Таким образом, что начал Московский Собор 1666 г. по отношению к расколу, то окончил Большой Московский Собор 1667 г. Первый призывал одного за другим расколоучителей, выслушивал и обличал их учение, убеждал их покаяться и, кто не хотел каяться и покориться Церкви, тех, каждого порознь, предавал анафеме и отсылал под начало или даже в заключение в какой-либо монастырь. Последний Собор произнес общий приговор, общую анафему на всех последователей раскола и постановил по примеру древней Церкви общее правило – подвергать их наказанию не только церковному, но и по градским законам. И нельзя не признать, что эта общая анафема на раскольников была неизбежна и совершенно справедлива. Раскольники еще прежде, до соборной на них анафемы, сами, так сказать, изрекли на себя анафему и отсекли себя от Церкви. Сущность их учения, как уже достаточно открылось из их писаний и словесных заявлений на Соборе 1666 г., состояла не в том только, что они хотели держаться одних старопечатных книг и мнимо старых обрядов и не покорялись Церкви, не принимали от нее новоисправленных печатных книг, но вместе и в том, что они считали эти последние книги исполненными ересей, самую Церковь называли еретическою и утверждали, что Церковь более не Церковь, архиереи ее не архиереи, священники не священники и все ее таинства и чинопоследования осквернены антихристовою скверною; раскольники не только противились Церкви, но совсем отрицали ее, отрицались от нее и по своим убеждениям были уже совершенно отделены от нее. Необходимо было, чтобы и Церковь с своей стороны всенародно объявила, что она не признает их более своими чадами, т. е. чтобы она анафематствовала и отсекла от себя тех, которые еще прежде самовольно отпали от нее и сделались ее врагами. Со времени этой-то анафемы, произнесенной на раскольников Большим Московским Собором, и начал существовать в России раскол как особое общество верующих, именующих себя старообрядцами, совершенно отдельное от православной Церкви и враждебное ей. Не Церковь отвергла их и отвергает, но они сами еще прежде отверглись Церкви и не перестают упорно отвергать ее, называя ее в своем жалком ослеплении духовною блудницею, а всех верных чад ее, всех православных, – сынами беззакония, слугами антихриста.
Кроме раскола, производившего смуты и нестроения в Русской Церкви, немало было в ней и других нестроений и вообще недостатков, требовавших соборного уврачевания. На одни из этих недостатков обратил внимание Восточных патриархов, Паисия и Макария, сам государь; на другие указывали русские архиереи; некоторые же недостатки замечены были самими патриархами. И вследствие этого они вместе со всем Собором постановили для Русской Церкви множество определений и правил, касавшихся: а) ее управления и суда, б) богослужения и в) духовенства.
По отношению к церковному управлению и суду сами патриархи заметили тот недостаток, что в России не соблюдалось древнее апостольское и соборное правило: да собираются дважды или по крайности однажды в лето архиереи каждой страны ради исправления церковных дел. «В здешних странах Великороссийского государства, – сказали патриархи, – не обыкли архиереи собираться часто, и творить Соборы, и исправлять священнические распри и прочее, отчего и учинилось столько раскольников и мятежников, возмутивших все государство, погубивших многие души и прельстивших едва не весь народ. Потому весьма подобает, чтобы архиереи Российского государства как можно чаще собирались в царствующий град Москву ради всяких добрых совещаний и исправления нужных церковных дел» (гл. 2. Правило 41).