В 19-й день генваря царь Федор Иванович приговорил с митрополитом Иовом, с архиепископами, епископами, и всем Собором, и с боярами послать к святейшему Иеремии Ростовского архиепископа Варлаама и Смоленского епископа Сильвестра в сопровождении нескольких архимандритов, игуменов и старцев и дьяка Андрея Щелкалова, чтобы посоветоваться, как тому великому делу быть, когда быть избранию и наречению Московского патриарха и когда самому посвящению. Иеремия после совещания с прибывшими к нему приговорил: возвести на Московское патриаршество того, кого изберет Бог, и Пречистая Богородица, и великие чудотворцы Московские Петр, Алексий и Иона, и избранию быть в четверг 23 генваря, а поставлению – в следующий воскресный день, 26 генваря. Затем Иеремия стал расспрашивать, как происходит в Москве поставление митрополитов. Щелкалов отвечал: «Чин поставления у нас митрополита тот же, что и чин патриаршего поставленья, который ты написал и прислал государю, только твой чин изложен кратко, а в нашем чине написано сполна обо всем». Иеремии рассказали в общих чертах весь ход приближавшейся церковной церемонии и представили на бумаге самый «приговор государя царя о наречении патриарха Московского и всея России». Здесь во всей подробности начертан был план, по которому имело совершиться избрание и наречение Московского первосвятителя, и – что особенно замечательно – наперед были указаны самые лица, которых должно было избрать в кандидаты как на патриаршество, так и на вновь открывавшиеся митрополии, Новгородскую и Ростовскую.
Согласно с этим приговором, 23 генваря собрались в Успенский собор все русские архиереи, кроме митрополита Иова, оставшегося в своем доме, и отправили из среды своей двух епископов с несколькими настоятелями монастырей и старцами пригласить туда же Вселенского первосвятителя. Встреченный у собора с величайшею торжественностию, Иеремия в сопутствии двух своих греческих иерархов вошел в церковь и, приложившись к святым иконам и мощам святителей, стал на месте против чудотворной Владимирской иконы Пресвятой Богородицы и советовался тайно с архиереями об избрании патриарха. Тогда митрополит греческий Иерофей, архиепископ Казанский Тихон, Елассонский Арсений и епископы – Суздальский Иов, Смоленский Сильвестр, Рязанский Митрофан, Тверской Захария, Коломенский Иосиф и Крутицкий Геласий – удалились в придел Похвалы Пресвятой Богородицы и, заняв приготовленные для них места, избрали на патриаршество трех кандидатов, предуказанных в приговоре: Иова, митрополита Московского, Александра, архиепископа Новгородского, и Варлаама, архиепископа Ростовского, составили акт, или грамоту, избрания и собственноручно подписали его. Затем точно так же избрали трех предуказанных в приговоре кандидатов на митрополию Новгородскую: архиепископа Новгородского Александра, архимандрита троицкого Киприана и архимандрита рождественского во Владимире Иону – и трех также прежде указанных кандидатов на митрополию Ростовскую: Ростовского архиепископа Варлаама и архимандритов – новоспасского Сергия и чудовского Феодосия – и составили акты их избрания. Эти акты избиратели представили патриарху, который вместе с ними и отправился к государю. Федор Иванович, окруженный боярами, встретил патриарха и всех архиереев у дверей своей Золотой палаты и, приняв от патриарха благословение, пригласил их сесть. Чрез несколько минут Иеремия встал, возвестил царю о совершившемся избрании и поднес ему самую грамоту избрания кандидатов на патриаршество. Государь приказал дьяку Щелкалову прочитать эту грамоту вслух и из числа названных в ней избрал на патриаршество митрополита Иова, а вслед за тем послал трех архиереев и двух бояр звать его к себе. Когда Иов явился, государь встретил его в дверях своей палаты вместе с патриархом Иеремиею и со всем Собором и принял благословение от Иова. Последний принял благословение от Иеремии и поцеловался с ним в уста по обычаю патриархов. Государь сказал Иову речь, в которой объявил ему об его избрании в патриархи и просил его молитв. А Иеремия благословил Иова как «нареченного» в патриарха Московского и всея России. После того Иеремия поднес государю два остальные акта избрания кандидатов на митрополии Новгородскую и Ростовскую. Акты были прочитаны тем же дьяком Щелкаловым, и государь избрал и утвердил на первую митрополию Новгородского архиепископа Александра, а на вторую – Ростовского архиепископа Варлаама; Иеремия благословил того и другого в митрополиты и посвящение их предоставил будущему Московскому патриарху Иову. Так совершилось наречение первого нашего патриарха, в палатах государя, а не по тому чину, который дан был Иеремиею и по которому оно должно было совершиться в церкви. И хотя из царских палат оба патриарха пошли в Успенский собор, но там уже не происходило никакого наречения, а только после краткого молитвословия приложились они к святым иконам, сотворили между собою братское о Христе целование и расстались. Иеремия тотчас отправился на свое подворье, сопутствуемый несколькими архиереями и архимандритами. А Иов выслушал в соборе литургию и уже тогда пошел в свой двор также в сопровождении архиереев и архимандритов, которые и многолетствовали ему там на патриаршество Московское.