На пятый день, 12 сентября, в утреннем собрании читали Катехизис, начиная от слов: во «едину, святую, соборную и апостольскую Церковь», и что значит: «в Церковь», и далее о седми церковных таинствах, причем была речь о форме таинств, особенно же о форме Евхаристии – вследствие вопроса отца Панкратия: в какое время и чрез какие слова совершается таинство Евхаристии. После долгого спора решили обратиться к патриарху. После обеда читали правила, чтобы русские кухарки жидам не служили и чтобы Русь не покупала мяса у жидов, которые, обрезав и осквернив его, продают христианам.
На шестой день, 14 сентября (13-го числа, которое случилось в воскресенье, соборных заседаний не было), митрополит совершил со всем духовенством заупокойную литургию о валашских господарях и о своих родственниках. А после обеда читали Катехизис, начавши от слов: «чаю воскресения мертвых», и, окончив первую часть, прочли и всю следующую часть об «Отче наш» и о девяти блаженствах. Затем читаны были права Киевского братства и митрополит обратился к Собору с просьбою, чтобы он позаботился на вечные времена о киевских школах, так как все это, говорил он, устроено с великими издержками и тяжкими трудами, причем митрополит напомнил, чтобы ректор киевских школ служил с палицею.
На седьмой день, 15 сентября, утром окончено было чтение Катехизиса: в частности, читали о вере, любви и надежде, потом об установленных и частных постах, о воскресных днях и праздниках, в которые если кто не будет своих слуг или крестьян освобождать от работ, то за это мирян отлучать от Церкви, а священников лишать священства и даже проклинать. После обеда допрашивали, все ли согласны, особенно из знатных послов-игуменов, на следующие три вещи: 1) на определение 24 пресвитеров в священнический суд, чтобы они судили, как капитула; 2) чтобы отца Исаию, игумена никольского, признать доктором богословия и 3) чтобы ректор киевских школ служил с палицею.
На осмый день, 16 сентября, утром окончено чтение правил, в которых нашли, чтобы на литургии Златоуста и святого Василия не падали ниц во время переноса Святых Даров, как пред святейшим таинством, а только на «Вонмем, Святая Святым» и на «Со страхом Божиим», т. е. при возношении Святых Даров. Снова подтверждено было: монахам и монахиням в кумовство между собою не вступать; иноверца нельзя приглашать в восприемники, а только русский у русского должен быть кумом при крещении. Рассуждали о елеосвящении и постановили: для одного дважды или трижды в день не освящать елея и не один поп должен освящать тот елей, а должны семь попов, если же семи не найдется, то по крайней мере три; одного и того же дважды не святить, а для каждого раза другой. Касательно браков и свадьб положили: непременно расспрашивать, нет ли у жениха жены или у невесты мужа, хотя бы в чужой стране; в таком случае другой не брать и за другого не выходить. После обеда читано постановление, которым отцу игумену никольскому предоставлялось быть пресвитером и ревизором над протопопами. Протопопы же обязывались понедельно служить у святой Софии, а чтобы более привлечь их к тому, им назначили за то по 15 грошей. Была речь и о том, что назначить послам, отправляемым в Царьград и что патриарху, чтобы он просмотрел те артикулы и подтвердил, что признает нужным.
На девятый день, 17 сентября, Собор рассуждал и постановил: чернецы, по уставу святого Василия, должны иметь в монастырях общежитие, а если того нельзя вполне достигнуть, то по крайности трапеза у них должна быть общая. Если чернец простой не будет оказывать послушания старшему, то не давать ему пищи и исключить из монастыря. Венчать, крестить, кумиться чернецам не дозволяется. Старшие в монастыре носят одежду из иноземного сукна не дороже четырех злотых, а другие – кожух и сермягу. Шелкового пояса никому не носить, а если у кого найдется такой, то отобрать в пользу монастыря. Братства для сохранения благочестия имеют быть независимыми от епископов. На будущее время в монахи не постригать не бывших на послушании в Никольском монастыре.
На десятый день, 18 сентября, дочитаны каноны и постановлено: монастырей, ни больших, ни малых, не основывать без благословения епископов и без привилегий. В котором монастыре не будет восьми человек братии, а по крайности – шести с послушниками, там игумена не звать игуменом, а только старцем, и то под началом другого, большего, монастыря. К черницам, кроме духовника, никто не должен ходить. Чернецы и черницы да не дерзают проживать по селениям и городам, но только в монастырях, и черницы под началом какой-либо известной старицы. Когда умрет брат в каком-либо монастыре, тогда братия обязаны по христианскому долгу отслужить по душе умершего три литургии под страхом проклятия. В заключение рассуждали, с чем отправить послов в Царьград к патриарху и что послать патриарху за труд, дабы по крайности не с пустыми руками к нему явиться.