Июля 23-го происходило наречение новоизбранного патриарха по прежде составленному чину, а 25-го Никон посвящен был в сан патриарха Казанским митрополитом Корнилием и другими архиереями в Успенском соборе в присутствии самого государя. В тот же день царь давал обед в Грановитой палате для нового патриарха и всех духовных властей, при чем находились и некоторые знатнейшие бояре. В обычное время Никон вставал из-за стола и ездил кругом Кремля на осляти, а осля под патриархом водили бывшие с ним за столом бояре: князь Алексей Трубецкой, князь Федор Куракин, князь Юрий Долгорукий и окольничие: князь Димитрий Долгорукий да Прокопий Соковнин. Святители, участвовавшие в поставлении патриарха Никона, дали ему настольную грамоту за своими подписями и печатями и в ней, между прочим, сказали: «С великою нуждею умолиша его на превысочайший святительский престол», чем подтвердили его собственное о том сказанье. Никону едва исполнилось тогда 47 лет от рождения, и он вступил на патриарший престол еще во всей крепости своих сил.
Патриаршествование Никона составляет эпоху в истории нашей Церкви. При нем началось соединение двух частей ее, двух бывших митрополий, Западнорусской, Киевской, и Восточнорусской, Московской, которые разделены были около двух столетий, – соединение, совершавшееся потом медленно и постепенно в продолжение значительного времени. И Никон первый начал называться патриархом «Московским и всея Великия, и Малыя, и Белыя России». При нем и при его главном участии действительно началось вполне верное и надежное по своим основам исправление наших церковных книг и обрядов, какого прежде у нас почти не бывало, продолжавшееся и при его преемниках, и вслед за тем начался и русский раскол глаголемого старообрядства, продолжающийся доселе. При Никоне или, вернее, самим Никоном сделана была самая смелая из всех когда-либо у нас бывших и решительная попытка отстоять самостоятельность и независимость Русской Церкви от светской власти, хотя и кончившаяся для него неудачно. При Никоне чаще, чем когда-либо, происходили сношения Русской Церкви с Греческою по делам церковным, чаще, чем когда-либо, приезжали к нам высшие греческие иерархи и при их участии совершались у нас такие Соборы, каких ни прежде, ни после у нас не бывало. Да и сам Никон, с его необыкновенным умом и характером и с его необыкновенною судьбою, представляет собою такое лицо, которое резко выдается в ряду других наших патриархов и всех когда-либо бывших в нашей Церкви первосвятителей.