Для избрания нового патриарха составлен был чин, по которому оно должно было совершиться. В чине говорилось, что благочестивый царь, не желая видеть Церковь как бы вдовствующею, разослал грамоты во все концы своего государства, ко всем святителям и, извещая их о смерти патриарха Иосифа, приглашал их собраться в Москву для избрания нового верховного пастыря и что вследствие этого в Москву прибыли четыре митрополита: Новгородский Никон, Казанский Корнилий, Ростовский Варлаам, Сарский Серапион и три архиепископа: Вологодский Маркелл, Суздальский Серапион и Рязанский Мисаил со множеством архимандритов, игуменов, протоиереев и священников, а прочие архиереи, которые почему-либо не могли прийти, прислали священному Собору повольные грамоты о своем согласии. Собравшимся святителям царь приказал «ко избранию на патриаршеский престол написати двенадцать мужей духовных». Святители исполнили волю царя и, написавши, «прислаша к нему имена 12 духовных мужей». Июля в 22-й день послал царь своего боярина Василия Васильевича Бутурлина да думного дьяка Волошенинова сказать святителям и всему Собору, чтобы они из тех 12 мужей избрали одного достойнейшего быть патриархом, «мужа благоговейного и преподобного», и потом пришли в Золотую палату известить о том государю. Святители со всем Собором исполнили и эту царскую волю, и когда пришли в Золотую палату, то Казанский митрополит Корнилий возвестил государю от лица всех, что они из 12 духовных мужей избрали на патриарший престол Никона, митрополита Новгородского, а затем предложил государю идти «для такова великого дела» в соборную церковь и помолиться, чтобы Господь Бог по предстательству Пресвятой Богородицы и святых чудотворцев Московских «то великое дело совершил». Государь велел вперед идти в соборную церковь святителям с прочим духовенством и, переговорив с своими боярами об избрании патриарха, пошел туда и сам. В церкви совершены были всем Собором молебствия: Пресвятой Троице, духам бесплотным. Пресвятой Богородице с акафистом, святым апостолам и святым чудотворцам Московским – Петру, Алексию, Ионе и Филиппу. По окончании молебствий царь, посоветовавшись с Корнилием Казанским и со всем Собором, послал «по новоизбранного патриарха» на Новгородское подворье митрополита Сарского да архиепископа Рязанского и с ними боярина Бутурлина, окольничего князя Ромодановского и думного дьяка Волошенинова. Так все это должно было происходить по наперед составленному чину избрания, и нет основания сомневаться, что так действительно и происходило. Но за сим последовало неожиданное отступление от чина. По чину предполагалось, что, как только Никон услышит от посланной к нему депутации повеление государя явиться в соборную церковь по случаю избрания его на патриаршество, он тотчас явится, скажет речь государю, примет от него и от всех поздравление и пр. Вышло, однако ж, не так: Никон не захотел идти в соборную церковь, о чем депутация и возвестила царю и всему Собору. Посылали за Никоном еще не однажды, не дважды, а много раз: Никон не покорялся. Послал, наконец, государь главнейших своих бояр и архиереев, чтобы они взяли Никона против его воли и привели на Собор, – Никон был приведен. И начал царь со всем своим синклитом, духовенством и народом умолять Никона, да будет патриархом в Москве и России, но Никон не соглашался, называя себя смиренным, неразумным и не могущим пасти словесных овец стада Христова. Прошло много времени в напрасных мольбах. Наконец, царь и все присутствовавшие в церкви пали на землю и со слезами молили Никона принять патриаршество. И не вытерпел Никон при виде царя в таком положении, заплакал сам вместе со всеми и, вспомнив, что сердце царя, по Писанию, в руце Божии, обратился к нему и ко всем находившимся в церкви с такими словами: «Вы знаете, что мы от начала приняли св. Евангелие, вещания св. апостолов, правила св. отцов и царские законы из православной Греции, и потому называемся христианами, но на деле не исполняем ни заповедей евангельских, ни правил св. апостолов и св. отцов, ни законов благочестивых царей греческих… Если вам угодно, чтобы я был у вас патриархом, дайте мне ваше слово и произнесите обет в этой соборной церкви пред Господом и Спасителем нашим и Его Пречистою Материю, ангелами и всеми святыми, что вы будете содержать евангельские догматы и соблюдать правила св. апостолов и св. отцов и законы благочестивых царей. Если обещаетесь слушаться и меня как вашего главного архипастыря и отца во всем, что буду возвещать вам о догматах Божиих и о правилах, в таком случае я по вашему желанию и прошению не стану более отрекаться от великого архиерейства». Тогда царь, и все бояре, и весь освященный Собор произнесли пред святым Евангелием и пред святыми чудотворными иконами обет исполнять все, что предлагал Никон. И Никон, призвав во свидетели Господа, Пресвятую Богородицу, ангелов и святых, изрек свое согласие быть патриархом. Правда, все это об избрании Никона мы знаем только из его собственного рассказа. Но, излагая этот рассказ, Никон говорил: «Господь Бог свидетель есть, яко тако бысть» – и смело повторял этот рассказ пред самим царем Алексеем Михайловичем и пред своими врагами, которые могли бы обличить его в неправде, а еще прежде смело указывал на это событие даже в печатных богослужебных книгах.