В феврале (23-го числа) прибыли в Киев первые московские воеводы с ратными людьми, чтобы защищать его от поляков и построить в нем крепость. Митрополит оказал воеводам великую почесть: сам встретил их со всем освященным Собором в воротах Софийской соборной церкви, пел молебен в церкви и молил Бога о государевом здоровье, а потом за объявленное ими милостивое царское слово бил челом государю со всем духовенством и мирянами. Но спустя два дня, когда бояре воеводы явились к митрополиту и сказали, что они хотят строить крепость на месте близ Софийского собора, митрополит смело отвечал, что «на том месте города (крепости) он ставить не даст, потому что та земля – его, софийская, и Архангельского и Никольского монастырей, и Десятинной церкви, под его митрополичьею паствою и он тех земель под город не поступается». Бояре коснулись самого чувствительного места для западнорусского духовенства – церковных имений, из-за которых оно вело непрестанную борьбу в течение столетий и перенесло столько скорбей, трудов и лишений. Бояре заметили митрополиту, что если он начнет бить челом государю, то государь пожалует ему взамен той земли иную. Митрополит отвечал, что «все земли у них поделены и по их правам отдать ему той земли под город нельзя». Когда же воеводы сказали, что, хотя он и не хочет отдать той земли под город, они по государеву указу начнут ставить там город, митрополит рассердился и произнес: «Если начнете на том месте ставить город, я начну с вами биться». Московским воеводам эти слова могли показаться страшным преступлением, но в Литве и во всей Малороссии они вовсе не имели такого смысла: там обыкновенно подобным образом отстаивались имения даже против королевских указов не только светскими, но и духовными владельцами. Такие сопротивления королевским грамотам и посланцам не раз оказывали сами киево-печерские иноки, а еще прежде и православные владыки, что мы видели в своем месте, дивленные воеводы стали укорять митрополита, что он не имеет страха Божия, что прежде он был одной мысли с гетманом Хмельницким, а теперь под государевою рукою быть не хочет и желает добра королю, и митрополит еще более рассердился и будто бы произнес: «Гетман Хмельницкий посылал бить челом государю и поддался со всем запорожским войском под государеву руку, а он-де, митрополит, со всем Собором бить челом государю не посылал, и живет он с духовными людьми о себе, ни под чьею властию… Прежде был под королевскою властью, а вперед под чьею властью велит Бог ему быть, под тою и будет». И прибавил с угрозою боярам: «Не ждите начала, ждите конца; увидите сами, что над вами вскоре будет». Тогда воеводы призвали к себе киевских полковников, бурмистров и вообще городские власти и объявили им, что митрополит не хочет дать избранного места под город, или крепость. Власти пошли говорить о том же городовом деле митрополиту и, возвратившись, сказали воеводам, «что митрополит Сильвестр просит у них прощения во всем том, что говорил против них, а то-де он говорил с сердца, потому что-де преж сего поляки и литва многие у них земли себе посвоили и завладели, и ныне он чаял того ж, что их монастырскую землю воеводы завладеют».
Чтобы понять смысл резких слов и угроз, если только они действительно были произнесены митрополитом, надобно взять во внимание, что в это самое время король польский рассылал свои универсалы (от 21 февраля) к казакам и всем жителям Малороссии, убеждал их не следовать за изменником Хмельницким, оставаться верными Речи Посполитой, ждать от нее скорой воинской помощи и что в разных местах Польши действительно готовились тогда три рати с целию нагрянуть на Малороссию и снова завладеть ею. Коссов мог думать вместе с другими, что судьба Малороссии еще не окончательно решена и она может опять очутиться под владычеством Польши, и, выведенный из себя требованиями московских воевод, мог высказаться пред ними так, как высказался. Он мог сделать тогда на всякий случай и более смелый шаг, надеясь, что шаг этот останется в Москве неизвестным. Сохранилось известие, будто «в 1654 г., в Великий пост пред светлым Христовым Воскресением, присылали к королю на сейм митрополит и иные духовного чина люди двух чернецов говорить, что им с московскими людьми в соединении быть невозможно и они того никогда не хотели, а Москва хочет-де еще их перекрещивать, и король собрал бы войско и их высвобождал, как возможно, а они московских людей из Киева выбьют и будут под королевскою рукою по-прежнему»; хотя известие это передает только один грек Иван Петров Тафлара, который будто бы находился тогда узником в Варшаве и которому по освобождении из тюрьмы король будто бы поручил разносить его универсалы между казаками и сказал, что «малорусские духовные под его королевскою рукою быть хотят по-прежнему, и присылал к нему митрополит с духовенством старцев, прося себе его королевской милости».