быть съеден, а не сохраняем, как случалось прежде, для других всенощных; об елее, употребляемом при елеосвящении, что остаток его должен быть сожжен, и о том, сколько должно быть попов для совершения этого таинства; об исповеди и разрешении больных и преступников, как разрешать их; как по правилам проводить нарочитые и обыкновенные праздники. Постановили: крестный ход кругом церкви должен совершаться навспять, т. е. против солнца, как и в алтаре; в процессиях на похоронах попы должны идти пред телом, а не за телом.