Другой важный недостаток в Русской Церкви, способствовавший также распространению в ней раскола, состоял в малочисленности архиерейских кафедр и излишней обширности некоторых из существовавших уже епархий. На этот недостаток указал отцам Собора сам государь и велел предложить им грамоту Московского Собора, бывшего при царе Федоре Ивановиче, об учреждении патриаршества и устроении других архиерейских кафедр в России. Грамота была прочитана. Узнав из нее, что тогда было положено быть в Русской Церкви осьмнадцати епархиям кроме патриаршей, и именно: четырем митрополиям, шести архиепископиям и осьми епископиям – и назначены самые места для них, отцы Собора с радостью согласились открыть те из этих епархий, которые доселе не были открыты, а некоторые из предположенных тогда епархий, открыты ли они или еще не открыты, возвести из епископий в архиепископии и определили: учредить епископские кафедры в Ржеве Володимирове, на Белеозере и в Дмитрове и архиепископские в Нижнем Новгороде и Великом Устюге, а епископии, уже существовавшие, в Чернигове и Коломне возвести в архиепископии. Затем с соизволения государя или даже по заявленному им желанию возвели на степень митрополий архиепископии: Астраханскую, Рязанскую, Тобольскую – и учредили новую митрополию в Белгороде, куда и назначили митрополитом известного Сербского митрополита Феодосия, проживавшего в Москве при Архангельском соборе; утвердили архиепископство в Пскове и положили учредить архиепископские кафедры в Архангельске и на Холмогорах; утвердили епископскую кафедру в Вятке и благословили учредить такие же кафедры в Перми, Томске и на Лене и вообще благословили поставлять митрополитов, архиепископов и епископов в те города, где по усмотрению государя и Московского патриарха с прочими архиереями признано будет то нужным, «да управляется и расширяется православием в род и род богохранимое Российское царство». Наконец, определили, чтобы в епархиях некоторых митрополитов существовали подручные им епископы, и именно в епархиях: Новгородской – один епископ в Каргополе, другой в Городецке или Устюжне, Казанской – в Уфе, Ростовской – в Угличе, Крутицкой – в Ливнах, Рязанской – в Воронеже и другой в Тамбове – и чтобы эти епископы жили в назначенных им городах и монастырях, владели вотчинами тех монастырей и все творили по благословению и повелению своих митрополитов, а без воли их ничего не творили, кроме священнодействия, хиротонии и прочего, что дозволяют святые правила. Постановление это утверждено подписями отцов Собора в июне 1667 г. (гл. 8).
Были еще два весьма важные недостатка в нашем церковном управлении и суде. Первый состоял в том, что как у патриарха в его приказах, так и у прочих архиереев все епархиальные дела ведали и решали преимущественно, если не исключительно, архиерейские бояре и другие светские чиновники. Такой обычай, утвердившийся у нас еще до Стоглавого Собора, оставался в силе и после него, хотя Стоглавый Собор и постановил, чтобы при каждой архиерейской кафедре существовал суд из духовных лиц кроме суда боярского, которому назначен был особый круг дел. Против этого глубоко укоренившегося у нас недостатка отцы Большого Московского Собора определили: «В патриаршем доме быть духовному человеку, архимандриту, с другими искусными мужами, и судить им в духовных делах духовные лица священнического и монашеского чина, да не привлекают отныне священников и монахов в мирские судилища и да не судят мирские люди освященного и монашеского чина и всякого церковного причта, как запрещают св. правила… Равно и во всех архиерейских домах быть духовным искуснейшим мужам и судить духовные лица и духовные дела, как в патриаршем доме судит духовный судия, архимандрит, с клевретами, да судят архимандритов, игуменов, монахов, протопопов, попов, дьяконов и всех церковных причетников и инокинь во всяких делах, а мирян да судят по делам о беззаконных браках и духовных завещаниях. Прочие же духовные дела, какие бывают между мирскими людьми мужеского и женского пола, да судят патриарший боярин с дьяками и его товарищи» (гл. 2. Правило 37–39). Другой недостаток был тот, что все духовенство, начиная с митрополитов, во всех исковых делах судилось по Уложению царя Алексея Михайловича мирскими людьми в Монастырском приказе. Русские архиереи, крайне тяготившиеся таким подчинением мирскому судилищу, не могли не обратить на это внимания Восточных патриархов и в числе других вопросов предложили им и следующий: «Довлеет ли мирским людям судить архиереев, архимандритов, игуменов, священников и дьяконов, монахов и инокинь и весь церковный и духовный чин и их людей?» Патриархи Паисий и Макарий дали ответ: «Архиереев, архимандритов… и весь церковный чин и их людей мирским людям ни в чем не судить, а судить их во всяких делах архиереям, каждому в своей епархии, или кому повелят от духовного чина, а не от мирских» (гл. 7). Этот ответ был принят и утвержден всем Собором и послужил основанием к упразднению Монастырского приказа, который, впрочем, в действительности упразднен был, как увидим, еще не так скоро.