Собор, впрочем, не ограничился одним этим общим постановлением против раскольников, а в пояснение и как бы оправдание его сделал еще несколько частных постановлений. Так, в третьей главе книги соборных деяний находим «Толкование» патриархов Паисия и Макария, принятое всем Собором, об аллилуйе, о знамении святого креста, о святом Символе и о молитве Иисусовой. Здесь патриархи объясняли, почему надобно троить, а не двоить аллилуйю с прибавлением «слава Тебе, Боже», и сделали несколько критических замечаний на житие преподобного Евфросина и другие свидетельства, приводимые ревнителями сугубой аллилуйи; объясняли, почему надобно креститься тремя, а не двумя перстами, и сделали замечания против известных свидетельств, приписываемых святому Мелетию и блаженному Феодориту и доказывали, что Символ веры должно читать без прилога «истиннаго», а в молитве Иисусовой при церковном употреблении следует произносить «Боже наш», хотя не запрещали произносить и «Сыне Божий». В десятой главе той же соборной книги изложено «Увещание» от лица всех отцов Собора касательно Стоглавого Собора. Отцы говорили, что, желая принести «во единство и согласие веры и чина Великороссийскую Церковь со святою Восточною Церковию», они имели полное право отменить некоторые погрешности, принятые на Стоглавом Соборе и произведшие несогласие между этими Церквами, и в доказательство привели несколько примеров из Кормчей, как и в древности последующие Соборы исправляли и отменяли постановления предшествовавших, меньших. Соборов. А к тому присовокупили, что постановления Стоглавого Собора сделаны только русскими архиереями и не свидетельствованы ни Вселенским, ни прочими патриархами. В правилах, изложенных во второй главе соборной книги, патриархи Паисий и Макарий вместе со всем Собором: а) заповедали, чтобы крестные ходы вокруг церкви в Великую субботу с плащаницею и при освящении церквей с святыми мощами совершаемы были не по солнцу, как делают раскольники, а против солнца, по обычаю святой Восточной Церкви и согласно с тем, как и обхождение престола при хиротонии дьяконов и священников и каждение вокруг престола совершаются не по солнцу, а против солнца (правило 12); 6) запретили верить статье, составленной каким-то раскольником, тайным еретиком армянской веры, и напечатанной в следованной Псалтири и других книгах, о сложении перстов для крестного знамения по обычаю армянскому и повелели совсем исключить эту статью из печатных и рукописных книг (правило 22); в) повелели исправленный при Никоне и напечатанный Служебник, который теперь вновь прилежно был свидетельствован от всего освященного Собора, печатать и впредь и совершать по нем священнодействие без всякого прибавления, отъятия и перемены (правило 24); г) похвалили книгу «Скрижаль», переведенную с греческого и напечатанную при Никоне (правило 26); д) утвердили своим согласием известное послание Константинопольского патриарха Паисия в ответ на вопросы Никона о некоторых делах церковных (правило 26); е) одобрили книгу «Жезл правления», составленную и напечатанную тогда на обличение попов Никиты, Лазаря и их единомышленников (правило 27). Наконец, патриархи Паисий и Макарий в числе вопросов, предложенных им Московским патриархом и прочими русскими архиереями, решили и следующий вопрос: «Подобает ли еретиков и раскольников наказывать градским законом или только церковным наказанием?» «Ей, подобает наказывать их и градскими казнями», – отвечали патриархи. «На Втором Вселенском Соборе, бывшем в Константинополе при благочестивом царе Феодосии Великом на духоборца Македония, богоносные отцы по извержении и проклятии его последователей, 36 злочестивых епископов, определили наказать их и градским законом. И повелением царя Феодосия их били говяжьими жилами, позорили и, посадив на верблюдов, возили по торжищу, а потом сослали в сирский город Емекин, где они и скончались. На Четвертом Вселенском Соборе, Халкидонском, бывшем при благочестивом царе Маркиане на Диоскора и Евтихия и их последователей, богоносные отцы числом 630 вместе с царем повелели истребить огнем злочестивые книги этих еретиков, а их самих наказать говяжьими жилами, суковатыми палками и темницами и взять с них на царя по десяти гривен золота. Пятый Вселенский Собор, бывший при благочестивом царе Иустиниане Великом в Константинополе на Оригена и его единомышленников, по извержении и проклятии их повелел вместе с царем наказать злочестивых и по градскому закону разными томлениями и муками: одним отрезали языки, другим отсекли руки, иным уши и носы и позорили их на торжище, потом сослали в заточение до конца жизни… Много и других подобных примеров записано в церковных историях и в книге Арменопула, чего для краткости не приводим. Из всего этого узнаем, что еретики и раскольники должны быть наказываемы не только церковным наказанием, но и царским, т. е. по градскому закону». Этот ответ патриархов принят был всем Собором и внесен в книгу соборных деяний (гл. 7. Вопросы и ответы 4).