Патриаршествование Никона продолжалось всего четырнадцать лет и четыре с половиною месяца. Но из них он только шесть лет был действительным патриархом Московским и всея России и управлял Церковию, пока самовольно не оставил своей кафедры. Остальные же восемь лет он уже не был и не назывался патриархом Московским и всея России, а считал себя только патриархом и не управлял Церковию, но не переставал вмешиваться в ее управление и делать попытки к возвращению себе прежней власти, пока не был совсем низложен и лишен сана.
I. Патриарх Филарет Никитич
На религиозную унию смотрело польское правительство, по крайней мере вначале, как на лучшее средство, чтобы скрепить политическую унию двух главных народов, входивших в состав Польши, русских и поляков, разрозненных по вере, и чтобы совершенно и навсегда отторгнуть этих русских от Москвы, куда невольно влекло их православие, содержимое ими и процветавшее в Москве. А между тем последствия скоро показали, что эта самая уния религиозная, которую с таким рвением старались навязать русским в Польше, всего более отталкивала их от Польши, всего более заставляла их устремлять свои взоры на единоплеменную и единоверную Москву и желать, искать воссоединения с нею. Первый православный митрополит в Западнорусском крае после введения там унии, Иов Борецкий, как мы видели, уже присылал в Москву своего посла с просьбою к государю, чтобы он принял Малороссию под свою высокую руку. Посол этот свидетельствовал: «У нас та мысль крепка, мы все под государевою рукою быть хотим». Второй митрополит, Исаия Копинский также обращался к московскому царю и патриарху с просьбою выслать ему святых мощей, пожаловать ему архиерейскую ризницу и не отвергнуть его в случае, если свирепствующие гонения за веру заставят его искать себе убежища в православной Московской державе. При третьем митрополите, Петре Могиле, действительно бежали из Малороссии от гонения ляхов на православную веру целых два монастыря, Густынский и Ладинский, и нашли себе приют в московских пределах по воле государя, а сам Могила несколько раз сносился с московским царем и просил материальных пособий себе и киевским церквам и монастырям, равно богослужебных книг и разной церковной утвари. Наконец то, чего так ясно желал Иов Борецкий и в чем сознавали нужду два его преемника, исполнилось при четвертом православном митрополите Западнорусского края.
Когда Петра Могилы не стало (в ночь на 1 генваря 1647 г.), киевская митрополитская софийская капитула разослала по всей митрополии листы к православному духовенству и дворянам, приглашая их к 25 февраля в Киев на выборы нового первосвятителя. В назначенный день все прибывшие собрались в Софийский кафедральный собор, и здесь единодушно и единогласно, без всякого противоречия, избрали на митрополию епископа Мстиславского, Оршанского и Могилевского Сильвестра Коссова как «известного древностию своего рода, высокими достоинствами, благочестием и расторопностию, а вместе горячностию и твердостию в православной вере», и обязались повиноваться ему как своему архипастырю и просить короля, чтобы утвердил избранного ими митрополита своею привилегиею. Акт избрания подписали более двадцати духовных особ и до пятидесяти светских. В числе духовных находились: Афанасий Лузина, епископ Луцкий, Иннокентий Гизель, ректор киево-братского коллегиума, бывшие сослуживцы Коссова по тому же коллегиуму; Исаия Трофимович Козловский, игумен никольский, Игнатий Оксенович Старушич, игумен выдубицкий, и Иосиф Кононович Горбацкий, игумен Михайловский, многие другие настоятели и наместники монастырей, протоиереи и священники. Во главе светских подписался Адам Кисель, кастелян киевский; за ним следовали три князя Четвертинские, валашский господарь Моисей Могила, родной брат скончавшегося митрополита Петра Могилы, и другие. Будучи избран на митрополитскую кафедру, Сильвестр Коссов не мог быть избран вместе и на другую важную должность, которую занимал его предместник, на должность архимандрита Киево-Печерской лавры, так как должность эта была предоставлена королем Владиславом только лично Петру Могиле до его живота. И братия лавры на основании давнего своего права, пригласив к себе ближайших к Киеву дворян, еще 25 генваря избрали себе настоятелем человека, которого рекомендовал им пред своею кончиною сам Петр Могила, именно старшего (игумена) виленского Свято-Духова братского монастыря Иосифа Тризну, который происходил из знатного старинного рода, с ранних лет был пострижен и воспитывался в Киевской лавре и хорошо знал иноческий закон и богословские науки. Иосиф Тризна уже участвовал в избрании митрополита Сильвестра Коссова и подписался под актом избрания как «архимандрит печерский киевский, старший монастыря братского Виленского». Но, не получив в свое управление богатой Киево-Печерской лавры, митрополит Сильвестр удерживал за собою до 1650 г. свою прежнюю епископскую кафедру с ее имениями, почему и писался: «Сильвестр Коссов, милостию Божиею архиепископ митрополит Киевский, Галицкий и всея России, епископ Мстиславский, Оршанский и Могилевский». Нет сомнения, что король утвердил нового митрополита своею грамотою и патриарх Цареградский не только дал свое благословение на посвящение его, но и облек его званием своего экзарха: Коссов, подобно Могиле, писался экзархом Константинопольского патриаршего престола.